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- PDB-6saz: Cleaved human fetuin-b in complex with crayfish astacin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6saz
タイトルCleaved human fetuin-b in complex with crayfish astacin
要素
  • Astacin
  • Fetuin-B
キーワードHYDROLASE / mammalian fertilization / sperm-egg fusion / polyspermy / metallopeptidase / protein inhibitor / limited proteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of protein processing / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity ...astacin / glutamic-type peptidase activity / negative regulation of binding of sperm to zona pellucida / aspartic-type peptidase activity / prevention of polyspermy / cortical granule / metalloendopeptidase inhibitor activity / positive regulation of protein processing / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / fertilization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase inhibitor activity / single fertilization / metalloendopeptidase activity / peptidase activity / cell adhesion / proteolysis / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Astacin-like metallopeptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / Cystatin domain ...Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Astacin-like metallopeptidase domain / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Cystatin superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Astacin / Fetuin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Astacus astacus (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X. / Guevara, T. / Cuppari, A. / Korschgen, H. / Schmitz, C. / Kuske, M. / Yiallouros, I. / Floehr, J. / Jahnen-Dechent, W. / Stocker, W.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: The C-terminal region of human plasma fetuin-B is dispensable for the raised-elephant-trunk mechanism of inhibition of astacin metallopeptidases.
著者: Guevara, T. / Korschgen, H. / Cuppari, A. / Schmitz, C. / Kuske, M. / Yiallouros, I. / Floehr, J. / Jahnen-Dechent, W. / Stocker, W. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Structure of mammalian plasma fetuin-B and its mechanism of selective metallopeptidase inhibition.
著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / ...著者: Cuppari, A. / Korschgen, H. / Fahrenkamp, D. / Schmitz, C. / Guevara, T. / Karmilin, K. / Kuske, M. / Olf, M. / Dietzel, E. / Yiallouros, I. / de Sanctis, D. / Goulas, T. / Weiskirchen, R. / Jahnen-Dechent, W. / Floehr, J. / Stoecker, W. / Jovine, L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2019年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Astacin
B: Fetuin-B
C: Astacin
D: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,26410
ポリマ－130,0224
非ポリマー2,2426
水55831
1
A: Astacin
B: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2345
ポリマ－65,0112
非ポリマー1,2223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
2
C: Astacin
D: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0305
ポリマ－65,0112
非ポリマー1,0193
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area20620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.700, 90.700, 283.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Astacin / Crayfish small molecule proteinase


分子量: 22913.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Astacus astacus (甲殻類) / 参照: UniProt: P07584, astacin
#2: タンパク質 Fetuin-B / 16G2 / Fetuin-like protein IRL685 / Gugu


分子量: 42097.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence stretches MGLLLPLALCILVLCCGAMSPPQL, CTKSQASSCSLQS, SQAPATGSENSAVNQKPTNLPKVEESQQKNTPPTDSPSKAGPRGSVQYLPDLDDKNSQEKGPQEAFPVHLDLTTNPQGETLDISFLFLEPMEEKLVVLPFPKEKA, and PLVLPP missing from coordinate file.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FETUB
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9UGM5

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糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 33分子

#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallization assays were set up following the sitting-drop vapor diffusion method at the joint IBMB/IRB Automated Crystallography Platform of Barcelona Science Park. A Tecan robot (Tecan ...詳細: Crystallization assays were set up following the sitting-drop vapor diffusion method at the joint IBMB/IRB Automated Crystallography Platform of Barcelona Science Park. A Tecan robot (Tecan Trading) was used to prepare reservoir solutions, and a Cartesian Microsys 4000 XL robot (Genomic Solutions) or a Phoenix nanodrop robot (Art Robbins Instruments) dispensed nanocrystallization drops on 96x2-well Swissci Polystyrene MRC Crystallization Plates (Molecular Dimensions). Plates were stored at 4 or 20 degrees in thermostatic crystal farms (Bruker AXS). The astacin-hFB complex only crystallized after incubating the inhibitor (at 7.5 mg/mL) with six-fold molar excess of the peptidase in 10 mM Tris-HCl, 140 mM sodium chloride, pH 6.8. Crystals were obtained at 20 degrees in 200 nL:100 nL drops with protein complex solution and 20 percent (w/v) polyethylene glycol 3,350, 0.2 M sodium tartrate dibasic as reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0032 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→78.5 Å / Num. obs: 26287 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 1.565 / Num. unique obs: 4165 / CC1/2: 0.626 / Rrim(I) all: 1.66 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HT9

6ht9


解像度: 3→78.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 708 -Random
Rwork0.185 ---
obs-25577 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→78.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6832 0 142 31 7005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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