PDB-6scf: A viral anti-CRISPR subverts type III CRISPR immunity by rapid de...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6scf

タイトル

A viral anti-CRISPR subverts type III CRISPR immunity by rapid degradation of cyclic oligoadenylate

要素

Uncharacterized protein
cyclic oligoadenylate

キーワード

DNA / CRISPR cyclic oligoadenylate DNA anti-CRISPR viral

機能・相同性

Uncharacterised protein PF08960, DUF1874 / STIV B116-like / STIV B116-like superfamily / STIV B116-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / RNA / Uncharacterized protein 114

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

McMahon, S.A. / Athukoralage, J.S. / Graham, S. / White, M.F. / Gloster, T.M.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: An anti-CRISPR viral ring nuclease subverts type III CRISPR immunity.
著者: Athukoralage, J.S. / McMahon, S.A. / Zhang, C. / Gruschow, S. / Graham, S. / Krupovic, M. / Whitaker, R.J. / Gloster, T.M. / White, M.F.

履歴

登録	2019年7月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2020年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6scf.cif.gz	417.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6scf.ent.gz	339.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6scf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6scf_validation.pdf.gz	529.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6scf_full_validation.pdf.gz	534.4 KB	表示
XML形式データ	6scf_validation.xml.gz	38.9 KB	表示
CIF形式データ	6scf_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6scf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6scf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2x4iS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zqb-2 3khw-1 5zqd-2 5zqc-1 6uhr-1 6b8q-1 6xro-d 5zqe-1 4b88-d 3b45-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

H: Uncharacterized protein

K: cyclic oligoadenylate

I: cyclic oligoadenylate

L: cyclic oligoadenylate

M: cyclic oligoadenylate

135 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

K: cyclic oligoadenylate

H: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

G: Uncharacterized protein

I: cyclic oligoadenylate

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 3 ポリマー
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3

C: Uncharacterized protein

E: Uncharacterized protein

L: cyclic oligoadenylate

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 3 ポリマー
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4

D: Uncharacterized protein

F: Uncharacterized protein

M: cyclic oligoadenylate

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.829, 51.727, 85.611
Angle α, β, γ (deg.)	80.220, 89.680, 83.380
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	ASP	ASP	A	A	2 - 114	26 - 138
2	1	ASN	ASN	ASP	ASP	B	B	2 - 114	26 - 138
1	2	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	2 - 112	26 - 136
2	2	ASN	ASN	ILE	ILE	C	C	2 - 112	26 - 136
1	3	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	2 - 112	26 - 136
2	3	ASN	ASN	ILE	ILE	D	D	2 - 112	26 - 136
1	4	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	3 - 113	27 - 137
2	4	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 113	27 - 137
1	5	ASN	ASN	VAL	VAL	A	A	2 - 113	26 - 137
2	5	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 113	26 - 137
1	6	ASN	ASN	ILE	ILE	A	A	2 - 112	26 - 136
2	6	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	2 - 112	26 - 136
1	7	ASN	ASN	VAL	VAL	A	A	2 - 113	26 - 137
2	7	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137
1	8	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	2 - 112	26 - 136
2	8	ASN	ASN	ILE	ILE	C	C	2 - 112	26 - 136
1	9	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	2 - 112	26 - 136
2	9	ASN	ASN	ILE	ILE	D	D	2 - 112	26 - 136
1	10	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	3 - 113	27 - 137
2	10	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 113	27 - 137
1	11	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	2 - 113	26 - 137
2	11	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 113	26 - 137
1	12	ASN	ASN	ILE	ILE	B	B	2 - 112	26 - 136
2	12	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	2 - 112	26 - 136
1	13	ASN	ASN	VAL	VAL	B	B	2 - 113	26 - 137
2	13	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137
1	14	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	2 - 113	26 - 137
2	14	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 113	26 - 137
1	15	LYS	LYS	ILE	ILE	C	C	3 - 112	27 - 136
2	15	LYS	LYS	ILE	ILE	E	E	3 - 112	27 - 136
1	16	ASN	ASN	ILE	ILE	C	C	2 - 112	26 - 136
2	16	ASN	ASN	ILE	ILE	F	F	2 - 112	26 - 136
1	17	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	2 - 113	26 - 137
2	17	ASN	ASN	VAL	VAL	G	G	2 - 113	26 - 137
1	18	ASN	ASN	VAL	VAL	C	C	2 - 113	26 - 137
2	18	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137
1	19	LYS	LYS	ILE	ILE	D	D	3 - 112	27 - 136
2	19	LYS	LYS	ILE	ILE	E	E	3 - 112	27 - 136
1	20	ASN	ASN	ILE	ILE	D	D	2 - 112	26 - 136
2	20	ASN	ASN	ILE	ILE	F	F	2 - 112	26 - 136
1	21	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 113	26 - 137
2	21	ASN	ASN	VAL	VAL	G	G	2 - 113	26 - 137
1	22	ASN	ASN	VAL	VAL	D	D	2 - 113	26 - 137
2	22	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137
1	23	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 113	27 - 137
2	23	LYS	LYS	VAL	VAL	F	F	3 - 113	27 - 137
1	24	LYS	LYS	ILE	ILE	E	E	3 - 112	27 - 136
2	24	LYS	LYS	ILE	ILE	G	G	3 - 112	27 - 136
1	25	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	3 - 113	27 - 137
2	25	LYS	LYS	VAL	VAL	H	H	3 - 113	27 - 137
1	26	ASN	ASN	ILE	ILE	F	F	2 - 112	26 - 136
2	26	ASN	ASN	ILE	ILE	G	G	2 - 112	26 - 136
1	27	ASN	ASN	VAL	VAL	F	F	2 - 113	26 - 137
2	27	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137
1	28	ASN	ASN	VAL	VAL	G	G	2 - 113	26 - 137
2	28	ASN	ASN	VAL	VAL	H	H	2 - 113	26 - 137

