PDB-6sf8: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sf8

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j51

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment j51
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sf8.cif.gz	262 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sf8.ent.gz	175.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sf8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sf8_validation.pdf.gz	717.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sf8_full_validation.pdf.gz	717.7 KB	表示
XML形式データ	6sf8_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	6sf8_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sf8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/6sf8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS 6sdn 6sdo 6sdp 6sdq 6se2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sdp-1 1yhk-1 5qps-1 5qpm-1 5qpr-1 5qpx-1 5qq0-1 6si5-1 5qpu-1 6r08-1 3dyh-d 5qqc-1 5qq2-1 5qpo-1 5ael-d 5qq8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.903, 57.903, 398.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-47Y / 3-[(4E)-4-imino-5,6-dimethylfuro[2,3-d]pyrimidin-3(4H)-yl]-N,N-dimethylpropan-1-amine 分子量: 248.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.58 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 180mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.50 20% PEG 4000, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→48.63 Å / Num. obs: 52291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.25 Å² / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 35.16
反射シェル	解像度: 1.62→1.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Num. unique obs: 8151 / CC_1/2: 0.916 / R_sym value: 0.483 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.62→48.63 Å / SU ML: 0.1892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.3479
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	2615	5 %
R_work	0.1732	49674	-
obs	0.1741	52289	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→48.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2809	0	18	283	3110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	2954
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9246	4032
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0531	450
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	534
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2228	1752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.65	0.353	131	0.3576	2492	X-RAY DIFFRACTION	98.17
1.65-1.68	0.2701	133	0.2572	2517	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.68-1.71	0.2603	134	0.2024	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.71-1.75	0.2131	135	0.1735	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.75-1.79	0.2154	135	0.1648	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.84	0.2068	132	0.1635	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.84-1.89	0.2278	136	0.1664	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.89-1.94	0.2083	136	0.1719	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.94-2	0.2066	136	0.168	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.08	0.2003	136	0.164	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.16	0.1748	135	0.1548	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.26	0.1859	137	0.1552	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.38	0.1537	137	0.1492	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.53	0.1896	139	0.1565	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.53-2.72	0.2045	138	0.1632	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.99	0.1748	140	0.1699	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.99-3.43	0.2044	142	0.1748	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.43-4.32	0.1682	145	0.1661	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.32-48.63	0.1885	158	0.1928	3000	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.957068688082	0.172659003757	0.264918768238	0.336102068183	0.159497735351	0.806641917695	-0.0727731106057	0.0451063061068	0.164056771005	-0.0201017871644	0.000909184767156	-0.00651445191281	-0.0906904650202	0.0493850432647	-0.000161218538555	0.131799034342	0.00824788716105	0.00662154392298	0.141923011216	0.0324777311938	0.173597448999	-3.73329615929	-14.7844597219	-32.8988100782
2	0.760053504795	-0.029512767015	-0.426656108395	0.281044020263	-0.0669387626623	0.800757604407	0.0139928997735	-0.0922416509781	0.12036062422	0.0275366227077	0.0198928605619	0.0254767457653	-0.0749750592012	0.00827139572189	-4.09567787783E-5	0.163100718105	0.0130632123546	0.00192782722919	0.225319799055	-0.0118738989536	0.181037299453	-12.7413842859	-19.5106372969	-11.9490612659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 361 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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