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- PDB-6slj: Structure of the RagAB peptide transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6slj
タイトルStructure of the RagAB peptide transporter
要素
  • (ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN- ...) x 2
  • Lipoprotein RagB
  • RagA protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / outer membrane protein / Bacteroidetes / TonB dependent transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / PALMITIC ACID / Lipoprotein RagB / RagA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Madej, M. / Ranson, N.A. / White, J.B.R.
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / Neil A Ranson / Jan Potempa / Bert van den Berg /
要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how these peptides enter the cell is not clear. Here, we identify RagAB as the outer-membrane importer for these peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagAB complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a 'pedal bin' mechanism of nutrient uptake. Together with mutagenesis, peptide-binding studies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic, selective outer-membrane oligopeptide-acquisition machine that is essential for the efficient utilization of proteinaceous nutrients by P. gingivalis.
履歴
登録2019年8月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RagA protein
A: RagA protein
C: Lipoprotein RagB
D: Lipoprotein RagB
P: ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY
Q: ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,20617
ポリマ－333,0316
非ポリマー5,17511
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33170 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area99860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.597, 142.021, 241.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUVALVAL(chain 'A' and (resid 115 through 721 or resid 723...AB115 - 72095 - 700
121TYRTYRTHRTHR(chain 'A' and (resid 115 through 721 or resid 723...AB723 - 726703 - 706
131ASPASPGLNGLN(chain 'A' and (resid 115 through 721 or resid 723...AB729 - 835709 - 815
141LYSLYSGLUGLU(chain 'A' and (resid 115 through 721 or resid 723...AB842 - 853822 - 833
151ILEILEPHEPHE(chain 'A' and (resid 115 through 721 or resid 723...AB856 - 1017836 - 997
261LEULEUVALVAL(chain 'B' and (resid 115 through 721 or resid 723...BA115 - 72095 - 700
271TYRTYRTHRTHR(chain 'B' and (resid 115 through 721 or resid 723...BA723 - 726703 - 706
281ASPASPGLNGLN(chain 'B' and (resid 115 through 721 or resid 723...BA729 - 835709 - 815
291LYSLYSGLUGLU(chain 'B' and (resid 115 through 721 or resid 723...BA842 - 853822 - 833
2101ILEILEPHEPHE(chain 'B' and (resid 115 through 721 or resid 723...BA856 - 1017836 - 997
1112CYSCYSPROPROchain 'C'CC20 - 5001 - 481
2122CYSCYSPROPROchain 'D'DD20 - 5001 - 481

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 BACD

#1: タンパク質 RagA protein


分子量: 110162.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 参照: UniProt: Q7MXJ7
#2: タンパク質 Lipoprotein RagB


分子量: 55259.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 参照: UniProt: F5H948

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ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN- ... , 2種, 2分子 PQ

#3: タンパク質・ペプチド ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN-ARG-GLY-SER-GLY


分子量: 1194.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
#4: タンパク質・ペプチド ALA-SER-THR-THR-GLY-ALA-ASN-SER-GLN-ARG


分子量: 993.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)

-
糖 , 1種, 5分子

#7: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 6分子

#5: 化合物 ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5 / 詳細: 22% PEG400 0.07 M NaCl 0.05 M Na-citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→80.53 Å / Num. obs: 87154 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 45.05 Å2 / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.43 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.04→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4279 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.558 / Rrim(I) all: 1.551

