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- PDB-6s7j: Native crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergoth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s7j
タイトルNative crystal structure of ergothioneine degrading enzyme Ergothionase from Treponema denticola
要素Uncharacterized protein
キーワードLYASE / ergothioneine degrading enzyme / TdETL / trimethlyammonium lyase / ergothioneine
機能・相同性ammonia-lyase activity / Aromatic amino acid lyase / Aromatic amino acid lyase / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Phenylalanine and histidine ammonia-lyase
機能・相同性情報
生物種Treponema denticola SP33 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Leisinger, F. / Seebeck, F.P.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
European Research CouncilERC-2013- StG 336559 スイス
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2019
タイトル: Structure and Mechanism of Ergothionase from Treponema denticola.
著者: Maurer, A. / Leisinger, F. / Lim, D. / Seebeck, F.P.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,5738
ポリマ－445,5738
非ポリマー00
水8,215456
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,7874
ポリマ－222,7874
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27740 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area55020 Å2
手法PISA
2
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,7874
ポリマ－222,7874
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27910 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area55210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.906, 76.956, 177.567
Angle α, β, γ (deg.)78.090, 82.020, 79.780
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 55696.668 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Treponema denticola SP33 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF9733_00339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M2BPW8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.57 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: PEG 4000, PEG 200, CaCl2, Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.26 Å / Num. obs: 190138 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 18.18 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 1055507 / Scaling rejects: 738
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.2450.874377088320.4830.4220.9732.190.7
12.05-49.266.50.133766811870.980.0570.14511.798

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.3 Å49.33 Å
Translation5.3 Å49.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.26 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 9554 5.03 %
Rwork0.2166 --
obs0.2191 190034 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.02 Å2 / Biso mean: 21.2351 Å2 / Biso min: 3.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31195 0 0 456 31651
Biso mean---17.99 -
残基数----3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94142835
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514829
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065547
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1419387
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2250.31192560.2511565891
2.225-2.25120.35023060.2726571590
2.2512-2.27860.32883170.2657568391
2.2786-2.30750.34863270.2522569891
2.3075-2.33780.30383020.2435576392
2.3378-2.36990.32323040.2378578193
2.3699-2.40370.30963100.2354584592
2.4037-2.43960.29522970.2391580594
2.4396-2.47770.32352960.2465591693
2.4777-2.51830.30852960.2417578294
2.5183-2.56180.31272950.2348596894
2.5618-2.60840.29663070.2239576194
2.6084-2.65850.27192790.2242605994
2.6585-2.71280.28663180.2366584495
2.7128-2.77180.31663450.2364603096
2.7718-2.83620.28893370.2313610697
2.8362-2.90720.29233400.2393603897
2.9072-2.98570.28593370.2279612298
2.9857-3.07360.27963040.2285630999
3.0736-3.17280.26463540.228613899
3.1728-3.28620.28023640.22256188100
3.2862-3.41770.26883190.2216235100
3.4177-3.57320.25223110.21846275100
3.5732-3.76150.24353340.19956246100
3.7615-3.99710.23873280.19316284100
3.9971-4.30550.21093160.17966293100
4.3055-4.73850.21623100.17246252100
4.7385-5.42340.21243480.18196243100
5.4234-6.83010.23853410.20526222100
6.8301-49.260.21583560.19346221100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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