PDB-6s5e: Non-square conformation of KtrA A80P mutant ring with bound ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s5e

タイトル

Non-square conformation of KtrA A80P mutant ring with bound ATP

要素

Ktr system potassium uptake protein A

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / RCK domain / potassium homeostasis / cation channel / non-square conformation octameric ring / atp

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.893 Å

データ登録者

Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Activation of a nucleotide-dependent RCK domain requires binding of a cation cofactor to a conserved site.
著者: Teixeira-Duarte, C.M. / Fonseca, F. / Morais Cabral, J.H.

履歴

登録	2019年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s5e.cif.gz	732.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s5e.ent.gz	618.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6s5e_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s5e_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6s5e_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	6s5e_validation.cif.gz	79.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/6s5e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6s2jC 6s5bC 6s5cC 6s5dC 6s5gC 6s5nC 6s5oC 6s7rC 4j90S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s5g-1 6s5b-1 5bk2-d 5u03-d 4c2b-d 2fiq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

C: Ktr system potassium uptake protein A

D: Ktr system potassium uptake protein A

E: Ktr system potassium uptake protein A

F: Ktr system potassium uptake protein A

G: Ktr system potassium uptake protein A

H: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

204 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ktr system potassium uptake protein A

B: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

G: Ktr system potassium uptake protein A

H: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

C: Ktr system potassium uptake protein A

D: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

E: Ktr system potassium uptake protein A

F: Ktr system potassium uptake protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
204 kDa, 8 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.695, 133.873, 205.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA 分子量: 24942.797 Da / 分子数: 8 / 変異: A80P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100mM HEPES-NaOH pH 7.5, 1% PEG 6000, 2% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.89→49.63 Å / Num. obs: 22230 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 3.89→4.2 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.339 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4413 / CC_1/2: 0.83 / R_pim(I) all: 0.561 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4j90

4j90

解像度: 3.893→47.877 Å / SU ML: 0.82 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.94 / 位相誤差: 42.02

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3172	4197	10.16 %
R_work	0.2602	-	-
obs	0.2661	22230	99.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.893→47.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13664	0	248	0	13912

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	14144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.883	19168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.416	5304
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2408

