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万見
- PDB-6sf7: Atomic resolution structure of SplF protease from Staphylococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sf7
タイトルAtomic resolution structure of SplF protease from Staphylococcus aureus
要素Serine protease SplF
キーワードHYDROLASE / Virulence factor / protease / bacterial
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, V8 family, histidine active site / Serine proteases, V8 family, histidine active site. / Peptidase S1B / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine protease SplF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Golik, P. / Stach, N. / Karim, A. / Dubin, G.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Structural Determinants of Substrate Specificity of SplF Protease from Staphylococcus aureus .
著者: Stach, N. / Karim, A. / Golik, P. / Kitel, R. / Pustelny, K. / Gruba, N. / Groborz, K. / Jankowska, U. / Kedracka-Krok, S. / Wladyka, B. / Drag, M. / Lesner, A. / Dubin, G.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease SplF
B: Serine protease SplF
C: Serine protease SplF
D: Serine protease SplF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,01423
ポリマ－88,1834
非ポリマー1,83119
水8,107450
1
A: Serine protease SplF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5366
ポリマ－22,0461
非ポリマー4905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine protease SplF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5887
ポリマ－22,0461
非ポリマー5426
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine protease SplF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4605
ポリマ－22,0461
非ポリマー4144
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine protease SplF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4305
ポリマ－22,0461
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.000, 58.580, 62.300
Angle α, β, γ (deg.)104.570, 95.310, 90.600
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Serine protease SplF


分子量: 22045.727 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: splF, SAUSA300_1753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2FFT4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

-
非ポリマー , 5種, 469分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 32.5 % PEG 400, 0.3 M Ammonium Sulphate pH = 3.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 77687 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 13.9 / Num. unique obs: 10882 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4VID

4vid


解像度: 1.7→29.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.79 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.11
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2078 3888 5 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1694 73794 92.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.7 Å2 / Biso mean: 27.698 Å2 / Biso min: 13.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0.68 Å2-0.34 Å2
2---0.28 Å2-0.14 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5897 0 115 451 6463
Biso mean--52.97 35.51 -
残基数----789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0136237
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0175570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.051.6428483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5831.57313017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.185809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62825.56259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16315973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.379156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021163
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 251 -
Rwork0.181 5239 -
all-5490 -
obs--88.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53870.0094-0.30931.444-0.07910.80880.0465-0.0152-0.07940.0665-0.0196-0.042-0.1630.0497-0.02690.0357-0.01050.00510.070.00590.029721.12233.71266.712
20.54870.20770.45511.31810.4511.97810.1035-0.03950.09440.0795-0.06120.04290.3655-0.173-0.04230.0703-0.0345-0.00920.05450.01350.0429-5.7175-24.12475.5848
31.28560.22220.53370.74810.1040.8342-0.0540.03990.037-0.04470.04810.053-0.06440.07880.0060.0405-0.0196-0.00870.0140.00460.00539.5504-6.6827-23.1922
41.82360.50440.22550.76440.0320.60580.02640.0775-0.02280.0916-0.0037-0.08870.021-0.0589-0.02270.0553-0.0241-0.0060.0260.00030.0139-15.0361-35.786-23.708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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