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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sh3 | ||||||
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タイトル | Structure of the ADP state of the heptameric Bcs1 AAA-ATPase | ||||||
要素 | Mitochondrial chaperone BCS1 | ||||||
キーワード | TRANSLOCASE / translocation / Rieske / mitochondira / inner mitochondiral membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / chaperone-mediated protein complex assembly / protein transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Kater, L. / Beckmann, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Structure of the Bcs1 AAA-ATPase suggests an airlock-like translocation mechanism for folded proteins. 著者: Lukas Kater / Nikola Wagener / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Walter Neupert / Roland Beckmann / 要旨: Some proteins require completion of folding before translocation across a membrane into another cellular compartment. Yet the permeability barrier of the membrane should not be compromised and ...Some proteins require completion of folding before translocation across a membrane into another cellular compartment. Yet the permeability barrier of the membrane should not be compromised and mechanisms have remained mostly elusive. Here, we present the structure of Saccharomyces cerevisiae Bcs1, an AAA-ATPase of the inner mitochondrial membrane. Bcs1 facilitates the translocation of the Rieske protein, Rip1, which requires folding and incorporation of a 2Fe-2S cluster before translocation and subsequent integration into the bc1 complex. Surprisingly, Bcs1 assembles into exclusively heptameric homo-oligomers, with each protomer consisting of an amphipathic transmembrane helix, a middle domain and an ATPase domain. Together they form two aqueous vestibules, the first being accessible from the mitochondrial matrix and the second positioned in the inner membrane, with both separated by the seal-forming middle domain. On the basis of this unique architecture, we propose an airlock-like translocation mechanism for folded Rip1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6sh3.cif.gz | 456.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6sh3.ent.gz | 379.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6sh3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6sh3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6sh3_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6sh3_validation.xml.gz | 74.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6sh3_validation.cif.gz | 110.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6sh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/6sh3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51172.336 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32839 #2: 化合物 | ChemComp-ADP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Heptameric complex of ADP bound Bcs1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 48 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 271736 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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