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- PDB-6sku: Legionella effector AnkX in complex with human Rab1b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sku
タイトルLegionella effector AnkX in complex with human Rab1b
要素
  • Phosphocholine transferase AnkX
  • Ras-related protein Rab-1B
キーワードSIGNALING PROTEIN / Disease / Post Translational Modification / Crosslink / Small G-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocholine transferase activity / positive regulation of glycoprotein metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity ...phosphocholine transferase activity / positive regulation of glycoprotein metabolic process / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / phagophore assembly site membrane / RAB geranylgeranylation / regulation of autophagosome assembly / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / COPII-mediated vesicle transport / regulation of GTPase activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / virion assembly / Golgi organization / autophagosome assembly / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / transport vesicle / COPI-mediated anterograde transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / G protein activity / host cell cytoplasm / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Phosphocholine transferase AnkX insertion domain / : / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. ...: / : / Phosphocholine transferase AnkX insertion domain / : / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Rab subfamily of small GTPases / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Small GTP-binding protein domain / Alpha Horseshoe / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphocholine transferase AnkX / Ras-related protein Rab-1B
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ernst, S. / Ecker, F. / Kaspers, M. / Ochtrop, P. / Hedberg, C. / Groll, M. / Itzen, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchSFB1035 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Legionellaeffector AnkX displaces the switch II region for Rab1b phosphocholination.
著者: Ernst, S. / Ecker, F. / Kaspers, M.S. / Ochtrop, P. / Hedberg, C. / Groll, M. / Itzen, A.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphocholine transferase AnkX
B: Ras-related protein Rab-1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8824
ポリマ－110,4142
非ポリマー4682
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area44570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.350, 68.470, 137.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.930, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphocholine transferase AnkX / PC transferase / Ankyrin repeat-containing protein X


分子量: 90703.148 Da / 分子数: 1 / 変異: C48S, C84S, G108C, C172S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: ankX, legA8, lpg0695 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-1B


分子量: 19711.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB1B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0U4
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 3.5 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 25684 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2264 / CC1/2: 0.813

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BES, 3NKV

4bes

3nkv


解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 76.522 / SU ML: 0.544 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.532
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2879 1283 5 %RANDOM
Rwork0.2471 ---
obs0.2493 24372 97.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 230.08 Å2 / Biso mean: 138.743 Å2 / Biso min: 69.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.24 Å2-0 Å2-3.23 Å2
2--13.21 Å20 Å2
3----8.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7528 0 29 0 7557
Biso mean--94.28 --
残基数----949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0137699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2361.64510400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0291.5816976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6925945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2123.856376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.364151430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1021532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.028451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021489
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.154314980
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.282 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 95 -
Rwork0.406 1789 -
all-1884 -
obs--98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57020.1640.75570.15680.48631.9545-0.1184-0.27740.0224-0.0934-0.04850.1389-0.3429-0.19490.16690.06270.0221-0.05150.1815-0.01080.2837-37.3615-15.126732.053
21.290.0084-0.60631.9408-0.34642.94680.0169-0.40730.06070.057-0.14270.1403-0.1852-0.17270.12580.01730.02-0.0210.2121-0.10240.1662-53.0103-20.764317.8871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 800
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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