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- PDB-6s8v: Structure of the high affinity Anticalin P3D11 in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8v
タイトルStructure of the high affinity Anticalin P3D11 in complex with the human CD98 heavy chain ectodomain
要素
  • 4F2 cell-surface antigen heavy chain
  • Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードPROTEIN BINDING / Lipocalin / Lcn2 / Anticalin / lipocalin-based binding protein / CD98hc / 4F2hc / amino acid transport / presentation of CD98 light chains / interaction with integrin beta subunits / single-pass type II membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / positive regulation of cell projection organization / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / proline transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / L-leucine transport / response to kainic acid / thyroid hormone transport / response to mycotoxin / response to blue light / cellular response to increased oxygen levels / response to fructose / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / cellular response to X-ray / short-term memory / Amino acid transport across the plasma membrane / exogenous protein binding / cellular response to interleukin-6 / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / anchoring junction / response to herbicide / Basigin interactions / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to exogenous dsRNA / amino acid transport / tryptophan transport / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / basal plasma membrane / Iron uptake and transport / acute-phase response / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / cellular response to tumor necrosis factor / melanosome / double-stranded RNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / defense response to bacterium / apical plasma membrane / cadherin binding / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / innate immune response / synapse / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / symbiont entry into host cell / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Calycin / Lipocalin / Glycosidases / Lipocalin signature. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schiefner, A. / Deuschle, F.-C. / Skerra, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Centre 824 project A8 ドイツ
引用ジャーナル: Theranostics / 年: 2020
タイトル: Development of a high affinity Anticalin®directed against human CD98hc for theranostic applications.
著者: Deuschle, F.C. / Morath, V. / Schiefner, A. / Brandt, C. / Ballke, S. / Reder, S. / Steiger, K. / Schwaiger, M. / Weber, W. / Skerra, A.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
D: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4207
ポリマ－137,2344
非ポリマー1863
水16,123895
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7414
ポリマ－68,6172
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
2
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
D: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6793
ポリマ－68,6172
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.809, 46.052, 137.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin / p25


分子量: 21131.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pNGAL118 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P80188
#2: タンパク質 4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier ...4F2hc / 4F2 heavy chain antigen / Lymphocyte activation antigen 4F2 large subunit / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 47485.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A2, MDU1 / プラスミド: pASK-IBA5(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P08195
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 895 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 / 詳細: 18 % (w/v) PEG3350, 100 mM sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 113253 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.781 % / Biso Wilson estimate: 37.366 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 23.86 / Num. measured all: 768006 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.97.0380.8652.3211854616863168440.8330.93499.9
1.9-26.9240.4154.789454013674136530.950.44999.8
2-2.56.5610.11914.5526269840091400400.9950.12999.9
2.5-37.1230.04834.0212697917853178260.9990.05299.8
3-3.56.8620.03448.0862637915891280.9990.03699.7
3.5-46.2950.02756.0432185511651130.9990.0399.9
4-66.4710.02362.9548040743474240.9990.02599.9
6-87.2320.02266.48134221859185610.02499.8
8-107.0710.0271.5466765766010.022100
10-306.0540.02364.34429276070910.02593.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DH2, 4GH7

