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- PDB-6sjw: Structure of the self-processing module of iron-regulated FrpC of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sjw
タイトルStructure of the self-processing module of iron-regulated FrpC of N. Meningitidis with calcium ions
要素Iron-regulated protein FrpC
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Repeat in toxin proteins / calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RTX toxin determinant A / Haemolysin-type calcium binding-related / Haemolysin-type calcium binding protein related domain / TSP type-3 repeat / : / Hemolysin-type calcium-binding conserved site / Hemolysin-type calcium-binding region signature. / RTX calcium-binding nonapeptide repeat / RTX calcium-binding nonapeptide repeat (4 copies) / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron-regulated protein FrpC
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis NM95 (髄膜炎菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kuban, V. / Macek, P. / Hritz, J. / Nechvatalova, K. / Nedbalcova, K. / Faldyna, M. / Zidek, L. / Bumba, L.
資金援助 チェコ, 6件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic19-15175S チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0068 チェコ
Other governmentLM2015042 チェコ
Other privateLM2015064 チェコ
Other privateLM2015043 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLQ1601 チェコ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Ca 2+ -Dependent Self-Processing Activity of Repeat-in-Toxin Proteins.
著者: Kuban, V. / Macek, P. / Hritz, J. / Nechvatalova, K. / Nedbalcova, K. / Faldyna, M. / Sebo, P. / Zidek, L. / Bumba, L.
履歴
登録2019年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32021年6月23日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.field_strength
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-regulated protein FrpC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1745
ポリマ－19,0141
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Iron-regulated protein FrpC


分子量: 19013.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis NM95 (髄膜炎菌)
遺伝子: frpC / プラスミド: pSPM-His / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(lambdaDE3) / 参照: UniProt: P55127
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HNCO
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D 1H-15N NOESY
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
191isotropic315N R2
181isotropic315N R1
1101isotropic32D 1H-15N HSQC
1111isotropic32D ssNOE
1161isotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
2151isotropic32D 1H-15N HSQC
2141isotropic33D HN(CO)CA
2131isotropic33D HNCA
2121isotropic43D HN(CA)CB
2171isotropic43D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 5 mM TRIS, 50 mM sodium chloride, 0.1 % sodium azide, 10 mM Calcium chloride, 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Self-processing module of FrpC, 90% H2O/10% D2O
Label: SPM / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMTRISnatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
10 mMCalcium chloridenatural abundance1
0.5 mMSelf-processing module of FrpC[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
165 mMspm-structured-303K7.41 atm303.2 K
265 mMspm-structured-283K7.41 atm283.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8503
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.115Goddardchemical shift assignment
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
GROMACS5.1.1Erik Lindahl, David van der Spoel, Berk Hess, Mark Abraham精密化
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
Sparky3.115Goddardデータ解析
Sparky3.115Goddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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