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- PDB-6sk4: Methyltransferase MtgA from Desulfitobacterium hafniense in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sk4
タイトルMethyltransferase MtgA from Desulfitobacterium hafniense in complex with methyl-tetrahydrofolate (P21)
要素Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Anaerobic Bacteria / Glycine Betaine Metabolism / Methyl Transfer / Cobalamin / Tetrahydrofolate
機能・相同性[methyl-Co(III) glycine betaine-specific corrinoid protein]-tetrahydrofolate methyltransferase / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase, subunit H/Methyltransferase Mtx, subunit H / Tetrahydromethanopterin S-methyltransferase MtrH subunit / Dihydropteroate synthase-like / one-carbon metabolic process / methyltransferase activity / methylation / Chem-THH / [methyl-Co(III) glycine betaine-specific corrinoid protein]--tetrahydrofolate methyltransferase
機能・相同性情報
生物種Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Badmann, T. / Groll, M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1309 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2020
タイトル: Structures in Tetrahydrofolate Methylation in Desulfitobacterial Glycine Betaine Metabolism at Atomic Resolution.
著者: Badmann, T. / Groll, M.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
B: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
C: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
D: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,9639
ポリマ－134,0334
非ポリマー1,9305
水7,242402
1
A: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
B: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0285
ポリマ－67,0172
非ポリマー1,0113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21770 Å2
手法PISA
2
C: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
D: Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9354
ポリマ－67,0172
非ポリマー9192
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area22500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.400, 73.100, 89.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Methylcorrinoid:tetrahydrofolate methyltransferase / Methylcobalamin:tetrahydrofolate methyltransferase / MethylCbl:THF methyltransferase


分子量: 33508.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense Y51 (バクテリア)
遺伝子: mtgA, DSY3157 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q24SP6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-THH / N-[4-({[(6S)-2-AMINO-4-HYDROXY-5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROPTERIDIN-6-YL]METHYL}AMINO)BENZOYL]-L-GLUTAMIC ACID / 5-METHYLTETRAHYDROFOLATE / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS, 28% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 139692 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 24053 / CC1/2: 0.823

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SJ8

6sj8


解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.723 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.109
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 6984 5 %RANDOM
Rwork0.2095 ---
obs0.2194 132691 97.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.31 Å2 / Biso mean: 21.902 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.13 Å20 Å21.15 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---2.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9228 0 138 402 9768
Biso mean--22.91 31.21 -
残基数----1197
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0139570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0179052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.65912984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2861.5921028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.16851189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.59624.111416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.928151597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9661528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021882
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.547318622
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 521 -
Rwork0.317 9896 -
all-10417 -
obs--98.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36010.10880.0430.1953-0.02280.0199-0.00280.01050.0098-0.0063-0.0053-0.01940.0111-0.0050.00810.11630.0018-0.00110.0747-0.00190.0039-2.8025-5.3815-0.7428
20.4869-0.0595-0.03810.0132-0.00680.05320.01130.02430.00310.0124-0.00120.003-0.0064-0.0082-0.01010.10710.00590.00120.0774-0.00260.0028-39.01610.93760.402
30.4980.0747-0.04960.0268-0.00490.05650.0124-0.02380.0265-0.01830.0045-0.00170.00960.0053-0.01690.109-0.0040.00310.0781-0.00060.0071-20.6499-18.313640.8205
40.3937-0.130.01120.24880.04180.0137-0.0039-0.00320.0104-0.004-0.00670.03980.00820.01160.01060.1111-0.0038-0.00610.07370.00610.0104-57.0624-24.320842.2346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 901
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 901
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 901
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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