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- PDB-6sd6: Structure of VapBC from Shigella sonnei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sd6
タイトルStructure of VapBC from Shigella sonnei
要素
  • Antitoxin
  • tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
キーワードTOXIN / VapBC Toxin-antitoxin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity / toxin activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Antidote-toxin recognition MazE, bacterial antitoxin / SpoVT-AbrB domain profile. / SpoVT-AbrB domain / PIN domain / SpoVT-AbrB domain superfamily / VapC family / PIN domain / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / Antitoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella sonnei (ソンネ 赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Lea, S.M. / Hollingshead, S.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102908/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Polymorphisms in the VapBC toxin:antitoxin system mediate high frequency plasmid loss in Shigella sonnei
著者: Martyn, J.E. / Pilla, G. / Hollingshead, S. / Lea, S.M. / McVicker, G. / Tang, C.M.
履歴
登録2019年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antitoxin
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1624
ポリマ－51,1624
非ポリマー00
水48627
1
A: Antitoxin
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC

A: Antitoxin
B: Antitoxin
C: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC
D: tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,3248
ポリマ－102,3248
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area25200 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.873, 95.873, 116.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Antitoxin / VapB


分子量: 8545.569 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella sonnei (ソンネ 赤痢菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3U1ZEK5
#2: タンパク質 tRNA(fMet)-specific endonuclease VapC / RNase VapC / Toxin VapC


分子量: 17035.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella sonnei (ソンネ 赤痢菌)
遺伝子: vapC, BZ172_30265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H9P9N5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.97 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Ammonium sulphate 0.3 M sodium formate 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 3% w/v PGA and 5% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→83 Å / Num. obs: 19316 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 71.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.61→2.65 Å / Rmerge(I) obs: 2.665 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 922 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.919

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3523精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TND

3tnd


解像度: 2.61→35.15 Å / SU ML: 0.4114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.4172
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 931 4.87 %
Rwork0.2064 18184 -
obs0.2078 19115 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→35.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 0 27 3191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00173217
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44884343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.36211959
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.750.40541280.3472524X-RAY DIFFRACTION97.46
2.75-2.920.35621230.32222557X-RAY DIFFRACTION99.08
2.92-3.140.3411360.28252557X-RAY DIFFRACTION99.15
3.14-3.460.3251390.25492559X-RAY DIFFRACTION99.23
3.46-3.960.24321200.21182628X-RAY DIFFRACTION99.28
3.96-4.990.22311330.16952635X-RAY DIFFRACTION99.86
4.99-35.150.17361520.16962724X-RAY DIFFRACTION99.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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