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万見
- PDB-6sh9: EngBF DARPin Fusion 4b D12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sh9
タイトルEngBF DARPin Fusion 4b D12
要素
  • Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase,DARPin 4b D12
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードHYDROLASE / crystallization chaperone / protein fusion / DARPin / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane ...endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, helical bundle domain / : / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, domain 5 / Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Glycosyl hydrolase 101 beta sandwich domain ...: / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, helical bundle domain / : / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, domain 5 / Glycosyl hydrolase 101, beta-sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase, N-terminal / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Glycosyl hydrolase 101 beta sandwich domain / Galactose-binding domain-like / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase N-terminal domain / Galactose mutarotase-like fold domain / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / Carboxypeptidase regulatory-like domain / FIVAR domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Envelope glycoprotein gp160 / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of biological targets by host:guest crystal lattice engineering.
著者: Ernst, P. / Pluckthun, A. / Mittl, P.R.E.
履歴
登録2019年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase,DARPin 4b D12
E: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0658
ポリマ－149,5322
非ポリマー5336
水16,592921
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area49590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.010, 192.010, 122.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BE

#1: タンパク質 Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase,DARPin 4b D12


分子量: 147910.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: engBF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3T552, endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase
#2: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 1620.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P05877

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非ポリマー , 4種, 927分子

#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG 20,000 MPD MES sodium chloride manganese chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0000305674359 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0000305674359 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.2 Å / Num. obs: 172028 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.468 % / Biso Wilson estimate: 68.31 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.371 / Rrim(I) all: 0.39 / Χ2: 0.904 / Net I/σ(I): 5.03 / Num. measured all: 1800744 / Scaling rejects: 386
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible allCC1/2
2-2.059.55214.170.12120584126721262414.9799.6
2.05-2.1110.65910.3170.21132030123931238710.833100
2.11-2.1710.8467.3140.3213032212022120167.675100
2.17-2.2410.8385.7670.4412640111664116636.0521000.117
2.24-2.3110.6974.6610.5612141211357113504.89599.90.163
2.31-2.3910.5883.2930.7911621610976109763.461000.216
2.39-2.4810.3332.6940.9810890310542105392.8341000.286
2.48-2.589.4662.131.279667810216102132.2541000.336
2.58-2.710.7061.671.82104425975597541.7541000.499
2.7-2.8310.8171.3262.56101340936993691.3921000.647
2.83-2.9810.6110.9393.8494140887388720.9871000.814
2.98-3.1610.6840.6196.0590020842684260.651000.941
3.16-3.3810.5490.3988.3583557792179210.4181000.974
3.38-3.6510.040.23911.3973974736873680.2521000.987
3.65-410.0590.16114.468391679967990.171000.992
4-4.4711.1390.12118.3268480614861480.1261000.995
4.47-5.1610.8970.10620.1759227543554350.1111000.996
5.16-6.3210.4930.11118.9648342460746070.1161000.995
6.32-8.949.7680.08321.1334832356835660.08899.90.997
8.94-49.210.7620.0627.0721470200919950.06399.30.998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZXQ

2zxq


解像度: 2.4→49.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 4991 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.163 99813 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 190.45 Å2 / Biso mean: 60.97 Å2 / Biso min: 29.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1699 Å20 Å20 Å2
2--1.1699 Å20 Å2
3----2.3399 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10357 0 24 921 11302
Biso mean--81.4 60.06 -
残基数----1349
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3663SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1871HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10642HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1378SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12581SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d10642HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg14446HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.79
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.42 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2694 100 5.01 %
Rwork0.2438 1897 -
all0.245 1997 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 80.5084 Å / Origin y: -31.3872 Å / Origin z: 3.9046 Å
111213212223313233
T0.0859 Å2-0.0003 Å20.0412 Å2-0.1273 Å20.0245 Å2--0.1401 Å2
L0.1142 °2-0.1554 °2-0.0214 °2-0.7868 °2-0.0355 °2--0.4115 °2
S0.0059 Å °0.0355 Å °0.0175 Å °0.0357 Å °-0.0121 Å °0.1185 Å °-0.0588 Å °-0.0661 Å °0.0062 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A342 - 346
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B342 - 346
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B342 - 346
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C342 - 346
5X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E342 - 346
6X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }S342 - 346

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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