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- PDB-6sma: Crystal structure of Human Neutrophil Elastase (HNE) in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sma
タイトルCrystal structure of Human Neutrophil Elastase (HNE) in complex with the 3-Oxo-beta-Sultam inhibitor LMC249
要素Neutrophil elastase
キーワードHYDROLASE / Serine Hydrolases / Human Neutrophil Elastase / Inhibitor / 3-Oxo-beta-Sultams / Sulfonylation
機能・相同性
機能・相同性情報


leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production ...leukocyte elastase / biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / Expression of NOTCH2NL genes / acute inflammatory response to antigenic stimulus / neutrophil-mediated killing of fungus / negative regulation of chemotaxis / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / response to yeast / leukocyte migration involved in inflammatory response / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of chemokine production / Antimicrobial peptides / pyroptotic inflammatory response / Activation of Matrix Metalloproteinases / cytokine binding / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Collagen degradation / extracellular matrix disassembly / Pyroptosis / phagocytosis / positive regulation of MAP kinase activity / response to UV / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / transcription repressor complex / secretory granule / Regulation of Complement cascade / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / protein catabolic process / positive regulation of immune response / negative regulation of inflammatory response / specific granule lumen / intracellular calcium ion homeostasis / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / peptidase activity / heparin binding / protease binding / : / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / serine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Chem-LKK / Neutrophil elastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Brito, J.A. / Almeida, V.T. / Carvalho, L.M. / Moreira, R. / Archer, M.
資金援助 ポルトガル, 5件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSAICTPAC/0019/2015 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BBB-BEP/2463/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPEst-OE/SAU/UI4013/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaSFRH/BD/100400/2014 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaIF/00472/2014 ポルトガル
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: 3-Oxo-beta-sultam as a Sulfonylating Chemotype for Inhibition of Serine Hydrolases and Activity-Based Protein Profiling.
著者: Carvalho, L.A.R. / Almeida, V.T. / Brito, J.A. / Lum, K.M. / Oliveira, T.F. / Guedes, R.C. / Goncalves, L.M. / Lucas, S.D. / Cravatt, B.F. / Archer, M. / Moreira, R.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil elastase
B: Neutrophil elastase
C: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,14617
ポリマ－69,9573
非ポリマー4,18914
水1,982110
1
A: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6205
ポリマ－23,3191
非ポリマー1,3014
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3374
ポリマ－23,3191
非ポリマー1,0183
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil elastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1898
ポリマ－23,3191
非ポリマー1,8707
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.669, 105.913, 79.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.072, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-433-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A16 - 36
121(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A38 - 92
131(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A94 - 95
141(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A98 - 144
151(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A151 - 160
161(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A162 - 168
171(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A177 - 201
181(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A204 - 205
191(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A208 - 243
1101(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A301 - 303
1111(chain 'A' and (resid 16 through 145 or resid 151...A401
2121(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B16 - 36
2131(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B38 - 92
2141(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B94 - 95
2151(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B98 - 144
2161(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B151 - 160
2171(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B162 - 168
2181(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B177 - 201
2191(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B204 - 205
2201(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B208 - 243
2211(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B301 - 303
2221(chain 'B' and (resid 16 through 243 or resid 301 through 303 or resid 402))B402
3231(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C16 - 36
3241(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C38 - 92
3251(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C94 - 95
3261(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C98 - 144
3271(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C151 - 160
3281(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C162 - 168
3291(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C177 - 201
3301(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C204 - 205
3311(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C208 - 243
3321(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C301 - 303
3331(chain 'C' and (resid 16 through 145 or resid 151...C401

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil elastase / Bone marrow serine protease / Elastase-2 / Human leukocyte elastase / HLE / Medullasin / PMN elastase


分子量: 23318.982 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELANE, ELA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08246, leukocyte elastase

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糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 118分子

#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-LKK / 3-[[1-[(4-bromophenyl)methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methylcarbamoyl]pentane-3-sulfonic acid


分子量: 445.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21BrN4O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24% PEG Smear Broad 0.1 M Tris-HCl pH 7.2 0.1 M KSCN 0.1M NaBr

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.649 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.649 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→62.83 Å / Num. obs: 24564 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.18 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.59→2.63 Å / Num. unique obs: 1254 / CC1/2: 0.37

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUSTER-TNT精密化
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YM9

4ym9


解像度: 2.59→62.83 Å / SU ML: 0.3656 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0228
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2579 1229 5.03 %
Rwork0.2152 --
obs0.2173 24450 94.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→62.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 252 110 5236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52727105
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0452845
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022909
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.59263109
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.690.32131320.29682583X-RAY DIFFRACTION94.93
2.69-2.820.35831480.29282597X-RAY DIFFRACTION95.84
2.82-2.960.31031730.2842553X-RAY DIFFRACTION96.53
2.96-3.150.29821270.25662654X-RAY DIFFRACTION96
3.15-3.390.31621280.24342580X-RAY DIFFRACTION95.02
3.39-3.730.2311580.20312547X-RAY DIFFRACTION95.05
3.73-4.280.20421270.17772575X-RAY DIFFRACTION94.11
4.28-5.390.18731090.15692596X-RAY DIFFRACTION93.86
5.39-62.80.25641270.20412536X-RAY DIFFRACTION90.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.75821085025-1.00415538972-0.416239385013.83105065215-1.244448599960.784634452642-0.1300007722690.2129793964560.1758164734760.151744466171-0.2387597957740.984486446261-0.153298267683-0.2544924952830.1686785128090.396050039286-0.04577065223670.01576548165150.42044973368-0.0952757050670.739410077406-44.3198206608-20.020688515512.4650296271
20.501887287656-0.02672182925630.3213699172451.43792103911-0.3111458552811.313998066670.2071198788260.385556362623-0.162029749193-0.0976399938235-0.2461657201160.3009823792740.0281798442187-0.1591396504780.07565761797550.3790840622850.0180427382667-0.01188365630210.430805684-0.05382452712980.461628667815-32.3031478538-19.9620165935.84491830108
35.22157606116-0.929602856993-0.3066268987130.616645433082-0.5763941585290.8819776791980.208022753621-1.103489495050.1142781910760.309018144440.0375432901074-0.08267891667-0.1745765185010.0871929670645-0.04598193663920.421402333960.04847977116910.01813454434430.4468845317040.03201711101510.29128759918313.6758020704-45.404141867425.7558501993
43.63444314145-0.5210307408750.05623929215772.5278220249-0.1248734149913.46106463278-0.0177473072432-0.100075098752-0.3791919648940.1058193117820.1097906360610.08365820069450.20440894532-0.266820327599-0.1062138097780.3516972792570.006304656224280.003420417529340.3102287259650.004646555000320.3197790584830.420597120012-47.148034102215.5069457712
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181.541162787210.332063035622-0.5358633304511.81104073139-1.107345128021.388376929-0.05624382154530.000568690428707-0.329082827051-0.3008017967360.056494788372-0.281518852940.2102596812290.18888537224-0.01973199520970.3213271788840.003740851925430.001061250254450.290846841085-0.04335362086090.409253234126-23.4618775938-26.610892473312.4846793069
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 185 through 197 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 198 through 243 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 16 through 29 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 30 through 89 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 90 through 123 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 124 through 140 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 141 through 155 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 156 through 243 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 16 through 48 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 49 through 89 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 90 through 123 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 124 through 140 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 141 through 184 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 185 through 225 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 226 through 243 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 16 through 29 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 30 through 80 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 81 through 123 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 124 through 134 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 135 through 155 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 156 through 184 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る