PDB-6sif: Epidermicin antimicrobial protein from Staphylococcus epidermidis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sif

タイトル

Epidermicin antimicrobial protein from Staphylococcus epidermidis

要素

Epidermicin locus structural protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / antibiotic / helical

機能・相同性

Bacteriocin class II, aureocin-like / Aureocin-like type II bacteriocin / Epidermicin locus structural protein

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Derrick, J.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2020
タイトル: Flowering Poration-A Synergistic Multi-Mode Antibacterial Mechanism by a Bacteriocin Fold.
著者: Hammond, K. / Lewis, H. / Halliwell, S. / Desriac, F. / Nardone, B. / Ravi, J. / Hoogenboom, B.W. / Upton, M. / Derrick, J.P. / Ryadnov, M.G.

履歴

登録	2019年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sif.cif.gz	177 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sif.ent.gz	143.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sif.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sif_validation.pdf.gz	488.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sif_full_validation.pdf.gz	493.3 KB	表示
XML形式データ	6sif_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	6sif_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sif	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6sigC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a61-1 1pju-5 4m2z-d 2c5r-d 2f08-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epidermicin locus structural protein

B: Epidermicin locus structural protein

C: Epidermicin locus structural protein

D: Epidermicin locus structural protein

E: Epidermicin locus structural protein

F: Epidermicin locus structural protein

G: Epidermicin locus structural protein

H: Epidermicin locus structural protein

ヘテロ分子

49.2 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.180, 117.860, 52.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 51	1 - 51
2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 51	1 - 51
1	2	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 51	1 - 51
2	2	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 51	1 - 51
1	3	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 49	1 - 49
2	3	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 49	1 - 49
1	4	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	2 - 50	2 - 50
2	4	ALA	ALA	TRP	TRP	E	E	2 - 50	2 - 50
1	5	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 51	1 - 51
2	5	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 51	1 - 51
1	6	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	2 - 47	2 - 47
2	6	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	7	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	2 - 50	2 - 50
2	7	ALA	ALA	TRP	TRP	H	H	2 - 50	2 - 50
1	8	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 51	1 - 51
2	8	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 51	1 - 51
1	9	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 49	1 - 49
2	9	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 49	1 - 49
1	10	ALA	ALA	TRP	TRP	B	B	2 - 50	2 - 50
2	10	ALA	ALA	TRP	TRP	E	E	2 - 50	2 - 50
1	11	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 51	1 - 51
2	11	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 51	1 - 51
1	12	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	2 - 47	2 - 47
2	12	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	13	ALA	ALA	TRP	TRP	B	B	2 - 50	2 - 50
2	13	ALA	ALA	TRP	TRP	H	H	2 - 50	2 - 50
1	14	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 49	1 - 49
2	14	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 49	1 - 49
1	15	ALA	ALA	TRP	TRP	C	C	2 - 50	2 - 50
2	15	ALA	ALA	TRP	TRP	E	E	2 - 50	2 - 50
1	16	MET	MET	ALA	ALA	C	C	1 - 51	1 - 51
2	16	MET	MET	ALA	ALA	F	F	1 - 51	1 - 51
1	17	ALA	ALA	LYS	LYS	C	C	2 - 47	2 - 47
2	17	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	18	ALA	ALA	TRP	TRP	C	C	2 - 50	2 - 50
2	18	ALA	ALA	TRP	TRP	H	H	2 - 50	2 - 50
1	19	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	2 - 49	2 - 49
2	19	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	2 - 49	2 - 49
1	20	MET	MET	LEU	LEU	D	D	1 - 49	1 - 49
2	20	MET	MET	LEU	LEU	F	F	1 - 49	1 - 49
1	21	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	2 - 47	2 - 47
2	21	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	22	ALA	ALA	LEU	LEU	D	D	2 - 49	2 - 49
2	22	ALA	ALA	LEU	LEU	H	H	2 - 49	2 - 49
1	23	ALA	ALA	TRP	TRP	E	E	2 - 50	2 - 50
2	23	ALA	ALA	TRP	TRP	F	F	2 - 50	2 - 50
1	24	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	2 - 47	2 - 47
2	24	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	25	ALA	ALA	ALA	ALA	E	E	2 - 51	2 - 51
2	25	ALA	ALA	ALA	ALA	H	H	2 - 51	2 - 51
1	26	ALA	ALA	LYS	LYS	F	F	2 - 47	2 - 47
2	26	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
1	27	ALA	ALA	TRP	TRP	F	F	2 - 50	2 - 50
2	27	ALA	ALA	TRP	TRP	H	H	2 - 50	2 - 50
1	28	ALA	ALA	LYS	LYS	G	G	2 - 47	2 - 47
2	28	ALA	ALA	LYS	LYS	H	H	2 - 47	2 - 47

