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- PDB-6s9f: Drosophila OTK, extracellular domains 3-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s9f
タイトルDrosophila OTK, extracellular domains 3-5
要素Tyrosine-protein kinase-like otk
キーワードSIGNALING PROTEIN / OTK / Off-track / Ig-like domain / signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


internal genitalia morphogenesis / imaginal disc-derived female genitalia morphogenesis / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / photoreceptor cell axon guidance / semaphorin receptor binding / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / Wnt-protein binding / retinal ganglion cell axon guidance / regulation of canonical Wnt signaling pathway ...internal genitalia morphogenesis / imaginal disc-derived female genitalia morphogenesis / imaginal disc-derived male genitalia morphogenesis / photoreceptor cell axon guidance / semaphorin receptor binding / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / Wnt-protein binding / retinal ganglion cell axon guidance / regulation of canonical Wnt signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion molecule binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell adhesion / protein heterodimerization activity / axon / protein homodimerization activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase-like otk
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.969 Å
データ登録者Rozbesky, D. / Jones, E.Y.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC375/A17721 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M000141/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Drosophila OTK Is a Glycosaminoglycan-Binding Protein with High Conformational Flexibility.
著者: Rozbesky, D. / Monistrol, J. / Jain, V. / Hillier, J. / Padilla-Parra, S. / Jones, E.Y.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase-like otk
B: Tyrosine-protein kinase-like otk
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,60621
ポリマ－126,2792
非ポリマー3,32719
水7,746430
1
A: Tyrosine-protein kinase-like otk
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,85111
ポリマ－63,1401
非ポリマー1,71210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase-like otk
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,75510
ポリマ－63,1401
非ポリマー1,6159
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.975, 189.909, 131.906
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-768-

HOH

21A-848-

HOH

31A-916-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase-like otk / Gp160-Dtrk / Dtrk / Off-track / Tyrosine-protein kinase-like 7 homolog


分子量: 63139.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: otk, CG8967 / プラスミド: pHLsec / Cell (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6AWJ9
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M HEPES (pH 7.0), 0.01 M magnesium chloride, 150 mM NDSB256 and 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.969→49.38 Å / Num. obs: 71214 / % possible obs: 97.29 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6384 / CC1/2: 0.5 / Rrim(I) all: 0.835 / % possible all: 85.14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIXdev_3488精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2iep, 2v9t, 4of6

2iep

2v9t

4of6


解像度: 1.969→47.477 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 3536 5.04 %
Rwork0.2068 --
obs0.2082 70203 97.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.42 Å2 / Biso mean: 50.5603 Å2 / Biso min: 18.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.969→47.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4620 0 203 430 5253
Biso mean--77.3 50.98 -
残基数----598
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.969-1.9960.46751100.4112218580
1.996-2.02450.39391200.3932241088
2.0245-2.05470.36611250.3688244391
2.0547-2.08690.36541470.3333253594
2.0869-2.12110.34651280.3104263296
2.1211-2.15760.31231320.2853265798
2.1576-2.19690.29581340.2821268798
2.1969-2.23910.34771390.2669264698
2.2391-2.28480.33491480.2605267298
2.2848-2.33450.30741180.2503270898
2.3345-2.38880.27031440.2424267398
2.3888-2.44860.25671320.2348269399
2.4486-2.51480.28581350.2314270599
2.5148-2.58870.28181420.218269499
2.5887-2.67230.25221640.216268499
2.6723-2.76780.24881580.2112708100
2.7678-2.87860.24381520.2075272899
2.8786-3.00960.22241540.20242708100
3.0096-3.16820.20711310.1982754100
3.1682-3.36670.21581370.19052764100
3.3667-3.62650.18491440.1912735100
3.6265-3.99130.22221480.16532791100
3.9913-4.56850.18031700.15372742100
4.5685-5.75420.20671480.16322824100
5.7542-47.4770.2051760.19712889100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.8222 Å / Origin y: -25.6379 Å / Origin z: -2.3824 Å
111213212223313233
T0.2154 Å2-0.0031 Å2-0.0133 Å2-0.157 Å2-0.0279 Å2--0.1988 Å2
L0.3864 °2-0.0589 °20.0309 °2-0.1376 °2-0.0403 °2--0.2221 °2
S-0.0278 Å °-0.0808 Å °0.0569 Å °-0.0197 Å °0.0005 Å °-0.0284 Å °-0.0461 Å °0.0256 Å °-0.0011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA246 - 667
2X-RAY DIFFRACTION1allB246 - 667
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 7
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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