PDB-6se7: R600A mutant from Mycoplasma genitalium P110 Adhesin at 1.87 Angs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6se7

タイトル

R600A mutant from Mycoplasma genitalium P110 Adhesin at 1.87 Angstroms resolution

要素

Mgp-operon protein 3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Adhesion complex

機能・相同性

MgpC adhesin / Mgp-operon protein 3, C-terminal domain / MgpC adhesin / MGP3 C-terminal domain / cell adhesion / plasma membrane / : / Mgp-operon protein 3

機能・相同性情報

生物種

Mycoplasma genitalium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.87 Å

データ登録者

Fita, I. / Aparicio, D.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: R600A mutant from Mycoplasma genitalium P110 Adhesin at 1.87 Angstroms resolution
著者: Fita, I. / Aparicio, D.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6se7.cif.gz	374.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6se7.ent.gz	301.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6se7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r3tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r3t-d 6r43-d 5ox7-d 6se5-d 6r41-d 2wqy-2 2h88-1 1yq3-d 3ae2-d 2nqq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mgp-operon protein 3

ヘテロ分子

101 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.393, 150.696, 176.221
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1262- HOH
2	1	A-1324- HOH

#1: タンパク質	Mgp-operon protein 3 / Mgp3 / ORF-3 protein 分子量: 100471.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (strain ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195) (バクテリア) 株: ATCC 33530 / G-37 / NCTC 10195 / 遺伝子: MG192 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22747
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 700 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 3350 0.2M Tri-potassium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 98 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.87→88.52 Å / Num. obs: 73762 / % possible obs: 61.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.87→2.08 Å / R_merge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3689 / CC_1/2: 0.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6R3T

6r3t

解像度: 1.87→27.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU R Cruickshank DPI: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.165 / SU R_free Blow DPI: 0.148 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.145

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	3689	5 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	73718	61.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.28 Å² / B_iso mean: 60.32 Å² / B_iso min: 23.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1401 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.6805 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4596 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.87→27.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6814	0	1	704	7519
B_iso mean	-	-	32.45	58.23	-
残基数	-	-	-	-	885

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2345	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	1195	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6954	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd	0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	950	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	8176	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6954	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	9459	HARMONIC	2	1.17
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.3
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				19.11

LS精密化シェル

解像度: 1.87→2 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	62	4.2 %
R_work	0.2187	1413	-
all	0.2201	1475	-
obs	-	-	6.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.2425 Å / Origin y: 31.3533 Å / Origin z: 50.2443 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1767 Å²	-0.0856 Å²	-0.0424 Å²	-	0.0898 Å²	0.2559 Å²	-	-	0.0264 Å²
L	0.8867 °²	-0.2201 °²	0.0762 °²	-	1.0028 °²	-0.6915 °²	-	-	1.0957 °²
S	-0.0857 Å °	0.4284 Å °	0.4103 Å °	-0.0385 Å °	-0.0461 Å °	-0.2005 Å °	-0.0511 Å °	-0.0434 Å °	0.1317 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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