PDB-6seh: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6seh

タイトル

Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease

要素

Structure-specific endonuclease subunit SLX1
Structure-specific endonuclease subunit SLX4

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Resolvase / Structure-Selective endonuclease / Endonuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

Slx1-Slx4 complex / organelle organization / 5'-flap endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Thielavia terrestris (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Gaur, V. / Zajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease.
著者: Gaur, V. / Ziajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M.

履歴

登録	2019年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6seh.ent.gz	223.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6seh_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6seh_full_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示
XML形式データ	6seh_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	6seh_validation.cif.gz	32.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6seh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6seh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6seiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3amy-d 6kp0-2 4jg6-d 2wqb-d 3kxx-1 4eff-d 2jbp-3 2jbp-6 3gok-11 6cgi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: Structure-specific endonuclease subunit SLX1

D: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1

B: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

ヘテロ分子

95.4 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Structure-specific endonuclease subunit SLX1

D: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Slx1 and CCD domain of SLX4 elute together in a single peak during gel filtration.
47.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Structure-specific endonuclease subunit SLX1

B: Structure-specific endonuclease subunit SLX4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Slx1 and CCD domain of SLX4 elute together in a single peak during gel filtration.
47.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.322, 63.410, 103.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.697, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y

#1: タンパク質	Structure-specific endonuclease subunit SLX1 分子量: 35744.246 Da / 分子数: 2 / 変異: E79Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia terrestris (菌類) / 遺伝子: SLX1, THITE_2107775 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G2QV68, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	Structure-specific endonuclease subunit SLX4 分子量: 11833.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia terrestris (菌類) / 遺伝子: SLX4, TT172_LOCUS87 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S4CYR8
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M calcium chloride dihydrate, and 20% (v/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.2828 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2828 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→29.75 Å / Num. obs: 35689 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.31 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.75
反射シェル	解像度: 3.15→3.33 Å / 冗長度: 3.04 % / Mean I/σ(I) obs: 1.72 / Num. unique obs: 5772 / CC_1/2: 0.772 / % possible all: 90

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.15→29.74 Å / SU ML: 0.5303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 30.094

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2536	3490	9.99 %
R_work	0.2016	-	-
obs	0.2069	34928	98.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5053	0	4	10	5067

