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万見
- PDB-6s4g: Crystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s4g
タイトルCrystal structure of the omega transaminase from Chromobacterium violaceum in complex with PMP
要素Probable aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / Transaminase / PMP / PLP-dependent enzyme / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Putative 8-amino-7-oxononanoate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Ruggieri, F. / Campillo Brocal, J.C. / Humble, M.S. / Walse, B. / Logan, D.T. / Berglund, P.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
European Union634200 スウェーデン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Insight into the dimer dissociation process of the Chromobacterium violaceum (S)-selective amine transaminase.
著者: Ruggieri, F. / Campillo-Brocal, J.C. / Chen, S. / Humble, M.S. / Walse, B. / Logan, D.T. / Berglund, P.
履歴
登録2019年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable aminotransferase
B: Probable aminotransferase
C: Probable aminotransferase
D: Probable aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,94815
ポリマ－208,4334
非ポリマー1,51511
水8,629479
1
A: Probable aminotransferase
B: Probable aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9437
ポリマ－104,2162
非ポリマー7275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PISA
2
C: Probable aminotransferase
D: Probable aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0058
ポリマ－104,2162
非ポリマー7896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12940 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.909, 61.973, 118.810
Angle α, β, γ (deg.)75.070, 81.310, 75.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLEULEUAA6 - 45812 - 464
21THRTHRLEULEUBB6 - 45812 - 464
12THRTHRGLYGLYAA6 - 45712 - 463
22THRTHRGLYGLYCC6 - 45712 - 463
13THRTHRGLYGLYAA6 - 45712 - 463
23THRTHRGLYGLYDD6 - 45712 - 463
14THRTHRGLYGLYBB6 - 45712 - 463
24THRTHRGLYGLYCC6 - 45712 - 463
15THRTHRGLYGLYBB6 - 45712 - 463
25THRTHRGLYGLYDD6 - 45712 - 463
16ARGARGGLYGLYCC5 - 45711 - 463
26ARGARGGLYGLYDD5 - 45711 - 463

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Probable aminotransferase / (S)-selective amine transaminase / omega-transaminase


分子量: 52108.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア)
遺伝子: CV_2025 / プラスミド: pET8a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q7NWG4, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 479 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drops of 200 nl protein at 7.5 mg/ml mixed with 200 nl of 100 mM HEPES pH 7.5, 350 mM NaCl, 22.5 % w/v PEG 4000, 0.1 mM PLP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→48.04 Å / Num. obs: 172591 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 413858 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.67-1.72.30.6461836180790.6540.480.811.487
9.14-48.042.80.06727719840.9950.0380.07710.986.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_TRA
最高解像度最低解像度
Rotation8.11 Å48.04 Å
Translation8.11 Å48.04 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A6T

4a6t


解像度: 1.67→48.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1997 / WRfactor Rwork: 0.1729 / FOM work R set: 0.8533 / SU B: 4.677 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1058 / SU Rfree: 0.0971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1847 8608 5 %RANDOM
Rwork0.1606 ---
obs0.1618 163935 91.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.83 Å2 / Biso mean: 25.689 Å2 / Biso min: 11.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→48.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14255 0 98 479 14832
Biso mean--29.36 25.39 -
残基数----1815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01314740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7561.64119946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5381.57731106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.06851815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.88921.122820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.143152359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.88115118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023422
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A149880.07
12B149880.07
21A149770.07
22C149770.07
31A150350.07
32D150350.07
41B148870.08
42C148870.08
51B150030.07
52D150030.07
61C149920.08
62D149920.08
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.713 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 619 -
Rwork0.264 11922 -
all-12541 -
obs--90.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24950.5697-0.34990.9920.13761.15180.0509-0.10070.20460.02310.0140.0706-0.1330.0425-0.0650.0427-0.0030.0270.1192-0.03480.0507-26.38816.42852.433
21.06780.23140.00650.52810.40581.29740.0243-0.07340.01590.03030.0149-0.05110.03960.1801-0.03910.011-0.00690.0120.1112-0.00390.0336-11.3066.06826.037
30.60040.1308-0.08161.10990.45320.7001-0.001-0.00840.02670.03890.0030.02340.009-0.0487-0.00190.0041-0.00060.00330.0345-0.00290.0044-27.11834.583-5.424
40.84680.14620.22490.85160.41580.86150.03290.1077-0.1271-0.14530.0802-0.19930.03450.1338-0.1130.05630.00370.04050.0847-0.04020.0714-12.21820.163-29.652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 501
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 501
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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