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Epidermicin locus structural protein 分子量: 6054.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌) 参照: UniProt: H9BG66
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Acetate pH4.5, 28% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0725 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0725 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→46.13 Å / Num. obs: 64599 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 16.461 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.69→1.73 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.576 / Num. unique obs: 4639 / R_pim(I) all: 0.351 / R_rim(I) all: 0.744 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.69→46.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 5.558 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.108
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	3263	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2475	-	-	-
obs	0.2482	61278	98.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.11 Å² / B_iso mean: 24.78 Å² / B_iso min: 9.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.69→46.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3374	0	40	103	3517
B_iso mean	-	-	38.96	26.42	-
残基数	-	-	-	-	401

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.62	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.439	1.588	7972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.297	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.968	23.78	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.384	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	779

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1679	0.1
1	2	B	1679	0.1
2	1	A	1674	0.09
2	2	C	1674	0.09
3	1	A	1565	0.08
3	2	D	1565	0.08
4	1	A	1657	0.09
4	2	E	1657	0.09
5	1	A	1680	0.09
5	2	F	1680	0.09
6	1	A	1472	0.11
6	2	G	1472	0.11
7	1	A	1645	0.08
7	2	H	1645	0.08
8	1	B	1695	0.09
8	2	C	1695	0.09
9	1	B	1587	0.08
9	2	D	1587	0.08
10	1	B	1644	0.1
10	2	E	1644	0.1
11	1	B	1703	0.09
11	2	F	1703	0.09
12	1	B	1461	0.12
12	2	G	1461	0.12
13	1	B	1628	0.09
13	2	H	1628	0.09
14	1	C	1589	0.07
14	2	D	1589	0.07
15	1	C	1646	0.09
15	2	E	1646	0.09
16	1	C	1692	0.09
16	2	F	1692	0.09
17	1	C	1467	0.11
17	2	G	1467	0.11
18	1	C	1611	0.09
18	2	H	1611	0.09
19	1	D	1544	0.11
19	2	E	1544	0.11
20	1	D	1557	0.11
20	2	F	1557	0.11
21	1	D	1444	0.12
21	2	G	1444	0.12
22	1	D	1534	0.08
22	2	H	1534	0.08
23	1	E	1678	0.07
23	2	F	1678	0.07
24	1	E	1500	0.09
24	2	G	1500	0.09
25	1	E	1674	0.1
25	2	H	1674	0.1
26	1	F	1488	0.09
26	2	G	1488	0.09
27	1	F	1628	0.1
27	2	H	1628	0.1
28	1	G	1480	0.11
28	2	H	1480	0.11

LS精密化シェル

解像度: 1.69→1.734 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	234	-
R_work	0.332	4402	-
all	-	4636	-
obs	-	-	97.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0496	0.1119	-0.3166	2.0647	0.7934	4.3543	0.0078	-0.0995	0.0832	0.1464	-0.0204	0.1507	-0.093	-0.2241	0.0127	0.0161	0.0059	0.0061	0.2195	-0.0133	0.1865	83.752	31.051	32.831
2	3.9389	0.029	0.3564	1.7929	0.3633	6.3014	0.1117	-0.1872	0.1035	0.1888	0.0646	-0.1708	0.061	-0.0176	-0.1763	0.0232	-0.0035	-0.0125	0.1641	0.0052	0.1585	57.221	30.164	32.862
3	2.236	-0.14	-0.4549	4.9218	-1.3469	4.1261	-0.0142	0.2894	0.0449	-0.5076	-0.0088	-0.1075	0.227	0.0469	0.023	0.2178	0.0232	-0.0008	0.2176	0.0018	0.1999	69.861	8.996	33.785
4	2.0617	0.4659	-0.1318	4.747	-0.1839	3.0975	0.0404	-0.1638	-0.2182	0.4746	0.0184	-0.3553	0.1155	0.1308	-0.0588	0.1942	-0.026	-0.0051	0.1729	-0.0101	0.2384	72.534	48.6	9.433
5	4.9651	0.362	1.7979	1.6902	0.6985	4.2613	0.0118	0.3535	-0.1026	-0.2454	0.0257	0.0621	0.0843	0.0438	-0.0374	0.0446	-0.0046	-0.0048	0.2774	-0.0333	0.1938	83.717	25.424	11.036
6	3.3734	-0.4451	-1.3199	2.0797	0.1744	6.1889	0.0898	0.242	-0.0251	-0.3018	0.0799	-0.0143	-0.082	-0.2316	-0.1697	0.0445	-0.0054	0.0055	0.1582	0.0168	0.145	57.193	29.232	10.435
7	3.0849	0.5569	-0.1435	5.0331	1.9487	4.4818	-0.0093	0.4776	-0.3257	-0.2569	0.1839	-0.2962	-0.0272	0.2028	-0.1745	0.1591	-0.0388	0.042	0.2701	-0.0639	0.2794	73.487	48.598	40.742
8	1.5889	-0.3116	0.2321	5.1258	1.7509	2.6879	-0.0224	-0.2127	0.0618	0.1404	0.035	-0.0951	-0.0367	0.0912	-0.0126	0.147	0.0205	0.0399	0.1863	-0.0018	0.197	70.913	8.983	3.014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 48
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 51

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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