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	5187
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5774	7061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0402	781
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.0515	3054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.19	0.4725	138	0.4767	1245	X-RAY DIFFRACTION	96.71
3.19-3.24	0.4922	144	0.3532	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.24-3.29	0.4029	138	0.3273	1252	X-RAY DIFFRACTION	98.09
3.29-3.34	0.3714	139	0.2915	1254	X-RAY DIFFRACTION	97.21
3.34-3.39	0.319	138	0.2847	1228	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.39-3.45	0.3496	139	0.2777	1259	X-RAY DIFFRACTION	97.83
3.45-3.51	0.3505	139	0.2839	1221	X-RAY DIFFRACTION	96.39
3.51-3.58	0.253	139	0.2582	1265	X-RAY DIFFRACTION	98.18
3.58-3.65	0.3821	137	0.2772	1255	X-RAY DIFFRACTION	98.24
3.65-3.73	0.3435	145	0.22	1268	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.73-3.82	0.2547	142	0.2205	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.82-3.92	0.2936	137	0.1995	1224	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.92-4.02	0.2467	147	0.1983	1287	X-RAY DIFFRACTION	99.45
4.02-4.14	0.2493	134	0.1896	1271	X-RAY DIFFRACTION	98.74
4.14-4.27	0.1968	133	0.1815	1259	X-RAY DIFFRACTION	99.15
4.27-4.42	0.2626	139	0.1717	1255	X-RAY DIFFRACTION	99.22
4.42-4.6	0.1959	142	0.1696	1291	X-RAY DIFFRACTION	99.24
4.6-4.81	0.2438	139	0.1547	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.81-5.06	0.227	137	0.1646	1265	X-RAY DIFFRACTION	99.36
5.06-5.38	0.2083	142	0.1737	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.16
5.38-5.79	0.2163	138	0.1736	1269	X-RAY DIFFRACTION	99.29
5.79-6.37	0.2587	141	0.196	1274	X-RAY DIFFRACTION	99.16
6.37-7.28	0.1994	144	0.187	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.22
7.28-9.12	0.2384	143	0.1827	1238	X-RAY DIFFRACTION	98.01
9.12-29.74	0.2158	136	0.1851	1228	X-RAY DIFFRACTION	95.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.00931037932	-1.36230969031	0.397595806564	1.95575161107	0.504334833919	1.86271675298	-0.0198323282552	0.0533820875539	-0.0755737753633	0.0667212733818	-0.0392102324293	-0.062086027124	0.114694761207	0.197758422792	-0.0861126016341	0.502477524934	0.0011666843249	0.00723176723524	0.394388319012	-0.0239742228653	0.479671158526	39.7584190036	31.3789773482	34.0315670807
2	1.62813014489	0.401052265342	0.340481724404	3.2838249779	-1.94778604324	3.44510558235	-0.132881861689	0.379703143761	-0.149972602391	-0.0800500234941	0.188217169427	-0.0168216201658	0.109214470997	-0.360794221914	0.0219677564404	0.579087974081	-0.0529873475849	-0.0688322596362	0.52472594788	-0.0300577264467	0.605758861978	28.8402015305	34.1961797772	25.59320953
3	3.59101391206	-0.400360167395	-0.417299412091	1.93513848562	0.258568259983	4.38483387987	0.19515658038	0.762661600899	0.223417061141	-0.0573439516996	-0.102573088933	0.362992425028	-0.700961133212	-0.909714148951	-0.0178458248533	0.570448735471	0.105770729239	0.026559894046	0.679589001455	0.0275998287733	0.681659203239	24.8660165615	57.0620041412	18.5761427391
4	0.469385674862	-0.670579062968	0.794943982752	1.00617572111	-0.382763110153	4.12940319272	0.0187935304585	0.565209931672	0.118403850531	-0.58826890305	-0.0119385146899	0.321254376187	0.640631129569	-0.174100444084	0.00198224266559	0.489186862365	-0.0850992254745	0.0368403920307	0.669361902282	0.0542419766984	0.707321639946	35.1682046202	47.3833263109	15.5865048405
5	4.58185031727	-0.808890504998	2.46777116575	3.07404688816	0.314331962304	1.53416183771	-0.122516933209	-0.271605817369	0.282784080536	1.45675994217	0.110706165101	1.79966998643	-1.93450507872	0.140459965524	0.0459124833879	1.09341684699	-0.0356989408488	0.167943580145	0.601955234176	-0.0227137718921	0.705520501368	32.720090379	62.2494560978	43.8009873486
6	3.1806653077	-1.96307569992	-3.23610892309	8.1753236499	4.55726071469	4.74036559558	0.813992121053	-0.747079208251	0.243074845281	-2.05202598678	-0.960652944053	-1.01589870669	-2.94934158559	0.83304624428	-0.0733378443714	0.86607535179	4.88426805996E-6	0.160677523562	0.890179289276	0.0211070188064	0.845164012593	38.402641809	64.2573446681	22.2908431784
7	2.77990772808	0.324043434723	-0.433671337087	3.9772045601	1.30760267198	2.87433759322	0.157487725403	-0.152945428078	0.470543614595	0.309641247288	-0.0733903661926	-0.700379517014	-0.935720862872	0.320657361242	-0.157018564717	0.948302649065	-0.0626736780452	0.0283667320409	0.459596406874	0.0171926564809	0.616940493563	40.6947982514	60.7152360734	33.73038728
8	3.66259473179	-1.28485418145	0.198204579341	3.86031631468	0.0259601409867	4.11887358818	-0.217067269784	-0.241258245062	-0.30564018156	0.954453194033	0.423863942599	-0.164783853053	-0.192106083281	0.459081165801	-0.360059890388	0.73937956679	0.0767881622296	-0.0329701510257	0.596827612885	-0.116449494292	0.645976428506	40.409460932	57.2813871037	41.542715673
9	0.478736985367	-0.488468930617	-0.126792237419	2.01091060837	0.968179039551	0.373475826373	-0.359259708416	-0.150868600938	0.53551829563	1.1915732681	0.617514827655	-0.747377064927	-0.132462465367	0.436155600215	-0.226199002403	0.787678477551	0.507308862766	-0.226065838507	1.56383460143	-0.317966298597	1.12593378766	86.7743099795	11.5023452532	26.681782065
10	0.710986850642	-0.126245482254	-0.482707990194	2.65911755123	-0.355634482313	0.435982117822	0.685208911317	-1.65731824243	-0.97684034626	0.806759506042	-0.272787545544	0.110976541155	0.869129190904	0.324314274451	-0.229811627593	0.72946621106	0.458414832424	-0.419376197446	2.03514660188	-0.336900899545	1.17062546297	87.835028745	12.7219249983	31.7453743351
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19	6.2221289228	1.14978183755	-0.0614300613904	6.50405008652	-1.86665465075	1.96767674862	-0.171491889651	-2.01407920553	-1.31550079479	-0.254309808292	-0.0791381660048	-0.0950363071093	0.879049047496	0.344568585553	-0.193776888357	1.20689081077	0.0711642959378	0.0352120448653	0.729336896631	-0.0798580201192	0.70384398078	61.7853120344	3.69971797535	16.2247269273
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23	1.32147394018	-0.0338139133265	-2.17632832467	7.80316881541	-2.93435932837	5.13065857586	0.964434027689	-0.0686330144468	-0.124146417913	-0.222178612793	0.0545221540524	1.19922378233	0.53388801589	0.0319485825887	-1.14292267607	1.66186962164	0.201898821968	0.0513353393686	1.15725178129	-0.0899770462832	1.86850973107	58.9395459483	-15.9985738368	11.9842246996
24	2.80207583237	-1.63982658143	0.319571437864	1.68017409339	-2.33885110666	6.35627131006	0.440470394221	-0.134122901601	-1.0345397901	0.756829629113	1.14224792293	0.941810425017	0.633465337493	0.687743711824	-0.934539138576	1.17276105989	0.287621420358	0.00926558830471	0.715160830383	-0.0949830334687	0.985434446141	70.462349498	-6.87061520737	14.6172294556
25	0.451098169537	-0.62275453485	0.29816756274	2.6991012066	-1.01462369247	0.635080121527	-0.765665263328	-0.0173729524889	-1.73339253301	0.800793471784	0.0286263539558	0.324755762582	1.77516359315	0.113911618085	0.145295041111	1.65412843027	0.260053674018	0.0234095940127	1.04388131576	0.137881873051	1.55516805596	70.822049976	-2.82627140776	21.9874467664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 4 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 144 through 222 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 223 through 285 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 286 through 312 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 844 through 861 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 862 through 872 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 873 through 899 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 900 through 925 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 4 through 25 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 26 through 41 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 42 through 71 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 72 through 115 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 116 through 169 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 170 through 207 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 208 through 285 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 286 through 311 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 849 through 861 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 862 through 872 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 873 through 878 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 879 through 884 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 885 through 893 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'B' and (resid 894 through 900 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'B' and (resid 901 through 907 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'B' and (resid 908 through 918 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'B' and (resid 919 through 925 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)