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.893-3.9372	0.6033	128	0.5305	1033	X-RAY DIFFRACTION	84
3.9372-3.9835	0.5395	138	0.4845	1225	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9835-4.0321	0.563	143	0.4774	1261	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0321-4.0831	0.4584	155	0.4335	1241	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0831-4.1368	0.4868	129	0.4239	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1368-4.1934	0.4095	129	0.3986	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1934-4.2533	0.3937	146	0.358	1239	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2533-4.3168	0.3758	159	0.3357	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3168-4.3842	0.2987	98	0.3397	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3842-4.456	0.4389	148	0.3264	1260	X-RAY DIFFRACTION	100
4.456-4.5328	0.438	130	0.3264	1283	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5328-4.6151	0.3738	142	0.3232	1180	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6151-4.7038	0.4957	155	0.3149	1231	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7038-4.7997	0.3765	121	0.3224	1291	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7997-4.904	0.3572	143	0.3461	1220	X-RAY DIFFRACTION	99
4.904-5.018	0.3668	147	0.3124	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
5.018-5.1433	0.4434	140	0.3031	1233	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1433-5.2822	0.3149	116	0.293	1271	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2822-5.4374	0.3027	156	0.2957	1233	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4374-5.6127	0.3921	150	0.2946	1230	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6127-5.813	0.371	129	0.2876	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
5.813-6.0453	0.3532	140	0.3043	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0453-6.3198	0.3652	152	0.3024	1231	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3198-6.6522	0.408	120	0.3135	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6522-7.0677	0.3732	121	0.2816	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
7.0677-7.6115	0.339	180	0.264	1209	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6115-8.3738	0.3062	162	0.2201	1232	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3738-9.577	0.2285	142	0.1724	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
9.577-12.0343	0.2125	132	0.1446	1240	X-RAY DIFFRACTION	99
12.0343-47.8805	0.2248	146	0.2116	1226	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8553	-0.1607	-0.6584	6.7619	0.7043	7.8237	-0.7706	-1.2811	0.0426	0.5444	-0.1568	1.2771	2.0276	-2.6969	0.8444	1.8121	-1.0436	0.7893	2.1992	-0.1873	1.5576	7.5806	-22.0802	2.6099
2	5.3813	0.8139	0.2674	4.1041	0.8783	3.0599	-0.5274	-2.0049	-1.4612	3.4642	-1.1815	2.0437	-0.0565	-1.6314	0.5548	2.3211	-0.665	0.9756	3.3335	0.1534	0.6813	9.7632	-19.6329	11.1387
3	9.5578	-0.7514	2.0025	6.6734	5.6408	6.0112	0.7193	-2.3704	0.5924	-0.5238	0.9525	-1.0483	-0.1792	2.7016	-1.4028	1.3642	-0.7466	0.1712	3.1802	-0.691	1.294	20.3146	-10.1342	7.5204
4	3.8092	-3.1086	-3.3508	6.5807	0.3337	3.7101	-0.1855	1.148	-0.9975	-0.2809	0.2131	1.1667	-2.7462	1.056	-0.3425	1.1732	0.2082	-0.2136	3.2505	-0.4414	1.325	21.0234	-11.2609	-19.7424
5	1.4469	-2.7039	1.6298	4.97	-2.9948	1.8051	-0.5814	-0.5547	-0.2075	-0.9815	0.2845	0.023	-0.5575	-0.6584	-0.0358	3.4588	1.7843	0.2324	3.0718	0.0213	-0.2769	23.6816	-19.1014	-40.7215
6	2.0102	-0.7286	2.5962	6.4154	-0.3209	9.7766	1.7945	1.2909	-0.5364	-2.7342	-1.139	-0.2432	-0.1656	1.4789	-0.7225	1.5417	0.3147	-0.2199	2.3993	-0.2218	1.0495	25.2065	-19.9531	-32.4097
7	7.7986	-0.7543	-2.7632	9.2043	5.391	3.9488	1.6921	-0.5984	1.6052	-0.0325	-1.6735	-1.2	-1.1086	0.5454	-0.1938	1.0555	-0.2779	0.2769	1.5965	0.0125	1.0058	15.1943	1.3229	-17.4074
8	7.9398	-2.6099	-2.4371	9.5464	1.9674	6.281	1.1117	-0.471	1.0923	-0.8652	-0.6521	-1.0811	-0.9102	-2.8207	-0.6355	0.9476	0.167	-0.0034	2.0508	-0.1261	0.8841	8.0338	7.6941	-16.9815
9	5.9304	-2.5458	3.6283	8.0156	-1.3616	2.9137	0.987	0.298	0.1124	0.8043	0.7182	-0.1716	-1.1839	-0.3656	-0.7645	1.2111	0.0344	-0.2569	0.9056	-0.249	0.904	-3.8704	0.313	-17.6467
10	7.8756	-1.9612	4.8375	3.9554	0.2156	6.522	-1.2657	-0.4703	-1.7134	-0.7834	0.0267	-0.6712	0.2033	-1.4249	0.2469	0.4234	0.0072	-0.586	2.5458	-1.3464	2.1483	0.4298	-8.0978	-18.1182
11	5.4799	-2.5389	0.1623	4.5094	1.1022	0.3694	-0.0552	0.0933	-0.2312	-0.5018	0.2053	-0.675	-0.6237	0.454	0.0212	1.5934	-1.584	-0.2723	2.2171	0.1867	1.8825	14.397	-18.559	-6.6246
12	7.1552	-1.2219	3.1645	3.0359	-2.7318	3.1233	-1.1291	-0.8313	-1.1382	1.8613	0.9092	1.3467	0.3591	-1.3701	-0.0361	0.8792	-0.1151	0.4091	1.848	0.2685	1.5638	22.3058	-26.2893	-13.5271
13	3.5568	-2.8511	0.7223	3.8692	-2.926	6.2376	0.423	0.9437	-0.9773	-0.4848	0.4568	-0.0132	0.0928	0.5637	-0.8811	1.9156	-0.1376	-0.2718	1.5468	0.5402	1.3047	36.957	-29.3625	-13.672
14	6.406	1.0105	-0.2597	5.6787	0.4118	7.3474	-1.0811	0.8432	-0.2256	0.5192	0.3436	-0.0899	0.0806	0.7112	0.3896	1.4115	0.0564	-0.1928	1.9431	0.4593	1.084	32.2339	-30.5044	-12.7838
15	3.8822	-1.3447	-1.3526	4.2974	-2.2061	5.655	-0.1406	1.2049	0.1674	-0.396	-0.4327	-0.1169	0.8658	2.0028	0.5638	1.5224	0.7131	-0.3278	1.7579	0.0735	1.5881	30.1913	-13.292	-75.5871
16	2.0303	1.6322	-0.1258	2.1333	-4.9039	2.0185	0.2307	-0.1565	0.5036	-1.0326	-1.4421	-0.5901	1.0577	2.653	0.6281	1.6583	0.3592	-0.2388	2.3989	-0.2713	1.0964	25.1019	-6.0378	-83.8473
17	4.9632	1.0386	-5.2084	3.2978	0.9293	6.8996	1.9086	0.5857	0.3111	-0.6521	-0.595	0.3878	0.1353	-2.9645	-0.978	1.1018	0.3919	-0.1601	2.3174	0.564	1.7036	15.7178	-0.656	-75.0996
18	2.7334	1.2798	-2.5317	4.3996	1.133	3.0861	0.1409	0.29	1.2274	-0.545	0.0759	2.3485	0.0821	0.5082	-0.278	1.1407	-0.1124	-0.4574	2.2482	1.0931	1.9403	-0.4463	-8.4905	-50.876
19	8.0199	-7.7708	-6.4244	9.3032	4.3912	7.1214	1.985	-0.0828	-2.0339	1.1428	-1.9132	-0.7683	0.1644	-1.419	-0.2969	1.583	-0.4487	-1.0326	2.1673	1.1305	2.9568	-1.8204	-16.3941	-49.9242
20	4.0116	3.2031	0.746	4.8541	3.1996	3.4474	0.5331	-0.4276	-0.1001	-0.8836	-0.5987	2.6328	-0.6539	-2.508	0.3625	1.8315	0.7253	0.3847	2.6151	1.0854	3.3432	-2.7001	-10.5275	-48.7996
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 44 )
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11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 124 through 137 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 138 through 157 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 158 through 191 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 192 through 222 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 6 through 66 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 67 through 94 )
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20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 192 through 222 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 6 through 27 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 28 through 44 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 45 through 66 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 67 through 81 )
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 138 through 171 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 172 through 191 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 192 through 203 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 204 through 222 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 6 through 106 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 107 through 222 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 6 through 66 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 67 through 106 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 107 through 123 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 124 through 157 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 158 through 171 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 172 through 191 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 192 through 203 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 204 through 222 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 6 through 44 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 45 through 81 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 82 through 123 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 124 through 137 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 138 through 157 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 158 through 203 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'G' and (resid 204 through 222 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 6 through 27 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 28 through 66 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resid 67 through 106 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resid 107 through 157 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resid 158 through 171 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resid 172 through 191 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resid 192 through 203 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resid 204 through 222 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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