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- PDB-6scw: SH3-subunit of chicken alpha spectrin solved by NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6scw
タイトルSH3-subunit of chicken alpha spectrin solved by NMR
要素Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 isoform X11
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / beta-barrel / binding-domain / membrane-ancor / spectrin
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha Spectrin, SH3 domain / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 isoform X11 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Grohe, K. / Hebrank, C. / Linser, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Protein Motional Details Revealed by Complementary Structural Biology Techniques.
著者: Grohe, K. / Patel, S. / Hebrank, C. / Medina, S. / Klein, A. / Rovo, P. / Vasa, S.K. / Singh, H. / Vogeli, B. / Schafer, L.V. / Linser, R.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 isoform X11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2291
ポリマ－7,2291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4330 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 800target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1 isoform X11


分子量: 7229.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A480YJK9, UniProt: A0A480YEE4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY
131isotropic13D HNHA
141isotropic12D 1H-15N HSQC
151isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 12 mg/L 15N, 13C SH3-domain of chicken alpha spectrin, 95% H2O/5% D2O
詳細: solution state NMR-sample in citric acid buffer at pH 3.5 and 298 K
Label: 15N, 13C / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 12 mg/L / 構成要素: SH3-domain of chicken alpha spectrin / Isotopic labeling: 15N, 13C
試料状態イオン強度: 3 (cirtic acid) M / Label: 13C, 15N / pH: 3.5 / 圧: 1 atm / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.7Bruker Biospin解析
CYANA3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.1CCPNchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: 200000 steps
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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