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- PDB-6sm3: Structure of the RagAB peptide importer in the 'closed-closed' state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sm3
タイトルStructure of the RagAB peptide importer in the 'closed-closed' state
要素
  • GLY-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-THR-SER
  • Lipoprotein RagB
  • RagA protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta-barrel / OMP / TonB-dependent / transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5PL / PALMITIC ACID / Lipoprotein RagB / RagA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者White, J.B.R. / Ranson, N.A. / van den Berg, B.
資金援助 英国, ポーランド, 7件
組織認可番号国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust215064/Z/18/Z 英国
Polish National Science CentreUMO-2015/19/N/NZ1/00322 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2018/28/T/NZ1/00348 to MM ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2016/23/N/NZ1/01513 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2018/31/B/NZ1/03968 ポーランド
Polish National Science CentreNIDCR/DE 022597 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / Neil A Ranson / Jan Potempa / Bert van den Berg /
要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how these peptides enter the cell is not clear. Here, we identify RagAB as the outer-membrane importer for these peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagAB complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a 'pedal bin' mechanism of nutrient uptake. Together with mutagenesis, peptide-binding studies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic, selective outer-membrane oligopeptide-acquisition machine that is essential for the efficient utilization of proteinaceous nutrients by P. gingivalis.
履歴
登録2019年8月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10241
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein RagB
B: RagA protein
C: GLY-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-THR-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4285
ポリマ－155,9383
非ポリマー1,4902
水00
1
A: Lipoprotein RagB
B: RagA protein
C: GLY-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-THR-SER
ヘテロ分子

A: Lipoprotein RagB
B: RagA protein
C: GLY-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-THR-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)314,85610
ポリマ－311,8766
非ポリマー2,9804
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1
point symmetry operation1
Buried area9660 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area57140 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein RagB


分子量: 54430.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 参照: UniProt: F5H948
#2: タンパク質 RagA protein


分子量: 100350.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 参照: UniProt: Q7MXJ7
#3: タンパク質・ペプチド GLY-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-THR-SER


分子量: 1156.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Putative peptide substrate
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
株: KRAB
#4: 化合物 ChemComp-5PL / (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE


分子量: 1233.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C67H129N2O15P
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RagAB with putative peptide substrate / タイプ: COMPLEX
詳細: Putative peptide substrate co-purified with the complex
Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) / 株: KRAB
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.03 % w/vDDMC24H46O111
試料濃度: 1.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K / 詳細: 6 second blot time, blot force 6

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 77.88 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86877 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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