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SLI

6sli


解像度: 3.04→71.01 Å / SU ML: 0.4897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3961
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 4346 5 %
Rwork0.2217 --
obs0.2254 86883 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→71.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21917 0 241 0 22158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010422672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.299930641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06913248
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.533415077
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.04-3.070.36351410.29522662X-RAY DIFFRACTION99.15
3.07-3.110.36331560.28472750X-RAY DIFFRACTION99.76
3.11-3.150.33671560.2832665X-RAY DIFFRACTION99.79
3.15-3.190.37881560.28272729X-RAY DIFFRACTION99.35
3.19-3.230.34111480.26642714X-RAY DIFFRACTION99.86
3.23-3.270.3441600.27822700X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-3.320.35431480.26192708X-RAY DIFFRACTION99.79
3.32-3.370.36991210.25412738X-RAY DIFFRACTION100
3.37-3.420.35751520.25412737X-RAY DIFFRACTION99.9
3.42-3.480.35991460.25382701X-RAY DIFFRACTION99.75
3.48-3.540.30581550.23682743X-RAY DIFFRACTION99.9
3.54-3.60.34531350.23892727X-RAY DIFFRACTION99.97
3.6-3.670.31071540.22482717X-RAY DIFFRACTION99.93
3.67-3.750.30671330.21622749X-RAY DIFFRACTION99.93
3.75-3.830.2891560.21352744X-RAY DIFFRACTION99.9
3.83-3.920.29681450.212734X-RAY DIFFRACTION99.76
3.92-4.020.25681290.20632754X-RAY DIFFRACTION99.83
4.02-4.120.26921300.20332766X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-4.250.31911270.20292746X-RAY DIFFRACTION99.9
4.25-4.380.2191240.18952796X-RAY DIFFRACTION99.86
4.38-4.540.27671490.17882727X-RAY DIFFRACTION100
4.54-4.720.22771390.17162783X-RAY DIFFRACTION99.97
4.72-4.940.23941460.18082756X-RAY DIFFRACTION99.9
4.94-5.20.26091440.18532772X-RAY DIFFRACTION99.93
5.2-5.520.25911490.1952776X-RAY DIFFRACTION99.93
5.52-5.950.27621510.19432789X-RAY DIFFRACTION99.9
5.95-6.550.31311440.20262780X-RAY DIFFRACTION99.83
6.55-7.490.23661510.19632809X-RAY DIFFRACTION99.76
7.49-9.440.24441600.19462844X-RAY DIFFRACTION99.87
9.44-71.010.32561410.29412921X-RAY DIFFRACTION97.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8392815177360.0388383706282-0.2206473165530.958077025358-0.01328162350580.159593615177-0.02194009914430.188241261845-0.140735011624-0.19165047557-0.0207014062407-0.04376187141920.0829454318783-0.04023387952970.05169015804440.253583338556-0.010165399308-0.01548750870050.28502667372-0.04438272216110.29928521456432.412049106933.782015782440.3536428838
20.718548531179-0.01877915155260.04830945041210.559586155736-0.1174290219680.352649438445-0.003188005565180.1818463373880.255816503576-0.1487150423160.010329905603-0.0238830189137-0.09650096851880.0176138446784-0.004392310265510.2465290839240.003028559364170.01713300050980.2594566779890.05072495486960.35904203445333.30517627286.734687361737.7680160112
30.7569383757440.425406279260.1296012172880.944971605213-0.1027754900630.5897656865360.0610499907534-0.175154630780.2398500246590.199050006875-0.03169170884430.134698934293-0.117370302997-0.090428648732-0.03802403867490.2575395608670.03359712438870.06076832188780.287180259763-0.08257897939320.35772027944124.361862857688.475290068280.4080139009
40.9548709645080.376124675267-0.3418575960641.023231755110.07271680465660.5458742524950.0135754807464-0.133625064016-0.05539673344640.180552733352-0.0173460744684-0.07598705631990.03661541329680.0296222234763-0.001822869462260.2130286993750.0136809666159-0.0410765373940.2479432357320.0301755958970.21929802839540.932218590436.250672854182.9988991526
56.3115968162-2.0858494236-0.7580407590633.733599862221.282336920640.6475491675040.1934845042640.4572909337220.665941635716-0.4615079270510.0496784560531-0.497342260604-0.2506440058020.0683215384233-0.2534299548280.595701882587-0.2006387197690.008063626981630.6523747003030.1467973211730.76158194921431.494276423128.646943807758.9091718796
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and resid 115 through 1017)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 115 through 1017)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 20 through 501)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 20 through 501)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'P' and resid 1 through 13)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'Q' and resid 1 through 10)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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