PDB-6se1: Structure of Salmonella ser. Paratyphi A lipopolysaccharide acety...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6se1

タイトル

Structure of Salmonella ser. Paratyphi A lipopolysaccharide acetyltransferase periplasmic domain

要素

Putative lipopolysaccharide modification acyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SGNH / acetyltransferase / lipopolysaccharide

機能・相同性

SGNH domain / SGNH domain (fused to AT3 domains) / Acyltransferase 3 domain / Acyltransferase family / SGNH hydrolase superfamily / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / membrane => GO:0016020 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Acyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Salmonella paratyphi A

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Tindall, S.N. / Pearson, C. / Herman, R. / Jenkins, H.T. / Thomas, G.H. / Potts, J.R. / Van der Woude, M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: Acetylation of Surface Carbohydrates in Bacterial Pathogens Requires Coordinated Action of a Two-Domain Membrane-Bound Acyltransferase.
著者: Pearson, C.R. / Tindall, S.N. / Herman, R. / Jenkins, H.T. / Bateman, A. / Thomas, G.H. / Potts, J.R. / Van der Woude, M.W.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6se1.cif.gz	205.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6se1.ent.gz	167.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6se1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6se1_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6se1_full_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示
XML形式データ	6se1_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	6se1_validation.cif.gz	23.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/6se1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qpp-3 1z6b-1 3ch3-d 6usn-2 1oaa-d 3h69-2 2dps-1 3my0-24 3g40-d 6qzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative lipopolysaccharide modification acyltransferase

ヘテロ分子

29.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALLS

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.740, 58.430, 90.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Putative lipopolysaccharide modification acyltransferase 分子量: 29000.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Periplasmic domain of OafB (residues 377-640) from Salmonella ser. Paratyphi A recombinantly expressed in E. coli Origami 2 cells from the pETFPP_2 vector. 由来: (組換発現) Salmonella paratyphi A (strain ATCC 9150 / SARB42) (サルモネラ菌) 株: ATCC 9150 / SARB42 / 遺伝子: SPA0467 / プラスミド: pETFPP_2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami 2 / 参照: UniProt: A0A0H2WM30
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM BisTris pH 5.5, 0.25 M Lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→47.39 Å / Num. obs: 126378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 6.4 % / Num. unique obs: 6232 / CC_1/2: 0.651 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
Fragon		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: null

解像度: 1.08→47.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.979 / SU B: 0.941 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1493	6379	5.051 %	Random
R_work	0.1358	-	-	-
all	0.137	-	-	-
obs	-	126289	99.919 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.657 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.75 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.651 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→47.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2027	0	19	360	2406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.451	1.629	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.569	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.606	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.013	23.564	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.587	15	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.775	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.161	0.2	1642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.135	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.084	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.994	1.209	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.988	1.207	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.429	1.821	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.432	1.823	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.388	1.415	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.387	1.415	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.749	2.039	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.748	2.041	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.668	16.136	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.669	16.142	2487
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.029	3	4172

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.08-1.108	0.296	477	0.27	8742	0.271	9252	0.922	0.927	99.6433	0.268
1.108-1.138	0.235	477	0.238	8542	0.238	9040	0.949	0.949	99.7677	0.23
1.138-1.171	0.226	429	0.198	8316	0.199	8763	0.95	0.966	99.7946	0.183
1.171-1.207	0.196	454	0.181	8056	0.182	8512	0.967	0.969	99.9765	0.166
1.207-1.247	0.17	425	0.17	7864	0.17	8289	0.968	0.97	100	0.154
1.247-1.291	0.181	412	0.158	7573	0.159	7987	0.959	0.97	99.975	0.141
1.291-1.339	0.156	376	0.14	7363	0.141	7739	0.973	0.975	100	0.123
1.339-1.394	0.146	332	0.123	7142	0.124	7475	0.978	0.98	99.9866	0.106
1.394-1.456	0.121	357	0.114	6751	0.114	7108	0.981	0.982	100	0.099
1.456-1.527	0.127	366	0.106	6500	0.107	6866	0.983	0.986	100	0.092
1.527-1.609	0.117	340	0.099	6166	0.1	6509	0.986	0.988	99.9539	0.088
1.609-1.707	0.121	291	0.099	5897	0.1	6188	0.985	0.987	100	0.09
1.707-1.825	0.12	295	0.1	5530	0.101	5826	0.985	0.987	99.9828	0.094
1.825-1.971	0.133	268	0.108	5176	0.11	5444	0.981	0.984	100	0.103
1.971-2.158	0.125	240	0.11	4777	0.111	5019	0.983	0.986	99.9602	0.108
2.158-2.412	0.126	222	0.11	4311	0.11	4539	0.982	0.985	99.8678	0.11
2.412-2.784	0.147	213	0.125	3853	0.126	4066	0.974	0.979	100	0.13
2.784-3.407	0.15	174	0.145	3263	0.145	3441	0.976	0.975	99.8838	0.155
3.407-4.806	0.13	144	0.139	2580	0.138	2730	0.984	0.98	99.7802	0.156
4.806-47.392	0.215	87	0.211	1508	0.211	1598	0.964	0.968	99.8123	0.237

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