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- PDB-6sbw: CdbA Form One -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sbw
タイトルCdbA Form One
要素CdbA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleoid ribbon-helix-helix
機能・相同性MXAN_4361/MXAN_4362 family small protein / TIGR04563 family protein
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Lovering, A.L. / Cadby, I.T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: CdbA is a DNA-binding protein and c-di-GMP receptor important for nucleoid organization and segregation in Myxococcus xanthus.
著者: Skotnicka, D. / Steinchen, W. / Szadkowski, D. / Cadby, I.T. / Lovering, A.L. / Bange, G. / Sogaard-Andersen, L.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CdbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9651
ポリマ－7,9651
非ポリマー00
水00
1
A: CdbA

A: CdbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9302
ポリマ－15,9302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+1/2,y,-z-1/41
Buried area4110 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area5990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.474, 61.474, 94.915
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 CdbA


分子量: 7964.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
遺伝子: MXAN_4361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1D489

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M MgCl2 0.1M Hepes pH 7 15% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→47.46 Å / Num. obs: 51709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.24→2.3 Å / Num. unique obs: 346

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.24→43.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 23.226 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.202
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2774 447 9.7 %RANDOM
Rwork0.2315 ---
obs0.2361 4180 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 163.66 Å2 / Biso mean: 80.543 Å2 / Biso min: 41.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.45 Å2-0 Å2
3----2.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.24→43.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数412 0 0 0 412
残基数----48
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.013420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.018401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.655562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1831.592931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.636547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82921.07128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.4141586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.998155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0296
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.535 27 -
Rwork0.484 315 -
all-342 -
obs--98.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.366 Å / Origin y: -3.367 Å / Origin z: -9.473 Å
111213212223313233
T0.1375 Å2-0.0043 Å20.041 Å2-0.0505 Å2-0.0178 Å2--0.0578 Å2
L8.1894 °20.9892 °2-5.9453 °2-6.4194 °2-0.7583 °2--13.0385 °2
S0.4271 Å °0.0098 Å °0.2096 Å °-0.1142 Å °0.2259 Å °-0.1302 Å °0.0027 Å °0.2168 Å °-0.653 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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