[日本語] English
万見
- PDB-6slg: HUMAN ERK2 WITH ERK1/2 INHIBITOR, AZD0364. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6slg
タイトルHUMAN ERK2 WITH ERK1/2 INHIBITOR, AZD0364.
要素
  • ERK-tide
  • Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / ERK2 / KINASE / INHIBITOR / ONCOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor ...phospho-PLA2 pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Signaling by Activin / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / ERKs are inactivated / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / positive regulation of macrophage proliferation / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / regulation of Golgi inheritance / Signaling by LTK in cancer / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / : / positive regulation of telomere capping / Recycling pathway of L1 / MAPK1 (ERK2) activation / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / steroid hormone receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / mitogen-activated protein kinase / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / phosphatase binding / Signal attenuation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Growth hormone receptor signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / phosphotyrosine residue binding / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to amino acid starvation / NCAM signaling for neurite out-growth / ESR-mediated signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Signal transduction by L1 / Regulation of PTEN gene transcription / long-term synaptic potentiation / response to nicotine / peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR3 signaling / B cell receptor signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / caveola / Oncogene Induced Senescence
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LHZ / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Breed, J. / Phillips, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of a Potent and Selective Oral Inhibitor of ERK1/2 (AZD0364) That Is Efficacious in Both Monotherapy and Combination Therapy in Models of Nonsmall Cell Lung Cancer (NSCLC).
著者: Ward, R.A. / Anderton, M.J. / Bethel, P. / Breed, J. / Cook, C. / Davies, E.J. / Dobson, A. / Dong, Z. / Fairley, G. / Farrington, P. / Feron, L. / Flemington, V. / Gibbons, F.D. / Graham, M. ...著者: Ward, R.A. / Anderton, M.J. / Bethel, P. / Breed, J. / Cook, C. / Davies, E.J. / Dobson, A. / Dong, Z. / Fairley, G. / Farrington, P. / Feron, L. / Flemington, V. / Gibbons, F.D. / Graham, M.A. / Greenwood, R. / Hanson, L. / Hopcroft, P. / Howells, R. / Hudson, J. / James, M. / Jones, C.D. / Jones, C.R. / Li, Y. / Lamont, S. / Lewis, R. / Lindsay, N. / McCabe, J. / McGuire, T. / Rawlins, P. / Roberts, K. / Sandin, L. / Simpson, I. / Swallow, S. / Tang, J. / Tomkinson, G. / Tonge, M. / Wang, Z. / Zhai, B.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: ERK-tide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3369
ポリマ－44,4012
非ポリマー9357
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.720, 70.510, 60.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 43909.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド ERK-tide


分子量: 491.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 206分子

#3: 化合物 ChemComp-LHZ / (6~{R})-7-[[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-6-(methoxymethyl)-2-[5-methyl-2-[(2-methylpyrazol-3-yl)amino]pyrimidin-4-yl]-5,6-dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-8-one / AZD0364


分子量: 494.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24F2N8O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PegMME2K HEPES pH 7.6 ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→70.51 Å / Num. obs: 71741 / % possible obs: 73.6 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 17.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 24.5 / Num. measured all: 308365
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.28-1.351.40.707216915460.5450.6580.9690.911
4.06-70.5150.0231577531600.9990.0120.02665.299.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.5.21データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.33→26.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Blow DPI: 0.066 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.066
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3469 4.91 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 70682 79.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 86.35 Å2 / Biso mean: 23.18 Å2 / Biso min: 9.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.214 Å20 Å2-0.3673 Å2
2--0.2511 Å20 Å2
3----0.0371 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→26.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2644 0 62 199 2905
Biso mean--27.45 27.37 -
残基数----337
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d942SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes501HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2801HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion371SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3545SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2801HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3812HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.31
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.37 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 71 5.02 %
Rwork0.2397 1343 -
all0.2399 1414 -
obs--16.85 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2612 Å / Origin y: -0.0478 Å / Origin z: 18.7301 Å
111213212223313233
T-0.0287 Å2-0.0029 Å2-0.0033 Å2--0.0317 Å20.0105 Å2---0.0301 Å2
L0.6785 °20.3065 °20.3296 °2-0.5946 °20.2249 °2--0.6828 °2
S-0.0684 Å °0.0907 Å °0.0681 Å °-0.0921 Å °0.036 Å °0.0553 Å °-0.054 Å °0.0349 Å °0.0324 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る