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Yorodumi- PDB-6s7g: Cfucosylated linker peptide SBL1 bound to Fucose binding Lectin L... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6s7g | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Cfucosylated linker peptide SBL1 bound to Fucose binding Lectin LecB (PA-IIL) from Pseudomonas aeruginosa at 1.84 Angstrom resolution | ||||||
Components |
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Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / Fucosylated | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsingle-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.841 Å | ||||||
Authors | Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L. | ||||||
| Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Helv.Chim.Acta / Year: 2019Title: X-Ray Crystal Structure of a Second Generation Peptide Dendrimer in Complex with Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB Authors: Baeriswyl, S. / Javor, S. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.-L. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6s7g.cif.gz | 267.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6s7g.ent.gz | 220.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6s7g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/6s7g | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6s5rC ![]() 6s5sC ![]() 1oxcS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 11734.707 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fucose binding Lectin LecB from Pseudomonas aeruginosa (PA-IIL) Source: (gene. exp.) ![]() Gene: lecB, C0043_24310, C0044_25260, C0046_23510, CAZ10_21840, CW299_25270, DI492_13230, DT376_00595, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453 Production host: ![]() References: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS #2: Protein/peptide | Mass: 519.681 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: obtained synthetically / Details: Cfucosylated Linker peptide SBL1 / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Sugar | ChemComp-ZDC / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.5 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.799998 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 28, 2019 |
| Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.799998 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.841→46.428 Å / Num. obs: 82590 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.286 / Net I/σ(I): 4.69 |
| Reflection shell | Resolution: 1.841→1.85 Å / Redundancy: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 13122 / CC1/2: 0.29 / Rrim(I) all: 1.58 / % possible all: 97.8 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1OXC Resolution: 1.841→46.428 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.17 / Phase error: 20.3 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 96.63 Å2 / Biso mean: 23.8839 Å2 / Biso min: 8.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.841→46.428 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Switzerland, 1items
Citation













PDBj


