PDB-6sf9: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sf9

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j71

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.59 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j71
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sf9.cif.gz	256.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sf9.ent.gz	172.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sf9_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sf9_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6sf9_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6sf9_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sf9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS 6sdn 6sdo 6sdp 6sdq 6se2 6sf8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sfa-1 6se2-1 5qpe-1 5qph-1 5qq4-1 6r0b-1 5qq7-1 5qpw-1 4k10-2 6r04-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.987, 57.987, 398.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH
2	1	A-673- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 180mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.50, 20% PEG 4000, 20% Glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→48.69 Å / Num. obs: 54312 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.64 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 1.59→1.69 Å / Num. unique obs: 8015 / CC_1/2: 0.696 / R_sym value: 0.493 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.59→48.69 Å / SU ML: 0.1752 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.8467
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	2716	5 %
R_work	0.1827	51590	-
obs	0.184	54306	98.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.59→48.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2772	0	19	193	2984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	2907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9234	3968
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9684	1720

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.59-1.62	0.3869	113	0.3539	2148	X-RAY DIFFRACTION	79.78
1.62-1.65	0.3068	138	0.2724	2629	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.65-1.69	0.2724	140	0.248	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.43
1.69-1.72	0.2701	140	0.2314	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.72-1.76	0.2338	143	0.2188	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.76-1.81	0.2313	141	0.1926	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.86	0.2093	141	0.1864	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.2107	141	0.1783	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2268	143	0.1822	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.04	0.2247	142	0.1819	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.13	0.2146	143	0.173	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.13-2.22	0.2007	145	0.1661	2747	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.34	0.2255	143	0.1623	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.49	0.1901	144	0.1559	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.68	0.1869	146	0.1696	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.95	0.1983	147	0.1828	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.37	0.2153	149	0.1842	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-4.25	0.1974	151	0.1671	2881	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-48.69	0.1906	166	0.1919	3136	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.32230934981	0.209404424321	0.407823119568	0.611007597893	0.170844904856	0.949236538239	-0.0713856402504	0.0453858397252	0.175308921226	-0.0113603904397	0.00653592736302	-0.0171904084403	-0.108344921433	0.0263409921842	-0.00112567881293	0.127065375461	0.021636890866	0.0026799148647	0.146128438801	0.0196149632832	0.182295801637	-4.06099444742	-14.7090881054	-32.9001208109
2	1.04801011625	-0.00454262712188	-0.465116714903	0.273290025681	-0.00223774602838	0.975280621311	0.0266765220463	-0.143355576285	0.109231261619	0.0323692475079	-0.0023436718898	0.0292778351607	-0.0820912282652	0.00126228795164	-0.000157334768307	0.179734532988	0.0225787368018	0.00077212671369	0.236649306295	-0.0232410692408	0.178532842491	-13.0476607441	-19.4132606604	-11.7431861342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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