[日本語] English
万見
- PDB-6sla: Crystal structure of isomerase PaaG mutant - D136N with Oxepin-CoA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sla
タイトルCrystal structure of isomerase PaaG mutant - D136N with Oxepin-CoA
要素Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
キーワードISOMERASE / phenylacetic acid catabolism / tropodithietic acid / crotonase
機能・相同性Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Chem-LHQ / Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Spieker, M. / Teufel, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationTE 931/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of an Oxepin-CoA Forming Isomerase in Bacterial Primary and Secondary Metabolism.
著者: Spieker, M. / Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.
履歴
登録2019年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
BBB: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
CCC: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
DDD: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
EEE: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
FFF: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,87712
ポリマ－165,4556
非ポリマー5,4226
水1,15364
1
AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
BBB: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
CCC: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 85.4 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4396
ポリマ－82,7283
非ポリマー2,7113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10590 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
2
DDD: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
EEE: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
FFF: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4396
ポリマ－82,7283
非ポリマー2,7113
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10730 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area26900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.156, 73.050, 130.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.482, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11Chains A B
21Chains A C
31Chains A D
41Chains A E
51Chains A F
61Chains B C
71Chains B D
81Chains B E
91Chains B F
101Chains C D
111Chains C E
121Chains C F
131Chains D E
141Chains D F
151Chains E F

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase


分子量: 27575.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)
遺伝子: TtJL18_0099 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9ZNW0
#2: 化合物
ChemComp-LHQ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] 2-(2,5-dihydrooxepin-7-yl)ethanethioate


分子量: 903.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H44N7O18P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM KH2PO4, pH 4.5, 20-22% PEG 3350, 3% (w/v) NDSB-201 and 20% glycerol (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→48.645 Å / Num. obs: 45527 / % possible obs: 96.84 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.82
反射 シェル解像度: 2.55→2.641 Å / Num. unique obs: 3708 / Rpim(I) all: 0.2727

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HRX

3hrx


解像度: 2.55→48.645 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 12.696 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.343 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2301 5.061 %
Rwork0.2008 --
all0.203 --
obs-45463 96.849 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.753 Å20 Å20.423 Å2
2--0.459 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→48.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11166 0 348 64 11578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01211664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.67415798
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59351458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.86520.309582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.276152034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.39515120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.25276
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.27876
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.290.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2630.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1494.9955868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2537.4827314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.695.7725796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.3048.4118484
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.72369.88617169
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0990.057343
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0980.057308
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0920.057340
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0940.057314
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0820.057391
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0920.057361
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_70.0850.057404
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_80.090.057382
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_90.0940.057334
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_100.090.057348
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_110.0930.057340
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_120.0940.057332
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_130.0880.057327
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_140.0920.057284
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_150.0960.057288
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.55-2.6160.3311330.273257678.227
2.616-2.6880.3221430.289280888.3533
2.688-2.7660.3381910.264302798.8329
2.766-2.8510.3651270.266307499.6575
2.851-2.9440.2881330.243292399.804
2.944-3.0480.3221570.234283999.7337
3.048-3.1630.2791450.226270199.6848
3.163-3.2920.2491000.197263598.8078
3.292-3.4380.2631160.214251598.2817
3.438-3.6060.2581230.202235197.9802
3.606-3.80.221220.182230199.753
3.8-4.0310.2271170.177218199.6963
4.031-4.3090.2451100.179201699.4853
4.309-4.6540.2471230.165188599.6032
4.654-5.0970.222880.167174998.3405
5.097-5.6980.2321110.185155998.9923
5.698-6.5770.2991030.208138999.5995
6.577-8.050.205750.187117898.9731
8.05-11.3630.166580.15691097.5807
11.3630.27260.26354598.11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る