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- PDB-6s84: TsaBDE complex from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s84
タイトルTsaBDE complex from Thermotoga maritima
要素
  • ATPase YjeE, predicted to have essential role in cell wall biosynthesis
  • tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
  • tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
キーワードRNA BINDING PROTEIN / modification / t6A / tRNA maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / iron ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #200 / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #200 / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaE / Threonylcarbamoyl adenosine biosynthesis protein TsaE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase, TsaD / tRNA threonylcarbamoyl adenosine modification protein TsaB / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / LEUCINE / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaE
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Missoury, S. / Li-de-La-Sierra-Gallay, I. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: The structure of the TsaB/TsaD/TsaE complex reveals an unexpected mechanism for the bacterial t6A tRNA-modification.
著者: Missoury, S. / Plancqueel, S. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Zhang, W. / Liger, D. / Durand, D. / Dammak, R. / Collinet, B. / van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年7月17日ID: 6FPE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
E: ATPase YjeE, predicted to have essential role in cell wall biosynthesis
D: tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
F: tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
B: ATPase YjeE, predicted to have essential role in cell wall biosynthesis
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,61413
ポリマ－160,4136
非ポリマー2,2017
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16810 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area54000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.160, 108.210, 176.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 ADEBCF

#1: タンパク質 tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / t(6)A synthase / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaD


分子量: 35672.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: tsaD, gcp, TM_0145 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WXZ2, N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase
#2: タンパク質 ATPase YjeE, predicted to have essential role in cell wall biosynthesis


分子量: 21513.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: Tmari_1641 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R4NRX5
#3: タンパク質 tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB


分子量: 23020.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099) (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: tsaB, TM_0874, Tmari_0876 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZX7

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非ポリマー , 4種, 25分子

#4: 化合物
ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 13 % PEG 8000, 0.1 mM Imidazole pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→48.43 Å / Num. obs: 36847 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.793 % / Biso Wilson estimate: 80.486 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 9.17 / Num. measured all: 323984
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.89-3.078.5662.2070.8747935590355960.4212.34994.8
3.07-3.289.0951.2781.6250875559455940.7431.356100
3.28-3.548.8750.7062.9545753515551550.8790.75100
3.54-3.888.9110.3655.7742728479547950.9630.387100
3.88-4.338.9210.20210.1938808435143500.9870.215100
4.33-58.7210.12216.2633707386738650.9940.1399.9
5-6.18.9540.1216.429735332133210.9950.127100
6.1-8.568.4750.07422.7722077260526050.9980.078100
8.56-48.437.9010.04538.3212365157815650.9990.04899.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→48.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 28.035 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.46 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2817 1843 5 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
obs0.2122 35004 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 227.34 Å2 / Biso mean: 89.656 Å2 / Biso min: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.93 Å2-0 Å2
3---5.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→48.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10526 0 134 18 10678
Biso mean--101.82 48.55 -
残基数----1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01210862
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.63714707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08651333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09222.75520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.875151979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4281563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028026
LS精密化 シェル解像度: 2.894→2.969 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 120 -
Rwork0.442 2274 -
all-2394 -
obs--88.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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