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- PDB-6sdk: Crystal structure of bacterial ParB dimer bound to CDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sdk
タイトルCrystal structure of bacterial ParB dimer bound to CDP
要素Stage 0 sporulation protein J
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ParB / Chromosome segregation / Chromosome organization
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / bacterial nucleoid / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome segregation / chromosome / DNA binding
類似検索 - 分子機能
ParB dimerisation domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily ...ParB dimerisation domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/Spo0J, HTH domain / HTH domain found in ParB protein / : / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB/Sulfiredoxin domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Stage 0 sporulation protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Soh, Y.M. / Basquin, J. / Gruber, S.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
European Research Council724482 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Self-organization ofparScentromeres by the ParB CTP hydrolase.
著者: Soh, Y.M. / Davidson, I.F. / Zamuner, S. / Basquin, J. / Bock, F.P. / Taschner, M. / Veening, J.W. / De Los Rios, P. / Peters, J.M. / Gruber, S.
履歴
登録2019年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage 0 sporulation protein J
B: Stage 0 sporulation protein J
C: Stage 0 sporulation protein J
D: Stage 0 sporulation protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,14516
ポリマ－91,2124
非ポリマー1,93312
水8,917495
1
A: Stage 0 sporulation protein J
B: Stage 0 sporulation protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5728
ポリマ－45,6062
非ポリマー9676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
C: Stage 0 sporulation protein J
D: Stage 0 sporulation protein J
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5728
ポリマ－45,6062
非ポリマー9676
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7200 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.186, 104.501, 103.193
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.568, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Stage 0 sporulation protein J


分子量: 22802.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: spo0J, BSU40960 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26497
#2: 化合物
ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5-16 % PEG 8000, 0.15-0.25 M calcium acetate or calcium chloride, and 50 mM Tris pH 7.5 or 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.4 Å / Num. obs: 174420 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.47 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 88506 / Rsym value: 1.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSBUILT=20180126データ削減
XDSBUILT=20180126データスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.81→46.38 Å / SU ML: 0.2169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 23.8741 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 8730 5.01 %
Rwork0.1838 165690 -
obs0.1852 174420 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6329 0 108 495 6932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01176509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18248800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05151029
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00681138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.84634074
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.81-1.830.3532670.3374506992.22
1.83-1.850.3452880.3019555099.62
1.85-1.880.30192930.278556099.83
1.88-1.90.29682920.2741552599.78
1.9-1.920.30912890.2743546999.86
1.92-1.950.28392930.2581557499.8
1.95-1.980.30042900.2528559299.86
1.98-2.010.27332910.2384549499.66
2.01-2.040.24672920.2243558899.8
2.04-2.070.24992890.2167554099.86
2.07-2.110.23832860.2078545199.91
2.11-2.150.24792950.2012562899.8
2.15-2.190.24142880.2027546899.84
2.19-2.230.25262940.2019558399.85
2.23-2.280.27352880.2191546799.57
2.28-2.330.24052970.1807559399.86
2.33-2.390.22282900.1686551399.86
2.39-2.460.19212920.1658553999.81
2.46-2.530.23062890.1802554899.85
2.53-2.610.22122960.1793559299.93
2.61-2.70.22332870.1793545799.77
2.7-2.810.22822970.1763556599.8
2.81-2.940.21522960.1897558999.86
2.94-3.10.222910.186548199.81
3.1-3.290.19922940.1876553799.88
3.29-3.540.18252930.1793552899.9
3.54-3.90.19692940.1748555899.85
3.9-4.460.17582940.1427553799.86
4.46-5.620.17352950.1487552999.88
5.620.18532900.1784556699.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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