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- PDB-6sei: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sei | ||||||
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Title | Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / Resolvase / Structure-Selective endonuclease / Endonuclease | ||||||
Function / homology | ![]() Slx1-Slx4 complex / organelle organization / 5'-flap endonuclease activity / DNA recombination / DNA replication / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gaur, V. / Zajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease. Authors: Gaur, V. / Ziajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 268.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 450.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6sehSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Structure-specific endonuclease subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 35744.246 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E79Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: G2QV68, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Protein | Mass: 11833.439 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA chain , 1 types, 1 molecules E
#3: DNA chain | Mass: 10129.532 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Random sequence / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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-Non-polymers , 3 types, 282 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M calcium chloride dihydrate, and 20% (v/v) PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.69→46.61 Å / Num. obs: 28286 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.49 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.23 |
Reflection shell | Resolution: 2.69→2.85 Å / Redundancy: 3.59 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6SEH Resolution: 2.69→46.61 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.0784 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.69→46.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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