PDB-6sl9: High resolution apo structure of isomerase PaaG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sl9

タイトル

High resolution apo structure of isomerase PaaG

要素

Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

キーワード

ISOMERASE / phenylacetic acid catabolism / tropodithietic acid / crotonase

機能・相同性

Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

機能・相同性情報

生物種

Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Saleem-Batcha, R. / Spieker, M. / Teufel, R.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and Mechanistic Basis of an Oxepin-CoA Forming Isomerase in Bacterial Primary and Secondary Metabolism.
著者: Spieker, M. / Saleem-Batcha, R. / Teufel, R.

履歴

登録	2019年8月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sl9.cif.gz	198.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sl9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sl9_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sl9_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	6sl9_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	6sl9_validation.cif.gz	18.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/6sl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6slaC 6slbC 3hrxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pea-2 4jfc-1 6slb-1 5jbx-d 3kqf-2 3hin-4 3kqf-1 3pea-1 4q1j-d 3myb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

AAA: Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.497, 88.497, 88.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-494- HOH
2	1	AAA-532- HOH
3	1	AAA-554- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase 分子量: 27948.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus JL-18 (バクテリア) 遺伝子: TtJL18_0099 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9ZNW0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50 mM KH2PO4, pH 4.5, 20-22% PEG 3350, 3% (w/v) NDSB-201 and 20% glycerol (v/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.27→44.25 Å / Num. obs: 58055 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 23.38
反射シェル	解像度: 1.27→1.316 Å / R_merge(I) obs: 0.4146 / Num. unique obs: 4145

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HRX

3hrx

解像度: 1.27→44.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 1.534 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1788	2861	4.927 %
R_work	0.1457	-	-
all	0.147	-	-
obs	-	55201	95.003 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→44.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1967	0	12	185	2164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	2021
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.942	1.638	2732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.654	1.572	4655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.087	5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.393	20.476	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.699	15	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.584	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	423
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.218	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.085	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.355	1.406	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.351	1.406	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.893	2.123	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.892	2.123	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.084	1.952	980
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.083	1.951	981
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.788	2.736	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.787	2.736	1430
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.892	18.527	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.782	18.173	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.314	3	4042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.27-1.302		0.321	156	0.299	2691	63.0984
1.302-1.338		0.278	153	0.235	3334	79.9954
1.338-1.377		0.246	189	0.184	3646	90.0235
1.377-1.419		0.227	153	0.152	3947	98.1566
1.419-1.465		0.187	224	0.121	3801	99.9752
1.465-1.517		0.185	202	0.112	3637	100
1.517-1.574		0.176	186	0.111	3577	100
1.574-1.638		0.168	187	0.112	3444	100
1.638-1.711		0.163	147	0.115	3310	100
1.711-1.795		0.18	170	0.129	3158	99.97
1.795-1.891		0.18	166	0.12	2978	100
1.891-2.006		0.148	154	0.133	2836	100
2.006-2.144		0.155	124	0.127	2697	100
2.144-2.316		0.17	137	0.132	2490	100
2.316-2.537		0.188	135	0.146	2286	99.7528
2.537-2.836		0.173	96	0.148	2096	100
2.836-3.273		0.19	96	0.165	1860	100
3.273-4.006		0.182	82	0.152	1591	100
4.006-5.654		0.167	62	0.16	1247	99.6954
	5.654	0.159	44	0.188	723	99.4812

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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