PDB-6sim: SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sim

タイトル

SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam geometry data collection and univariate analysis

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Univariate analysis / Single-wavelength X-ray Anomalous Diffraction / Inverse beam geometry collection / Hen Egg White Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385 Å

データ登録者

Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2019
タイトル: Bayesian machine learning improves single-wavelength anomalous diffraction phasing.
著者: Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

履歴

登録	2019年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sim	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6shoC 6sijC 6sikC 6silC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1heq-d 3tmu-d 3wxt-d 3a3r-d 4gcd-d 6a4o-d 6qnb-d 1ykz-d 4lfx-d 2blx-d 5k2k-d 1lzd-d 3lyo-d 4x3b-d 7cdr-d 5t3f-d 2ybj-d 1ir9-d 6h79-d 2h9k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Commercially obtained from Sigma-Aldrich (St Louis, MO)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.070, 79.070, 36.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-342- HOH
2	1	A-366- HOH
3	1	A-457- HOH

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 174分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.7 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50mM Na Acetate pH 4.5 1M NaCl 25% Ethylene glycol / Temp details: Temperature controlled room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.5498 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→39.535 Å / Num. obs: 28213 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 38.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.0864930778 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 44.83
反射シェル	解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique obs: 1392 / CC_1/2: 0.915 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å / SU ML: 0.170732220944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.54672053736 / 位相誤差: 18.5346495603

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.17376946995	1415	5.01595179015 %
R_work	0.145960963542	-	-
obs	0.147399816682	28210	97.2691538515 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.9213345266 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	29	160	1190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00548945715831	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779303657979	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519751592954	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042038380808	194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.55977429929	649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6102-1.6677	0.358097281973	107	0.278029732747	2004	X-RAY DIFFRACTION	73.0702665282
1.6677-1.7345	0.230739238163	145	0.185403262652	2722	X-RAY DIFFRACTION	99.5140576189
1.7345-1.8134	0.208108991314	144	0.161438654324	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8134-1.9091	0.188638086123	146	0.142431367117	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9091-2.0287	0.196747268115	144	0.133727969513	2792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0287-2.1853	0.158788149093	146	0.137567743845	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1853-2.4052	0.153684188071	142	0.133756106453	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4052-2.7531	0.194929198185	149	0.15263899595	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7531-3.4683	0.143221064163	147	0.139154876958	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4683-39.53	0.154694651917	145	0.137336895061	2765	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.67714095366	2.94725375788	-0.518181898567	3.03577258802	1.64005874139	5.96962765086	0.00551004184332	-0.282562737872	0.226165264475	-0.0456273921333	-0.148786202308	0.236705949294	-0.158190300681	-0.191396041277	0.103241896679	0.111406340666	0.0293727465967	0.032011888904	0.115771511219	-0.0187128197287	0.165350779651	33.3349358665	23.4117540017	18.4931618975
2	6.21960646278	-2.97990303244	-0.742608980748	6.93459606218	-0.780509471093	1.67548892036	-0.164017940524	-0.115517293657	-0.0921229826982	-0.0295148081504	0.220609670682	0.437058263167	-0.0625207766928	-0.113188474076	0.000728789973961	0.0782061356569	-0.0141011636308	-0.0259839562009	0.145803928348	0.00209128116477	0.161128901442	28.0183016689	16.039749962	7.24474480139
3	1.89837864881	1.19581619877	-0.405446586196	1.88521621005	0.153828899807	1.87946636873	0.0129527649954	-0.0998520970453	-0.0608863250033	-0.109105816969	-0.0103139585629	-0.101054908987	0.0553025992433	0.149651838093	0.00615632625359	0.0844500164805	0.0162315028289	0.0143251401484	0.0722129329089	-0.00141783899483	0.105727705538	45.0451302193	18.4856433933	11.4104613267
4	8.37769403056	6.59367207959	-1.9965202065	8.24141005657	-4.04981331329	5.90425420827	-0.0276765310036	0.0576559896766	-0.00374863201579	-0.142023543497	0.0903920973468	0.1443726406	0.161738231889	-0.232997794555	-0.0199004482286	0.0689441813418	-0.00122356261459	-0.00740168028968	0.0822359289674	-0.00286060761616	0.0714420713769	45.1946253534	21.8035220595	7.53973179455
5	3.89134025932	4.61105454942	3.05444719901	6.26323326681	3.15347634876	3.60465657873	-0.280451387377	0.662732848071	-0.146108530147	-0.287366254636	0.345416148237	-0.315970724797	0.193277630069	0.209443046998	-0.116160870917	0.144218858173	-0.0186343162971	0.0261208381424	0.154368579748	-0.00860755673974	0.121344755184	48.4940154411	23.9477992235	-1.40962473221
6	4.02285687967	0.706627675673	-1.83952382074	1.11611116781	-0.5931705369	5.38599838569	-0.12491257941	0.262177543034	0.232129129957	-0.127659121148	0.142559514917	0.184227149679	0.00813070276286	-0.0765258102165	-0.0112973307253	0.122710321448	-0.0263517254883	-0.0239860503636	0.0918747862043	0.0177623278507	0.150096856823	42.7103799911	27.6965453174	1.97875932659
7	4.74745205884	1.37227250691	1.03176741237	6.49031599389	7.37593200656	8.46601853845	0.0238435378288	0.148873429279	0.164566337738	-0.15225676069	-0.10392574486	0.16540634667	-0.236654385767	-0.341959918694	0.056510870416	0.0903198484779	0.000510567563959	-0.0116411961838	0.109457655447	0.0480233811934	0.134886717838	34.6040352612	22.3278573196	3.42586831588
8	6.62171583747	-1.17013230015	5.47646105105	2.97794688323	-1.2339959497	7.84725422883	0.0157173079918	0.199593400499	-0.170789436318	-0.250165936698	0.00780258185123	-0.11857335345	0.15203028322	0.4233108572	0.00050261315958	0.0757052308417	-0.00934102475093	0.0228594938965	0.0851188765362	-0.00300682497107	0.117645190623	39.6706619435	9.81926732417	5.26466171617
9	3.21172727574	-3.31869940318	-3.13402213897	5.08771316642	4.85150172522	4.72080215073	-0.130874948339	0.0160834083446	-0.161608216559	0.252243976539	-0.00455352360556	0.375212392577	0.330100204413	-0.472943288399	0.207119846329	0.1334232691	-0.0220286951009	0.0190227204207	0.135594627298	0.0208539828089	0.143081508746	34.2453192414	7.16400136755	16.8982976373
10	7.82371230655	-4.90058365222	-3.58031634412	4.40224447065	4.35537968527	4.98802881008	-0.130699883422	-0.207878298513	-0.327164738738	0.552324064772	-0.0778547989727	0.946769486178	0.117391911402	-0.289962664276	0.139117131041	0.201453919795	0.0300129759864	0.11819435035	0.258385051652	0.0456225542695	0.336634591115	26.4489188279	16.0018909439	23.4977887509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 86 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 87 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 118 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 141 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 142 through 147 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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