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- PDB-6s83: Crystal structure of methionine adenosyltransferase from Pyrococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s83
タイトルCrystal structure of methionine adenosyltransferase from Pyrococcus furiosus in complex with AMPPCP, SAM, and PCP
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / S-adenosyl methionine synthesis / cofactor biosynthesis / cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, archaea / S-adenosylmethionine synthase / S-adenosylmethionine synthetase, domain 3 / S-adenosylmethionine synthetase (AdoMet synthetase) / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID / PHOSPHATE ION / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.336 Å
データ登録者Degano, M. / Minici, C. / Porcelli, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Association for Cancer Research イタリア
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structures of catalytic cycle intermediates of the Pyrococcus furiosus methionine adenosyltransferase demonstrate negative cooperativity in the archaeal orthologues.
著者: Minici, C. / Mosca, L. / Ilisso, C.P. / Cacciapuoti, G. / Porcelli, M. / Degano, M.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
C: S-adenosylmethionine synthase
D: S-adenosylmethionine synthase
E: S-adenosylmethionine synthase
F: S-adenosylmethionine synthase
G: S-adenosylmethionine synthase
H: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,50147
ポリマ－354,7098
非ポリマー4,79239
水8,179454
1
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,09313
ポリマ－88,6772
非ポリマー1,41511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area28860 Å2
手法PISA
2
C: S-adenosylmethionine synthase
D: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,67011
ポリマ－88,6772
非ポリマー9939
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7530 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area29910 Å2
手法PISA
3
E: S-adenosylmethionine synthase
F: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,06812
ポリマ－88,6772
非ポリマー1,39110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
4
G: S-adenosylmethionine synthase
H: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,67011
ポリマ－88,6772
非ポリマー9939
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.196, 111.430, 400.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...
21(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...
31(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...
41(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...
51(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...
61(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...
71(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...
81(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A2 - 7
121(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A9 - 58
131(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A60
141(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A62
151(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A207 - 401
161(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A0
171(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A301 - 313
181(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A315 - 351
191(chain A and (resid 2 through 7 or resid 9...A353 - 401
211(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...B2 - 7
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241(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...B207 - 248
251(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...B301 - 313
261(chain B and (resid 2 through 7 or resid 9...B2 - 505
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331(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C60
341(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C2 - 205
351(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C207 - 248
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371(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C2 - 505
381(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C2 - 505
391(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C315 - 351
3101(chain C and (resid 2 through 7 or resid 9...C353 - 401
411(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D2 - 7
421(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D9 - 58
431(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D60
441(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D62
451(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D207 - 504
461(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D0
471(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D301 - 313
481(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D315 - 351
491(chain D and (resid 2 through 7 or resid 9...D353 - 401
511(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E2 - 7
521(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E9 - 58
531(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E60
541(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E62
551(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E162 - 205
561(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E207 - 248
571(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E250 - 299
581(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E301 - 313
591(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E315 - 351
5101(chain E and (resid 2 through 7 or resid 9...E353 - 401
611(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F2 - 7
621(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F9 - 58
631(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F60
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651(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F162 - 205
661(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F207 - 248
671(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F250 - 299
681(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F301 - 313
691(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F315 - 351
6101(chain F and (resid 2 through 7 or resid 9...F353 - 401
711(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G2 - 7
721(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G9 - 58
731(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G60
741(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G62
751(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G162 - 205
761(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G207 - 248
771(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G250 - 299
781(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G301 - 313
791(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G315 - 351
7101(chain G and (resid 2 through 7 or resid 9...G353 - 401
811(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H2 - 7
821(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H9 - 58
831(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H60
841(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H62
851(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H162 - 205
861(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H207 - 248
871(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H250 - 299
881(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H301 - 313
891(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H315 - 351
8101(chain H and (resid 2 through 7 or resid 9...H353 - 401

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase


分子量: 44338.660 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: mat, PF1866 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TZW1, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 493分子

#2: 化合物
ChemComp-MDN / METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID


分子量: 176.002 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6O6P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE


分子量: 505.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis Tris pH 6.5, 5 mM MgCl2, 28% v/v PEG 600

