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- PDB-6san: SALSA / DMBT1 / GP340 SRCR domain 8 soaked in calcium and magnesium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6san
タイトルSALSA / DMBT1 / GP340 SRCR domain 8 soaked in calcium and magnesium
要素Deleted in malignant brain tumors 1 protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Scavenger receptor cysteine-rich / pattern recognition / mucosal immunology / anti-microbial molecule / complement / innate immunity / inflammation / salivary agglutinin / salivary scavenger and agglutinin / metal binding / calcium dependency
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of bacterial agglutination / zymogen granule membrane / scavenger receptor activity / Surfactant metabolism / zymogen binding / pattern recognition receptor activity / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / defense response / phagocytic vesicle membrane ...induction of bacterial agglutination / zymogen granule membrane / scavenger receptor activity / Surfactant metabolism / zymogen binding / pattern recognition receptor activity / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / defense response / phagocytic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / protein transport / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Zona pellucida domain, conserved site / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP domain signature. / Zona pellucida-like domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. ...Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Zona pellucida domain, conserved site / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP domain signature. / Zona pellucida-like domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deleted in malignant brain tumors 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Reichhardt, M.P. / Johnson, S. / Loimaranta, V. / Lea, S.M.
資金援助 フィンランド, 英国, 2件
組織認可番号国
Finnish Cultural Foundation フィンランド
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: Structures of SALSA/DMBT1 SRCR domains reveal the conserved ligand-binding mechanism of the ancient SRCR fold.
著者: Reichhardt, M.P. / Loimaranta, V. / Lea, S.M. / Johnson, S.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
B: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,74012
ポリマ－29,3392
非ポリマー40110
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.235, 46.643, 93.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.366, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Deleted in malignant brain tumors 1 protein / Glycoprotein 340 / Gp-340 / Hensin / Salivary agglutinin / SAG / Surfactant pulmonary-associated D- ...Glycoprotein 340 / Gp-340 / Hensin / Salivary agglutinin / SAG / Surfactant pulmonary-associated D-binding protein


分子量: 14669.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMBT1, GP340
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9UGM3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 % of 0.2 M MgCl2 hexahydrate, 20 % (v/v) isopropanol, 0.1 M HEPES, pH: 7.5. After crystal-formation, crystals were soaked in 10 mM MgCl2 and 10 mM CaCl2.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→46.64 Å / Num. obs: 49168 / % possible obs: 98.32 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 14.12 Å2 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.36→1.39 Å / Num. unique obs: 4786 / Rrim(I) all: 0.801

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
autoPROC1.0.5データスケーリング
MOLREPCCP4Interface 7.0.056位相決定
autoPROC1.0.5データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6sa5

6sa5


解像度: 1.36→30.95 Å / SU ML: 0.1911 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.6788 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2366 4.81 %
Rwork0.1891 46800 -
obs0.1909 49166 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→30.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1658 0 20 358 2036
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00691734
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87262365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0792243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045315
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.45615
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.390.32591660.26652615X-RAY DIFFRACTION96.8
1.39-1.420.31531280.24862738X-RAY DIFFRACTION96.99
1.42-1.450.28661480.23792678X-RAY DIFFRACTION97.25
1.45-1.490.31951100.22512735X-RAY DIFFRACTION97.33
1.49-1.530.27231400.21152709X-RAY DIFFRACTION97.64
1.53-1.570.27621490.20422712X-RAY DIFFRACTION97.78
1.57-1.620.23381580.19592721X-RAY DIFFRACTION97.96
1.62-1.680.2311400.1812760X-RAY DIFFRACTION98.24
1.68-1.750.2181580.17782703X-RAY DIFFRACTION98.42
1.75-1.830.24341370.17922769X-RAY DIFFRACTION98.54
1.83-1.930.23211110.17992801X-RAY DIFFRACTION98.85
1.93-2.050.23211330.18312762X-RAY DIFFRACTION99.01
2.05-2.20.2531540.18982754X-RAY DIFFRACTION99.08
2.2-2.430.20191100.18452834X-RAY DIFFRACTION99.12
2.43-2.780.241280.18632822X-RAY DIFFRACTION99.53
2.78-3.50.19121520.18382803X-RAY DIFFRACTION99.56
3.5-30.950.19421440.18212884X-RAY DIFFRACTION99.41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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