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- PDB-6sh6: Crystal structure of the human DEAH-helicase DHX15 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sh6
タイトルCrystal structure of the human DEAH-helicase DHX15 in complex with the NKRF G-patch bound to ADP
要素
  • NF-kappa-B-repressing factor
  • Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
キーワードHYDROLASE / G-patch / DEAH helicase / DExH helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


U12-type spliceosomal complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / response to alkaloid / ATPase activator activity / antiviral innate immune response / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / response to toxic substance ...U12-type spliceosomal complex / ATP-dependent activity, acting on RNA / response to alkaloid / ATPase activator activity / antiviral innate immune response / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / spliceosomal complex / response to toxic substance / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / double-stranded RNA binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / defense response to virus / RNA helicase activity / RNA helicase / nuclear speck / defense response to bacterium / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
NF-kappaB-repression factor, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / DHX15, DEXH-box helicase domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain ...NF-kappaB-repression factor, R3H domain / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / DHX15, DEXH-box helicase domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / Double-stranded RNA binding motif / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / Double-stranded RNA-binding domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NF-kappa-B-repressing factor / ATP-dependent RNA helicase DHX15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Jonas, S. / Studer, M.K. / Ivanovic, L.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_179498 スイス
Swiss National Science Foundation182880 スイス
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for DEAH-helicase activation by G-patch proteins.
著者: Studer, M.K. / Ivanovic, L. / Weber, M.E. / Marti, S. / Jonas, S.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15
B: NF-kappa-B-repressing factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0035
ポリマ－86,4892
非ポリマー5143
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area31040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.855, 91.212, 212.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX15 / ATP-dependent RNA helicase #46 / DEAH box protein 15


分子量: 79063.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHX15, DBP1, DDX15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O43143, RNA helicase
#2: タンパク質 NF-kappa-B-repressing factor / NFkB-repressing factor / Protein ITBA4 / Transcription factor NRF


分子量: 7425.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NKRF, ITBA4, NRF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star / 参照: UniProt: O15226

-
非ポリマー , 4種, 302分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02 M 1,6-hexanediol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.4 Å / Num. obs: 68754 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 6760 / CC1/2: 0.387 / Rpim(I) all: 1.13 / Rrim(I) all: 4.22 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XDR

5xdr


解像度: 1.85→46.4 Å / SU ML: 0.3132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.4548
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 3404 4.96 %
Rwork0.2035 --
obs0.2055 68686 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5781 0 32 299 6112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00985987
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04158118
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0622906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.23383713
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.49241230.46522646X-RAY DIFFRACTION97.02
1.88-1.910.48611400.4292667X-RAY DIFFRACTION99.68
1.91-1.940.46131410.4372708X-RAY DIFFRACTION99.69
1.94-1.970.40921370.36822675X-RAY DIFFRACTION99.96
1.97-20.37821490.33642703X-RAY DIFFRACTION99.86
2-2.040.34071310.30562696X-RAY DIFFRACTION99.79
2.04-2.080.31381590.28642673X-RAY DIFFRACTION99.75
2.08-2.120.3351450.27042721X-RAY DIFFRACTION99.97
2.12-2.170.33061300.25852688X-RAY DIFFRACTION99.89
2.17-2.220.31381420.24372707X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.270.33241400.27952702X-RAY DIFFRACTION99.89
2.27-2.330.2941290.2242697X-RAY DIFFRACTION99.79
2.33-2.40.27091380.20952718X-RAY DIFFRACTION99.93
2.4-2.480.22511490.21582715X-RAY DIFFRACTION99.93
2.48-2.570.2341430.20162728X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.670.26221420.2072724X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.790.27081470.20032714X-RAY DIFFRACTION99.93
2.79-2.940.23141420.19952731X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.120.25161470.21042708X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.370.26871360.21082741X-RAY DIFFRACTION99.97
3.37-3.70.23231500.18252748X-RAY DIFFRACTION99.97
3.7-4.240.21271420.16842770X-RAY DIFFRACTION100
4.24-5.340.16241540.14712791X-RAY DIFFRACTION100
5.34-46.40.20931480.17392911X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34042973014-0.102543794217-0.04280400007081.65207564728-0.004770008475222.48553677675-0.05184649825770.0592497872464-0.088781158722-0.1336841333430.0207082571322-0.1022085672710.189983135710.07034938285170.08993063344320.180222033843-0.0136823708840.02817780615860.247448884380.0185592627080.23970472692627.619944117-15.6213328599.04621251458
21.15683089644-0.1253268592170.1676313572521.305864076570.1696223543851.37309406472-0.36026442175-0.112922606501-0.657663092850.1276646781890.07365055330950.08966198157731.03656570913-0.08707658895510.0572259561411.15446469411-0.06090149354840.2419137515120.4987971091940.03301762636260.58360743246913.4079071964-43.257542501720.6762942472
31.194275307351.021195003310.2131233761051.20823947833-0.5235485234963.01720475541-0.1823412729650.0873983172094-0.0298561582650.0506467794607-0.09539491245390.4805399075710.642538521516-0.6537230560340.0601324764350.536133635494-0.1320779261050.02336979419120.464543939418-0.02698052112460.4725960442267.22240470469-28.284344136920.1927990261
40.590829650904-0.1079571711570.01522377590560.952130627538-0.413272902321.555381356780.0089611209163-0.0339078507-0.02966127034140.194726216846-0.05760667346280.0933196917366-0.0227800194869-0.05910328834430.06787477919070.363977673157-0.04678507269030.04434780908730.289168142347-0.01109074884690.29695097127721.7302365545-16.787814393746.0278319401
50.2767663697340.408849026907-0.4011160403820.604610044392-0.5959325992420.6253655836120.0710790324161-0.3413949862130.2853447962550.5948142533280.01369763545890.473508524003-1.01268477868-0.828662183844-0.07330370349671.00635025580.1128898428770.07268220867810.972504332866-0.2486961926631.09504298899.636925109815.3916592029638.9208795327
60.8397543376751.363084848520.8383647317452.315772325030.6169779039726.218185728420.1706114004590.1166038155870.4598151590240.3384834229930.01406080887460.445345466367-0.877756047865-0.862083225872-0.06670103549771.167260244910.182464228210.2104338293490.7943615863230.1273715651420.8294809292827.028744586294.628650720627.952964224
71.147090698880.704643656018-0.4859864689253.85279844633-1.30444541543.076045639680.1480085233190.1931784030350.05984903503110.4851981661250.2439392671460.7340719808570.15882146417-0.991604124294-0.1280267935721.135229390910.0799659027770.1205298894411.12904994561-0.1277456387270.8807912708241.1033915519-12.216592287729.1802779865
80.2510048227990.174661738455-0.6427011497520.749892078499-0.4366333473091.78563203035-0.0397108113227-0.169126332199-0.1230496021850.2133692830630.2067805951260.2752802640960.717321787335-0.6311041951-0.02125599694541.30251522211-0.129871274909-0.0008163860719161.27537533955-0.1232694474180.716620230055-0.836749802148-33.871197287431.229874486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 108 through 318 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 319 through 414 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 415 through 499 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 500 through 789 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 553 through 561 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 562 through 571 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 572 through 586 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 587 through 593 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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