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16207.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 1 (ウイルス) 遺伝子: 114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8QL27
#2: RNA鎖	cyclic oligoadenylate 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.02 % / 解説: large crystals
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40 % MPD, 5 % PEG 8000 and 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50.64 Å / Num. obs: 119765 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5590 / CC_1/2: 0.79 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0218	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2x4i

2x4i

解像度: 1.55→50.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 6.72 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	5883	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2015	-	-	-
obs	0.2039	113882	98.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 349.48 Å² / B_iso mean: 19.601 Å² / B_iso min: 2.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.06 Å²	-0.97 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0.88 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→50.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7222	0	352	595	8169
B_iso mean	-	-	13.26	30.77	-
残基数	-	-	-	-	897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7446
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.975	10695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.758	2.974	17380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.222	5	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.894	26.471	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.52	15	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.065	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	8345
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.849	3	15308
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	33.869	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.591	5	15410

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3533	0.08
1	2	B	3533	0.08
2	1	A	3413	0.08
2	2	C	3413	0.08
3	1	A	3342	0.08
3	2	D	3342	0.08
4	1	A	3293	0.11
4	2	E	3293	0.11
5	1	A	3296	0.12
5	2	F	3296	0.12
6	1	A	3321	0.11
6	2	G	3321	0.11
7	1	A	3240	0.11
7	2	H	3240	0.11
8	1	B	3568	0.08
8	2	C	3568	0.08
9	1	B	3491	0.08
9	2	D	3491	0.08
10	1	B	3446	0.1
10	2	E	3446	0.1
11	1	B	3457	0.11
11	2	F	3457	0.11
12	1	B	3456	0.11
12	2	G	3456	0.11
13	1	B	3392	0.1
13	2	H	3392	0.1
14	1	C	3545	0.06
14	2	D	3545	0.06
15	1	C	3369	0.1
15	2	E	3369	0.1
16	1	C	3392	0.11
16	2	F	3392	0.11
17	1	C	3470	0.1
17	2	G	3470	0.1
18	1	C	3349	0.11
18	2	H	3349	0.11
19	1	D	3411	0.09
19	2	E	3411	0.09
20	1	D	3423	0.09
20	2	F	3423	0.09
21	1	D	3493	0.1
21	2	G	3493	0.1
22	1	D	3370	0.1
22	2	H	3370	0.1
23	1	E	3413	0.08
23	2	F	3413	0.08
24	1	E	3349	0.09
24	2	G	3349	0.09
25	1	E	3263	0.1
25	2	H	3263	0.1
26	1	F	3415	0.09
26	2	G	3415	0.09
27	1	F	3318	0.1
27	2	H	3318	0.1
28	1	G	3378	0.08
28	2	H	3378	0.08

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	399	-
R_work	0.309	7906	-
all	-	8305	-
obs	-	-	92.39 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)