PDB-6s3v: Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s3v

タイトル

Crystal Structure of lipase from Geobacillus stearothermophilus T6 methanol stable variant E251C/G332C

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / lipase / methanol / organic solvent / disulfide bond

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gihaz, S. / Bash, Y. / Rush, I. / Shahar, A. / Pazy, Y. / Fishman, A.

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2019
タイトル: Bridges to Stability: Engineering Disulfide Bonds Towards Enhanced Lipase Biodiesel Synthesis
著者: Gihaz, S. / Bash, Y. / Rush, I. / Shahar, A. / Pazy, Y. / Fishman, A.

履歴

登録	2019年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s3v.cif.gz	174.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s3v.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s3/6s3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s3gC 6s3jC 4x6uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1inx-d 4x71-d 6fzd-d 4x7b-d 6fz7-d 6fz1-d 4x6u-d 1inw-d 4x85-d 1qrr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

ヘテロ分子

44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.160, 71.970, 112.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 43953.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: Q93A71, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M sodium citrate, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→56.32 Å / Num. obs: 37629 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_rim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5453 / CC_1/2: 0.845 / R_rim(I) all: 0.491 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
SCALA	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X6U

4x6u

解像度: 2→56.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2393	-	-	0.05
R_work	0.2278	-	-	-
obs	-	27497	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3106	0	2	243	3351

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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