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万見
- PDB-6ske: Teneurin 2 in complex with Latrophilin 2 Lec domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ske
タイトルTeneurin 2 in complex with Latrophilin 2 Lec domain
要素
  • Adhesion G protein-coupled receptor L2
  • Teneurin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / teneurin / latrophilin / odz / signalling / adhesion / repulsion / synapse / neurons / cell migration / adgrl
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synapse assembly / positive regulation of filopodium assembly / neuron development / cell adhesion molecule binding / response to bacterium / filopodium / PDZ domain binding / cell-cell adhesion / PML body / synapse organization ...positive regulation of synapse assembly / positive regulation of filopodium assembly / neuron development / cell adhesion molecule binding / response to bacterium / filopodium / PDZ domain binding / cell-cell adhesion / PML body / synapse organization / G protein-coupled receptor activity / cell-cell junction / cell junction / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / carbohydrate binding / growth cone / presynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic membrane / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhamnose-binding lectin domain (RBL) / Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain ...Rhamnose-binding lectin domain (RBL) / Teneurin intracellular, N-terminal / : / : / : / : / Teneurin Intracellular Region / Teneurin-3-like, galactose-binding domain-like / Teneurin antibiotic-binding-like domain / Teneurin 1-4, FN-plug domain / Teneurin TTR-like domain / Teneurin NHL domain / Teneurin N-terminal domain profile. / GPCR, family 2, latrophilin, C-terminal / GPCR, family 2, latrophilin / Tox-GHH domain / Latrophilin Cytoplasmic C-terminal region / GHH signature containing HNH/Endo VII superfamily nuclease toxin / : / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain superfamily / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin domain / SUEL-type lectin domain profile. / GAIN domain, N-terminal / AGRL2-4 GAIN subdomain A / : / Teneurin YD-shell / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain / Olfactomedin-like domain profile. / Olfactomedin-like domains / YD repeat / Teneurin EGF domain / Rhs repeat-associated core / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GAIN domain superfamily / GPS motif / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GAIN-B domain profile. / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adhesion G protein-coupled receptor L2 / Teneurin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Shahin, M. / Jackson, V.A. / Carrasquero, M. / Lowe, E. / Seiradake, E.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Teneurin-Latrophilin Interaction in Repulsive Guidance of Migrating Neurons.
著者: Del Toro, D. / Carrasquero-Ordaz, M.A. / Chu, A. / Ruff, T. / Shahin, M. / Jackson, V.A. / Chavent, M. / Berbeira-Santana, M. / Seyit-Bremer, G. / Brignani, S. / Kaufmann, R. / Lowe, E. / ...著者: Del Toro, D. / Carrasquero-Ordaz, M.A. / Chu, A. / Ruff, T. / Shahin, M. / Jackson, V.A. / Chavent, M. / Berbeira-Santana, M. / Seyit-Bremer, G. / Brignani, S. / Kaufmann, R. / Lowe, E. / Klein, R. / Seiradake, E.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teneurin-2
B: Adhesion G protein-coupled receptor L2
C: Teneurin-2
D: Adhesion G protein-coupled receptor L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,77824
ポリマ－418,9694
非ポリマー8,80820
水3,783210
1
A: Teneurin-2
D: Adhesion G protein-coupled receptor L2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,88912
ポリマ－209,4852
非ポリマー4,40410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adhesion G protein-coupled receptor L2
C: Teneurin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,88912
ポリマ－209,4852
非ポリマー4,40410
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.870, 109.920, 152.210
Angle α, β, γ (deg.)90.19, 93.99, 111.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Teneurin-2 / Ten-2 / Neurestin / Protein Odd Oz/ten-m homolog 2 / Tenascin-M2 / Ten-m2 / Teneurin transmembrane protein 2


分子量: 197234.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TENM2, ODZ2, TNM2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9DER5
#2: タンパク質 Adhesion G protein-coupled receptor L2 / Calcium-independent alpha-latrotoxin receptor 2 / CIRL-2 / Latrophilin-2


分子量: 12249.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Adgrl2, Kiaa0786, Lphn2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8JZZ7

-
糖 , 3種, 20分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 210分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, 10% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97956 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→84 Å / Num. obs: 59561 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 71.31 Å2 / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.6→3.71 Å / Num. unique obs: 4393 / CC1/2: 0.25

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.62→84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.734 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.737 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.666
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2997 5.03 %RANDOM
Rwork0.27 ---
obs0.27 59561 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--36.2218 Å2-39.883 Å2-32.954 Å2
2---7.2958 Å2-15.6347 Å2
3---43.5176 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.03 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.62→84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29198 0 580 210 29988
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00730486HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9741430HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10658SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5182HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it30486HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.25
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4106SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact30994SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.62→3.64 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 -3.78 %
Rwork0.2828 1147 -
all0.2829 1192 -
obs--96.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2556-0.1496-0.63960.1977-0.18610.9746-0.03520.0793-0.2041-0.1276-0.0849-0.0291-0.1258-0.00720.12010.16450.2329-0.07980.1010.00060.007221.8383-1.4978-38.8038
21.5990.8178-3.03348.3662-1.29937.8388-0.02040.00390.17410.037-0.06680.1410.1176-0.19480.08720.27370.0597-0.11290.3575-0.11570.2807-11.862579.598950.8364
30.07740.0622-0.65410.924-0.76791.2729-0.133-0.0794-0.1157-0.0287-0.0265-0.22180.0655-0.15340.15940.34320.0591-0.0355-0.18450.0149-0.107618.79955.972229.4547
45.0629-2.6739-1.90522.9213-4.13587.55250.056-0.02790.1833-0.10980.0452-0.0954-0.14410.1931-0.10130.4365-0.1089-0.19210.19370.07340.281827.779736.8518-60.186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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