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月27日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.336→200.2 Å / Num. obs: 149431 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 46.24 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.281 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.34-2.4613.93.016300679215560.4510.8333.130.9
7.39-200.212.60.0926495351590.9960.0270.09622.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S81

6s81


解像度: 2.336→74.466 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 7500 5.03 %
Rwork0.2071 --
obs0.2088 149249 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 193.23 Å2 / Biso mean: 69.6637 Å2 / Biso min: 25.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.336→74.466 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24872 0 383 454 25709
Biso mean--79.14 47.75 -
残基数----3200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00925717
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5134746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.67315687
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
12B18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
13C18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
14D18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
15E18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
16F18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
17G18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
18H18841X-RAY DIFFRACTION9.867TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3361-2.36260.4152330.36664712
2.3626-2.39040.38222280.35464621
2.3904-2.41960.36662500.35064690
2.4196-2.45020.38782560.33454638
2.4502-2.48250.37212740.32244634
2.4825-2.51650.33032540.29814687
2.5165-2.55240.32492460.2924641
2.5524-2.59050.31972410.27974709
2.5905-2.6310.33572480.2844658
2.631-2.67420.3072590.27974702
2.6742-2.72030.32542400.26364689
2.7203-2.76970.29962640.25834632
2.7697-2.8230.30282390.26484699
2.823-2.88060.31742350.25414715
2.8806-2.94330.30012450.24784694
2.9433-3.01170.30482500.244739
3.0117-3.08710.26672670.234651
3.0871-3.17050.25462660.22354672
3.1705-3.26380.27862500.22544735
3.2638-3.36920.22822430.21814705
3.3692-3.48960.24392270.2134763
3.4896-3.62930.23792460.19754698
3.6293-3.79450.23742500.18084742
3.7945-3.99450.19512620.16774778
3.9945-4.24480.19652460.16834730
4.2448-4.57250.17842550.15294795
4.5725-5.03250.16822500.14434801
5.0325-5.76050.21022610.17154798
5.7605-7.25660.21312580.18854896
7.2566-74.4660.18132570.17525125
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8995-0.27420.27270.9842-0.43472.3461-0.0062-0.0554-0.1144-0.02410.02280.09430.0959-0.113-0.0220.3167-0.0467-0.05980.36310.04830.4451-3.3091-22.629316.6484
21.2476-0.087-0.21490.75280.08742.6767-0.0128-0.16160.22220.0160.0445-0.0447-0.33890.1715-0.03620.30560.02050.01470.3381-0.00080.44986.1466-5.331468.9797
31.2143-0.1202-0.78070.96280.05172.99470.1418-0.21370.26360.1340.0531-0.1277-0.62330.4639-0.15880.4603-0.12870.01720.4108-0.05530.460342.0134-68.656484.5865
40.9827-0.18820.33030.9122-1.42673.3840.17180.05770.0695-0.2477-0.1092-0.01020.07190.2946-0.06290.4693-0.0362-0.00990.3450.04780.389848.8845-70.150833.3105
50.7172-0.2160.25430.59220.00812.7724-0.0029-0.0180.0628-0.0491-0.0474-0.0585-0.28460.21690.04880.3446-0.088-0.02930.35040.07670.412813.1813-5.270318.0004
61.006-0.2665-0.23161.0403-1.17352.98240.10680.1832-0.0492-0.49940.40940.36740.6932-0.7277-0.26240.7196-0.2545-0.24790.57430.16280.526727.7169-81.170531.8504
71.1144-0.262-1.2481.0850.70663.6223-0.03130.04840.0170.05650.08070.19480.0433-0.3948-0.03810.2425-0.0194-0.0080.40520.04940.405826.2737-85.952682.579
81.4271-0.4022-1.35530.71750.33593.2427-0.04710.15-0.07320.03620.0020.12020.2713-0.49950.02960.32790.00510.0250.49720.03330.4237-2.9108-27.099867.6431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and resid 2 through 401)C2 - 401
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'A' and resid 2 through 401)A2 - 401
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 2 through 401)B2 - 401
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 2 through 401)D2 - 401
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 2 through 401)E2 - 401
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 2 through 401)F2 - 401
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 2 through 401)G2 - 401
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 2 through 401)H2 - 401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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