PDB-6sdo: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with 3np

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sdo

タイトル

Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with 3np

要素

Farnesyl diphosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Farnesyl diphosphate synthase (FDPS) / Farnesyl pyrophosphate synthase (FPPS) / Trypanosoma cruzi / complex with fragment

機能・相同性

機能・相同性情報

farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with 3np
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sdo.cif.gz	259.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sdo.ent.gz	173.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/6sdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yhlS 6sdn S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sdn-1 5qq7-1 5qpw-1 6se2-1 6r04-1 5qpj-1 6sfa-1 5qq4-1 3ryw-2 5qpz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

A: Farnesyl diphosphate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering, mass spectrometry
83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.824, 57.824, 398.248
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

#1: タンパク質	Farnesyl diphosphate synthase 分子量: 41205.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WS26
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-ZCQ / 3-nitrophenol 分子量: 139.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.59 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 4mM ZnSO4+ 8 mM MES pH:6.50, 12.36% PEG MME 550, 11.57% Glycerol. crystal obtained by microseeding: 160mM (NH4)2SO4, 80mM NaOAc pH:5.00, 20% PEG 4000, 20% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→398.248 Å / Num. obs: 46230 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.08 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 37.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.43 / Num. unique obs: 6734 / CC_1/2: 0.985 / R_sym value: 0.27 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1yhl

1yhl

解像度: 1.68→50.08 Å / SU ML: 0.1294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 16.2672

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1898	2312	5 %
R_work	0.1696	-	-
obs	0.1706	46222	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→50.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2801	0	17	181	2999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	2916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.95	3973
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0834	1728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.71	0.2455	103	0.2051	1953	X-RAY DIFFRACTION	76.97
1.71-1.75	0.1984	136	0.1681	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.75-1.79	0.213	131	0.1613	2506	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.79-1.84	0.1994	134	0.1633	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.191	135	0.1582	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.94	0.192	135	0.1659	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-2.01	0.1821	136	0.1612	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.08	0.2134	135	0.1581	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.16	0.1796	135	0.1552	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.26	0.1461	136	0.1539	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.38	0.1526	137	0.1524	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.53	0.1662	138	0.1581	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.72	0.1747	138	0.1604	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-3	0.1959	139	0.1691	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.43	0.197	142	0.1758	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.43-4.32	0.1764	144	0.165	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.32-50.08	0.2214	158	0.1925	2993	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.404286613644	0.0801369536827	-0.257311469368	0.222965625943	-0.184465137102	0.234481122257	-0.0147380343087	0.356581976375	0.159179768339	0.0612224404699	0.0589426153106	-0.259490682419	0.021949477978	0.498426781879	0.000113391014289	0.209935829416	-0.0153937824214	0.0034802670459	0.272001999871	0.0426711837474	0.258539980571	3.50403690449	-13.464964955	-38.5817413057
2	0.297329288096	0.0810343372762	0.0848205791355	0.128329152857	0.0649972015266	0.0350333063928	-0.0806886053266	0.186612683486	0.112071400406	-0.0471751236105	0.0748103225984	-0.0788125659656	-0.102989264775	0.0488819921778	-0.000145252699584	0.200909035651	0.00245193403349	-0.00172344969247	0.233508188842	0.0500992432554	0.238911252555	-7.29153739734	-11.7791296773	-40.9979873471
3	0.232928703622	-0.29227291414	0.0189383284377	0.449203795307	-0.0207536467376	0.190585520635	0.010298733898	-0.120813858711	0.104968282439	0.0269554733103	-0.00955603503266	-0.0524205565905	0.0060740246857	0.0444136934651	7.45311472608E-6	0.176221198952	0.0119977745255	0.00564176006339	0.2338575666	0.0114874408187	0.227670763784	3.44458254303	-17.6833969515	-25.9377423692
4	0.100638563336	0.0904507314367	0.099236179603	0.221592306554	-0.0642775186051	0.355373593003	-0.0254102763918	0.0369098100906	0.153757749047	-0.000709935668146	-0.00435409325871	-0.0192079101177	-0.110375212901	-0.0511505463047	-7.12219449034E-6	0.187636504616	0.0142025049718	0.0198326038561	0.19798874063	0.0196758552587	0.234101183127	-12.160391647	-15.7224273229	-34.9861208858
5	0.339888545732	-0.082543421805	0.0152322531168	0.385463913057	-0.0848220219636	0.441754689807	0.0200289054415	-0.091232456308	-0.0545605664703	0.0572181985078	-0.0189000124766	0.025551042918	0.0219276448596	-0.0249230476049	3.68700391795E-5	0.19402847744	0.0208256914972	0.00799679261044	0.246387690169	0.00428640480378	0.198478830067	-10.5603446243	-26.8852297426	-18.496601476
6	0.223027162867	0.20663467449	0.0319205634111	0.177900434632	0.0169163950249	0.283612341532	0.141367314127	-0.179508539524	0.219240438255	-0.145008106057	0.0226439077358	0.00974783915151	0.0292257388003	-0.106465843764	-0.000133871491113	0.321105897696	-0.0110987846062	-0.0265345282322	0.338010189068	-0.012328852288	0.299618322418	-7.43038784616	-18.4100718208	-10.0813207404
7	0.26302836373	0.202704586837	0.178307205747	0.163057088365	0.119944761073	0.126141308679	-0.14060897411	0.219383130164	0.498477159065	-0.0550279066857	0.149041909926	0.251688341659	-0.377652670934	0.00623823789992	-0.000306630046208	0.319092189463	0.0312137833242	0.00693758579327	0.440128868855	0.0342882809714	0.362685172081	-25.7247338822	-12.3755910449	-8.15345455272
8	0.375786366799	0.356508515753	-0.158995133327	0.388243945471	-0.258256110854	0.32956037532	0.151673388012	-0.361337853023	0.260935375063	0.0334033684061	-0.0136774872554	-0.0178238787611	-0.20305289052	0.115318758222	0.0086743696374	0.280195694402	0.0410045919091	0.0139077032034	0.357792775364	-0.0646325914104	0.234271252588	-10.2441545631	-14.2880032828	-2.37699928378
9	0.156136831168	0.00514099870489	-0.219259251395	0.00237531862473	-0.0145904503035	0.35252488827	0.329754174802	-0.425780398468	0.335681224646	-0.20025247192	-0.158014860788	-0.074399657123	-0.257394492556	0.574034512128	0.0012986572925	0.265018608649	-0.037930660998	0.0365408009818	0.367070297794	-0.0523375488941	0.292120825175	5.18625162039	-15.2537900646	-10.1960059632

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 25 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 26 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 142 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 143 through 231 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 232 through 256 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 257 through 301 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 302 through 342 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 343 through 360 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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