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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s6l | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of murine norovirus (MNV-1) | ||||||||||||
要素 | Capsid protein | ||||||||||||
キーワード | VIRUS / Norovirus / Capsid / VP1 | ||||||||||||
機能・相同性 | Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / virus-mediated perturbation of host defense response / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Snowden, J.S. / Hurdiss, D.L. / Adeyemi, O.O. / Ranson, N.A. / Herod, M.R. / Stonehouse, N.J. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Dynamics in the murine norovirus capsid revealed by high-resolution cryo-EM. 著者: Joseph S Snowden / Daniel L Hurdiss / Oluwapelumi O Adeyemi / Neil A Ranson / Morgan R Herod / Nicola J Stonehouse / 要旨: Icosahedral viral capsids must undergo conformational rearrangements to coordinate essential processes during the viral life cycle. Capturing such conformational flexibility has been technically ...Icosahedral viral capsids must undergo conformational rearrangements to coordinate essential processes during the viral life cycle. Capturing such conformational flexibility has been technically challenging yet could be key for developing rational therapeutic agents to combat infections. Noroviruses are nonenveloped, icosahedral viruses of global importance to human health. They are a common cause of acute gastroenteritis, yet no vaccines or specific antiviral agents are available. Here, we use genetics and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to study the high-resolution solution structures of murine norovirus as a model for human viruses. By comparing our 3 structures (at 2.9- to 3.1-Å resolution), we show that whilst there is little change to the shell domain of the capsid, the radiating protruding domains are flexible, adopting distinct states both independently and synchronously. In doing so, the capsids sample a range of conformational space, with implications for maintaining virion stability and infectivity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6s6l.cif.gz | 256 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6s6l.ent.gz | 209.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6s6l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s6/6s6l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58700.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) 参照: UniProt: Q2V8W4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Murine norovirus 1 / タイプ: VIRUS / 詳細: RAW264.7 cells / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) 株: CW1P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Mus musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 三角数 (T数): 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 59.1 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7811 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 空間: REAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 6C6Q PDB chain-ID: A / Accession code: 6C6Q / Source name: PDB / タイプ: experimental model |