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万見
- PDB-6sig: Epidermicin antimicrobial protein from Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sig
タイトルEpidermicin antimicrobial protein from Staphylococcus epidermidis
要素Epidermicin locus structural protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / antibiotic / helical
機能・相同性Bacteriocin class II, aureocin-like / Aureocin-like type II bacteriocin / Epidermicin locus structural protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Derrick, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J021474/1 英国
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Flowering Poration-A Synergistic Multi-Mode Antibacterial Mechanism by a Bacteriocin Fold.
著者: Hammond, K. / Lewis, H. / Halliwell, S. / Desriac, F. / Nardone, B. / Ravi, J. / Hoogenboom, B.W. / Upton, M. / Derrick, J.P. / Ryadnov, M.G.
履歴
登録2019年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermicin locus structural protein
B: Epidermicin locus structural protein
C: Epidermicin locus structural protein
D: Epidermicin locus structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4096
ポリマ－24,2174
非ポリマー1922
水4,125229
1
A: Epidermicin locus structural protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0541
ポリマ－6,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermicin locus structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1502
ポリマ－6,0541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermicin locus structural protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0541
ポリマ－6,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermicin locus structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1502
ポリマ－6,0541
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.740, 99.440, 69.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-126-

HOH

21A-130-

HOH

31B-226-

HOH

41B-231-

HOH

51B-232-

HOH

61C-152-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Epidermicin locus structural protein


分子量: 6054.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BG66
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Acetate pH4.5, 28% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→49.78 Å / Num. obs: 42997 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.209 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.649 / Num. unique obs: 3140 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.781

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SIF

6sif


解像度: 1.58→49.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.203 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1747 2168 5 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
obs0.1575 40821 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.76 Å2 / Biso mean: 23.404 Å2 / Biso min: 11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å2-0 Å20 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→49.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 10 229 1931
Biso mean--27.78 36.57 -
残基数----201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0121770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.6192383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5761.5884019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4655201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.88923.69265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.54215345
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021863
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02401
LS精密化 シェル解像度: 1.584→1.625 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 156 -
Rwork0.218 2978 -
all-3134 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6270.1-0.07035.0147-1.74073.2388-0.0212-0.0313-0.05460.19340.10080.07780.0435-0.1003-0.07960.0710.01120.01070.01020.00510.0159-22.318-10.1116.067
23.80340.26270.67980.4944-0.34122.36360.0677-0.1824-0.04270.0351-0.0253-0.03550.02310.1061-0.04240.0286-0.0076-0.00360.0312-0.00380.0171-36.025-24.719-27.582
34.32340.5816-2.28410.5858-0.13283.58480.0745-0.20420.10850.08650.01270.0572-0.1420.1089-0.08720.04130.00070.01110.0186-0.00420.0124-55.885-21.101-19.426
40.79890.85760.0634.46382.61345.05810.00520.1422-0.0705-0.16070.1505-0.1289-0.09990.104-0.15570.0656-0.0140.00820.0359-0.0110.0241-19.014-8.721-16.531
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 51
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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