2dh2

4gh7


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.836 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.125
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 2234 2 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1853 111018 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.39 Å2 / Biso mean: 34.081 Å2 / Biso min: 15.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0 Å2-0.35 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9248 0 12 897 10157
Biso mean--32.04 39.27 -
残基数----1180
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0199603
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7551.96213037
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.057320461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.67651206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1524.508437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.253151611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0231550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021971
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.67 187 -
Rwork0.608 8149 -
all-8336 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7220.16221.16621.8640.2514.6410.02710.0148-0.0583-0.06120.00870.19690.1605-0.1393-0.03590.0210.00330.01860.01990.00450.1119-42.160413.080612.1832
25.77571.32452.0843.11391.18723.05740.14310.1715-0.299-0.0936-0.0316-0.12360.20660.126-0.11150.04570.00870.02980.0573-0.00320.078-34.08017.76226.5108
33.90351.2814-1.42378.49942.29162.0448-0.10950.2305-0.1042-0.00470.04070.103-0.07080.16750.06880.33150.0008-0.00640.24740.00680.3093-39.2028-10.81359.4067
43.0615-0.2702-0.43954.7903-0.80733.77880.0104-0.0668-0.3190.0939-0.07280.27070.3815-0.13460.06240.0489-0.0070.0050.0874-0.01750.102-46.14248.266710.5458
53.7298-0.29550.06212.3202-0.12122.46140.0017-0.10520.20850.11320.02610.0998-0.0979-0.0971-0.02790.02310.01210.03160.049-0.02050.0852-42.613418.9418.2745
62.0535-0.445-0.2211.80170.84722.65910.0485-0.16140.06180.018-0.02480.14620.0037-0.2239-0.02370.0245-0.01180.04230.11880.02910.1063-34.76642.829244.6086
74.97230.6552-1.40620.6398-0.35541.4360.0547-0.36170.13570.1921-0.0423-0.145-0.00710.1971-0.01240.09370.0039-0.01190.178-0.01730.1195-21.18364.520951.7859
86.2752.2885-1.88413.36910.16727.131-0.03760.36440.0644-0.45470.0256-0.136700.25550.01190.09450.06850.01480.18690.00040.1357-5.4003-1.839641.0962
92.3597-0.88781.48091.0864-0.47862.8660.16760.1198-0.1729-0.0231-0.0368-0.11870.37440.4076-0.13070.06250.04770.00730.1223-0.0270.1306-17.4506-7.279430.4196
102.76240.92970.65563.7064-3.52746.43090.17530.3236-0.7508-0.0184-0.2253-0.57281.09181.01360.050.51850.3034-0.05780.4058-0.14880.3764-6.2908-21.12527.8494
113.00840.6839-0.79982.1241-0.65682.54750.02330.1502-0.11340.0893-0.046-0.08940.1880.18740.02280.04870.02330.02850.1938-0.01020.05613.1827-5.09961.7242
122.17430.00820.35516.5016-1.96184.01060.03120.1767-0.0905-0.33210.01060.13540.5332-0.1753-0.04170.09290.00560.03270.1938-0.01460.10843.7621-7.221155.1049
131.5319-1.5468-0.75921.58770.41779.701-0.0625-0.13210.04740.07270.0787-0.01260.12340.0846-0.01620.3490.01560.00820.3351-0.01510.346511.1671-25.565749.6046
142.8182-0.6051-0.60382.69320.72253.73880.05950.1758-0.25620.02790.08-0.30760.70690.3433-0.13960.16220.0722-0.0090.2061-0.00120.137213.8581-12.293760.4555
153.8615-0.86420.48663.0005-0.24112.92220.0462-0.0180.28090.1786-0.0557-0.1501-0.10670.21910.00950.053-0.00950.04610.20810.02440.088917.66351.03463.5022
161.84370.84560.4141.62110.98722.394-0.0009-0.0792-0.0220.10020.041-0.1543-0.00080.1555-0.04010.02330.01350.02190.19510.00960.121937.69377.885135.3521
176.5162-0.64410.3120.0754-0.040.0353-0.1937-0.31650.43790.05780.0976-0.0286-0.0412-0.09080.09610.51430.0322-0.02520.5314-0.07140.615311.721916.648524.1602
182.3249-0.25110.12424.75250.34894.6283-0.01040.30250.3005-0.4591-0.07060.5004-0.5291-0.38940.08090.10190.059-0.03920.22170.02990.196823.812614.624121.1355
191.14270.1425-0.64060.9051-0.49384.0498-0.01390.157-0.007-0.11230.10660.2185-0.0241-0.3266-0.09270.0242-0.01280.00080.22560.03040.153717.66720.680124.4844
203.1559-0.7848-1.80522.12961.50627.71430.06060.2905-0.4404-0.2606-0.06220.52850.4908-0.66520.00160.1178-0.0423-0.07390.3780.00330.373110.3474-3.440310.2895
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2A62 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3A98 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5A131 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6B114 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7B235 - 305
8X-RAY DIFFRACTION8B306 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9B331 - 484
10X-RAY DIFFRACTION10B485 - 529
11X-RAY DIFFRACTION11C8 - 59
12X-RAY DIFFRACTION12C60 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13C96 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14C103 - 130
15X-RAY DIFFRACTION15C131 - 179
16X-RAY DIFFRACTION16D109 - 304
17X-RAY DIFFRACTION17D305 - 313
18X-RAY DIFFRACTION18D314 - 338
19X-RAY DIFFRACTION19D339 - 488
20X-RAY DIFFRACTION20D489 - 528

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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