PDB-6sdp: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sdp

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment 4np

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with fragment 4np
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sdp.cif.gz	264.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sdp.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sdp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6sdp_validation.pdf.gz	671.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sdp_full_validation.pdf.gz	671.3 KB	表示
XML形式データ	6sdp_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	6sdp_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS 6sdn 6sdo S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r08-1 1yhk-1 6sf8-1 5ael-d 5qqc-1 6si5-1 5qps-1 6sdq-1 5qph-1 5qpv-1 5qq2-1 5qpw-1 5qpx-1 6sfa-1 5qq8-1 5qpo-1 5qq0-1 5qpr-1 5qq5-1 5qpi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.864, 57.864, 397.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-757- HOH

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL 分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→397.732 Å / Num. obs: 71867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.17 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 26.5
反射シェル	解像度: 1.45→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.54 / Num. unique obs: 11311 / CC_1/2: 0.946 / R_sym value: 0.485 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.45→49.72 Å / SU ML: 0.1234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 15.2999

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	3593	5 %
R_work	0.1668	-	-
obs	0.1678	71864	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→49.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2834	0	17	261	3112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0078	2963
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9195	4038
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0703	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	530
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.2102	1062

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2314	133	0.2237	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.47-1.49	0.214	136	0.1959	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
1.49-1.51	0.2226	133	0.1915	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
1.51-1.53	0.2261	136	0.1821	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.56	0.2129	136	0.1757	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.56-1.58	0.1501	133	0.1731	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.61	0.1869	137	0.1718	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.1997	134	0.1684	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.67	0.1631	136	0.1615	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.71	0.1944	137	0.1703	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.74	0.2007	135	0.173	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.78	0.1964	135	0.1709	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.83	0.1609	137	0.1692	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.88	0.1968	136	0.1665	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.88-1.93	0.1682	140	0.1645	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.99	0.1596	135	0.1644	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.99-2.07	0.1796	139	0.1627	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.15	0.1859	137	0.1578	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.25	0.1904	138	0.152	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.25-2.36	0.169	138	0.1489	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.51	0.1667	142	0.1532	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.71	0.194	139	0.1546	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.98	0.1478	142	0.1612	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.41	0.1977	144	0.1709	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.3	0.2076	146	0.1547	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-49.72	0.2048	159	0.1921	3038	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.441890007325	0.0795273576928	-0.295604899368	0.298456470003	-0.250373464969	0.280850615913	-0.0325773147265	0.254936912116	0.0630046501397	-0.06957907779	0.0436064369078	-0.184755843788	-0.136150168052	0.327387836496	-5.37040562011E-5	0.147683451123	-0.00281074930663	0.00230401632134	0.183658804079	0.0276215770231	0.179471162409	4.22544531716	-13.1500368798	-38.1758800651
2	0.747279322719	0.0608411021891	-0.0121235591044	0.306782044645	0.0790050528603	0.436643368595	-0.0156011036747	-0.0125874960035	0.0697429656845	-0.00891193058251	0.00763417570726	-0.0286269892095	-0.0253794660972	0.0342403336541	-1.39527500464E-5	0.11861976758	0.00681737153118	0.00643947753102	0.137617460199	0.0214669110384	0.161055084047	0.56847163193	-15.9210227388	-30.723255875
3	0.463339335082	-0.147975277648	0.206356137749	0.462608425986	-0.00198263743304	0.738683787526	0.0146685571719	-0.00663902302482	0.0471002271526	-0.0024048144939	-0.0098215211572	0.00088437997631	-0.0286315157041	-0.0206671122415	-1.6727811798E-5	0.124957412639	0.00865919375426	0.0125320286537	0.129085161705	0.0151137326335	0.156082523828	-8.68539842601	-21.0471946655	-30.8881567141
4	0.170220294949	-0.039897388384	-0.0675368078365	0.231760453082	0.0121545403971	0.405434952071	0.0158859798115	-0.0411610327264	-0.00846068918077	0.0265697552946	-0.0229070467311	0.0284941026777	0.0135353717281	-0.0452400139521	3.72261991248E-6	0.163386689008	0.0137281366286	0.00828991171084	0.194374896275	0.00933961220346	0.150386932232	-13.2309131693	-26.0406641799	-14.9227084644
5	0.267060168221	0.231523320983	0.0567275677432	0.183810489061	0.0521364255062	0.324293711385	0.112573608576	-0.0926602762977	0.0605390728198	-0.0502705111157	-0.00570453819053	0.0686711047169	0.0101413446125	-0.0514449849903	-0.000121924533984	0.222525732106	0.00242824815073	-0.00241309069627	0.243743366249	-0.00935089190563	0.205237532429	-7.24492179229	-18.147362653	-10.2260061276
6	0.276774404144	0.315318744883	0.196518761663	0.282503924245	0.126894552032	0.216556695116	-0.0795809232429	0.0714414717787	0.209496409772	0.0632054781935	0.115136582328	0.178096103216	-0.297091597476	-0.0651366961459	-0.000821330010709	0.224607064546	0.0340696911015	0.012778846367	0.281918344322	0.0295489765764	0.245814469702	-25.4091519445	-12.3665398157	-8.34365509361
7	0.786631267592	0.256313664376	0.153818859278	0.493157169956	-0.19805592521	0.714473777293	0.0612128413846	-0.4267393408	0.306465839557	0.0197176574906	0.0273109954219	-0.0155927711894	-0.21398640862	0.144371767902	0.0327707033172	0.198748143986	0.00273426290881	0.0120551601341	0.237906029786	-0.0437618364149	0.180126385897	-5.04496514481	-14.5987230462	-4.97498176351

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 171 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 172 through 231 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 232 through 256 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 257 through 301 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 302 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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