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- PDB-6s5x: Structure of RibR, the most N-terminal Rib domain from Group B St... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s5x
タイトルStructure of RibR, the most N-terminal Rib domain from Group B Streptococcus species Streptococcus agalactiae
要素Group B streptococcal R4 surface protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Rib domain / bacterial cell surface / immunoglobulin fold / profile-HMM / domain atrophy
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha C protein, N-terminal / AlphaC, C-terminal / ACP, C-terminal domain superfamily / ACP, N-terminal domain superfamily / Alpha C protein N terminal / AlphaC N-terminal domain 2 / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide ...Alpha C protein, N-terminal / AlphaC, C-terminal / ACP, C-terminal domain superfamily / ACP, N-terminal domain superfamily / Alpha C protein N terminal / AlphaC N-terminal domain 2 / Rib/alpha/Esp surface antigen / Rib domain / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Group B streptococcal R4 surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Whelan, F. / Turkenburg, J.P. / Griffiths, S.C. / Bateman, A. / Potts, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
British Heart Foundation 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Defining the remarkable structural malleability of a bacterial surface protein Rib domain implicated in infection.
著者: Whelan, F. / Lafita, A. / Griffiths, S.C. / Cooper, R.E.M. / Whittingham, J.L. / Turkenburg, J.P. / Manfield, I.W. / St John, A.N. / Paci, E. / Bateman, A. / Potts, J.R.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Group B streptococcal R4 surface protein
B: Group B streptococcal R4 surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3554
ポリマ－17,3092
非ポリマー462
水5,242291
1
A: Group B streptococcal R4 surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6772
ポリマ－8,6541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Group B streptococcal R4 surface protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6772
ポリマ－8,6541
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.880, 48.880, 144.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-616-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Group B streptococcal R4 surface protein / Surface protein Rib


分子量: 8654.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 3C protease-cleaved Rib (residues 230-308; RibR) from Streptococcus agalactiae Rib, expressed and purified as a N-His-GST-3C fusion in E. coli BL21 (DE3) cells
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: rib / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P72362
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.31 Å / Num. obs: 20225 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1055 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→46.305 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 16.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 981 4.87 %
Rwork0.1597 --
obs0.1613 20156 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.305 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1189 0 2 291 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0561757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.438800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008244
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.78960.26061390.22382664X-RAY DIFFRACTION100
1.7896-1.90180.24691630.19342655X-RAY DIFFRACTION100
1.9018-2.04860.17631270.15432704X-RAY DIFFRACTION100
2.0486-2.25480.20451510.14342685X-RAY DIFFRACTION100
2.2548-2.5810.20571240.15152750X-RAY DIFFRACTION100
2.581-3.25170.18021290.15592783X-RAY DIFFRACTION100
3.2517-46.32220.15891480.15172934X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0350.1713-0.41811.5556-3.06256.40620.2347-0.05180.0420.1680.11970.303-0.2858-0.4338-0.11030.07610.00250.00230.17620.03360.112912.5493.58446.8152
20.516-0.1668-1.0777-0.03080.04372.44550.0520.14250.0206-0.0663-0.0422-0.0026-0.1515-0.3503-0.04250.11450.03670.02260.12470.01910.100816.608310.00620.3511
30.5439-0.05860.43790.2657-0.041.3034-0.0478-0.10090.0984-0.10260.0902-0.1546-0.1446-0.06830.00880.06630.01740.00540.1076-0.01690.115618.953111.103931.9194
40.6106-0.65820.9710.9607-0.61233.56570.07010.1127-0.2415-0.1138-0.1350.13430.3413-0.3545-0.1110.0956-0.00640.02910.1001-0.00820.088119.02371.034214.1024
52.370.52442.56420.50090.58462.94750.11520.1056-0.1391-0.05640.04750.05820.2165-0.0689-0.07620.08860.00660.00950.1165-0.00030.086114.81382.524722.8323
60.7347-0.15490.58230.4386-0.58473.86830.02370.011-0.0213-0.0886-0.0746-0.0420.2332-0.36-0.02620.06440.00990.00470.13810.00230.089615.23754.94825.6159
70.61210.77791.69851.02092.15744.74170.12660.0907-0.0126-0.21610.3126-0.3456-0.22650.4869-0.12920.1132-0.01560.00840.125-0.03870.114736.1904-4.460511.4482
80.55690.2410.94850.16730.29412.06880.1494-0.067-0.16290.0280.2557-0.07410.0090.6399-0.03730.08550.0434-0.02220.156-0.03840.102141.3793-0.897628.1663
90.65280.2198-0.85080.08120.18732.00980.03780.05410.0560.011-0.0002-0.0745-0.2157-0.06-0.02430.06320.00360.01170.0596-0.00640.092135.94695.510636.3585
100.16690.0540.21290.07740.07922.54360.0099-0.002-0.02220.03680.00650.05320.0591-0.14630.00010.0753-0.0038-0.00560.0570.00160.083531.2883-0.608931.764
110.9732-0.2580.38791.08630.57363.6508-0.012-0.0528-0.01050.12220.00450.02520.21970.0563-0.06280.06010.0016-0.00020.04190.00690.083936.0978-1.004639.6031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 225 through 233 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 234 through 250 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 251 through 269 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 270 through 278 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 279 through 288 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 289 through 306 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 225 through 233 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 234 through 240 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 241 through 260 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 293 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 294 through 307 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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