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Yorodumi- PDB-6sei: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6sei | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Resolvase / Structure-Selective endonuclease / Endonuclease | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationSlx1-Slx4 complex / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Thielavia terrestris (fungus)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.69 Å | ||||||
Authors | Gaur, V. / Zajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M. | ||||||
| Funding support | United Kingdom, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2019Title: Recognition and processing of branched DNA substrates by Slx1-Slx4 nuclease. Authors: Gaur, V. / Ziajko, W. / Nirwal, S. / Szlachcic, A. / Gapinska, M. / Nowotny, M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6sei.cif.gz | 401.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6sei.ent.gz | 268.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6sei.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6sei_validation.pdf.gz | 450.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6sei_full_validation.pdf.gz | 458.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6sei_validation.xml.gz | 30.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6sei_validation.cif.gz | 43.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6sei | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6sehSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Structure-specific endonuclease subunit ... , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 35744.246 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E79Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thielavia terrestris (fungus) / Gene: SLX1, THITE_2107775 / Production host: ![]() References: UniProt: G2QV68, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Protein | Mass: 11833.439 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thielavia terrestris (fungus) / Gene: SLX4, TT172_LOCUS87 / Production host: ![]() |
|---|
-DNA chain , 1 types, 1 molecules E
| #3: DNA chain | Mass: 10129.532 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Random sequence / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 282 molecules 




| #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.35 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M calcium chloride dihydrate, and 20% (v/v) PEG 6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 3, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.69→46.61 Å / Num. obs: 28286 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.49 % / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 7.23 |
| Reflection shell | Resolution: 2.69→2.85 Å / Redundancy: 3.59 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 4554 / CC1/2: 0.82 / % possible all: 98.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6SEH Resolution: 2.69→46.61 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 29.0784 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.69→46.61 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thielavia terrestris (fungus)
X-RAY DIFFRACTION
United Kingdom, 1items
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