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- PDB-6s42: The double mutant(Ile44Leu+Gln102His) of haloalkane dehalogenase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s42
タイトルThe double mutant(Ile44Leu+Gln102His) of haloalkane dehalogenase DbeA from Bradyrhizobium elkanii USDA94 with an eliminated halide-binding site
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Haloalkane dehalogenase / halide-binding site / double mutant / random microseeding
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / IODIDE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Pudnikova, T. / Mesters, J.R. / Kuta Smatanova, I.
資金援助 チェコ, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic17-24321S チェコ
German Federal Ministry for Education and ResearchDAAD-16-19 ドイツ
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/15_003/0000441 チェコ
European Regional Development FundLM2015055 チェコ
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystallization and Crystallographic Analysis of a Bradyrhizobium Elkanii USDA94 Haloalkane Dehalogenase Variant with an Eliminated Halide-Binding Site
著者: Prudnikova, T. / Kuta Smatanova, I.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,23213
ポリマ－33,9931
非ポリマー1,24012
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, PISA and an analysis of crystal contacts between molecules in the unit cell and crystal packing
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.945, 63.950, 46.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.27, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

CL

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 33992.676 Da / 分子数: 1 / 変異: Ile44Leu+Gln102His / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chain A / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / 遺伝子: dbeA, dhaA / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RV62, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, MgCl2, Tris-HCl 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→41.96 Å / Num. obs: 68322 / % possible obs: 96.13 % / 冗長度: 2.18 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 12.72
反射 シェル解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique obs: 4609 / CC1/2: 0.922 / % possible all: 92.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2a

4k2a


解像度: 1.4→41.96 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 13.17
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1522 3417 5 %0.1522
Rwork0.1398 ---
obs0.1404 68322 96.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2242 0 19 469 2730
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8733293
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9871352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.41770.2071340.13152540X-RAY DIFFRACTION90
1.4177-1.43880.21131400.13152652X-RAY DIFFRACTION94
1.4388-1.46130.18131390.13152656X-RAY DIFFRACTION96
1.4613-1.48530.16661410.13152672X-RAY DIFFRACTION95
1.4853-1.51090.1551400.13152653X-RAY DIFFRACTION96
1.5109-1.53840.13631410.13152689X-RAY DIFFRACTION95
1.5384-1.56790.15491410.13152670X-RAY DIFFRACTION96
1.5679-1.59990.1431420.13152692X-RAY DIFFRACTION95
1.5999-1.63470.15421420.12972716X-RAY DIFFRACTION96
1.6347-1.67280.15641420.13152682X-RAY DIFFRACTION96
1.6728-1.71460.14121400.1312675X-RAY DIFFRACTION96
1.7146-1.7610.13931430.12962712X-RAY DIFFRACTION97
1.761-1.81280.15281420.13152690X-RAY DIFFRACTION97
1.8128-1.87130.16261430.13152713X-RAY DIFFRACTION97
1.8713-1.93820.15551440.13152738X-RAY DIFFRACTION97
1.9382-2.01580.16671430.13152718X-RAY DIFFRACTION97
2.0158-2.10750.16011430.13152726X-RAY DIFFRACTION97
2.1075-2.21860.14511440.13152727X-RAY DIFFRACTION97
2.2186-2.35760.13191440.13152742X-RAY DIFFRACTION98
2.3576-2.53960.16231450.13152756X-RAY DIFFRACTION97
2.5396-2.79510.17691450.13152751X-RAY DIFFRACTION97
2.7951-3.19950.14431440.13152734X-RAY DIFFRACTION97
3.1995-4.03050.13151450.13082770X-RAY DIFFRACTION97
4.0305-4.198020.15331500.13152831X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89040.2958-0.3771.5137-0.010.7337-0.0001-0.31230.02620.2410.00930.0647-0.0204-0.19730.02380.07540.02220.02340.1439-0.02310.04-29.292.064523.8297
20.9183-0.47870.05610.6521-0.4220.4173-0.1151-0.05890.11930.09310.1044-0.058-0.138-0.0099-0.04560.09380.0186-0.00520.0977-0.02090.0846-22.72948.877815.3399
31.42660.17080.72511.68860.52550.8910.00180.0284-0.1256-0.22320.0315-0.02870.0314-0.04220.03390.0653-0.01860.01850.059-0.00750.0474-30.3737-8.41485.4932
40.9640.23430.38411.3649-0.17660.6985-0.04630.04390.0182-0.05160.0088-0.2606-0.04650.0761-0.03120.04920.00290.01340.0765-0.01060.109-14.52024.698911.6554
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 96 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 97 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 214 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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