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- PDB-6s3t: P46, an immunodominant surface protein from Mycoplasma hyopneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s3t
タイトルP46, an immunodominant surface protein from Mycoplasma hyopneumoniae
要素
  • 46 kDa surface antigen
  • Immunoglobulin heavy chain
  • Immunoglobulin light chain
キーワードPROTEIN BINDING / immunodominant surface protein Mycoplasma hyopneumoniae P46 Complex with monolonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Periplasmic binding protein-like I / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / 46 kDa surface antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma hyopneumoniae J (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Guasch, A. / Gonzalez-Gonzalez, L. / Fita, I.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2015-71092-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMDM-2014-0435 スペイン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structure of P46, an immunodominant surface protein from Mycoplasma hyopneumoniae: interaction with a monoclonal antibody.
著者: Guasch, A. / Montane, J. / Moros, A. / Pinol, J. / Sitja, M. / Gonzalez-Gonzalez, L. / Fita, I.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年5月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / audit_author / chem_comp / citation / citation_author / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.d_res_low / _reflns.number_obs / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle
解説: Ligand identity / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_close_contact / refine_hist
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _refine_hist.d_res_low
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 46 kDa surface antigen
B: 46 kDa surface antigen
C: Immunoglobulin light chain
D: Immunoglobulin heavy chain
I: Immunoglobulin light chain
E: Immunoglobulin heavy chain
M: Immunoglobulin light chain
N: Immunoglobulin heavy chain
Q: Immunoglobulin light chain
R: Immunoglobulin heavy chain
S: 46 kDa surface antigen
T: 46 kDa surface antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,57120
ポリマ－483,87912
非ポリマー6928
水00
1
A: 46 kDa surface antigen
M: Immunoglobulin light chain
N: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1435
ポリマ－120,9703
非ポリマー1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 46 kDa surface antigen
Q: Immunoglobulin light chain
R: Immunoglobulin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1435
ポリマ－120,9703
非ポリマー1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Immunoglobulin light chain
D: Immunoglobulin heavy chain
S: 46 kDa surface antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1435
ポリマ－120,9703
非ポリマー1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
I: Immunoglobulin light chain
E: Immunoglobulin heavy chain
T: 46 kDa surface antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,1435
ポリマ－120,9703
非ポリマー1732
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)261.981, 185.010, 197.122
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 134.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

-
要素

#1: タンパク質
46 kDa surface antigen / p46


分子量: 42426.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma hyopneumoniae J (バクテリア)
遺伝子: p46, MHJ_0511
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0C0J8
#2: 抗体
Immunoglobulin light chain


分子量: 26370.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Immunoglobulin heavy chain


分子量: 52172.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MIB pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→29.3 Å / Num. obs: 83357 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 5.51
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / Num. unique obs: 8278 / CC1/2: 0.292

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RQG, 6RNN

6rqg

6rnn


解像度: 3.5→29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.4 / 位相誤差: 31.8932
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 4283 5.34 %
Rwork0.247 --
obs0.2424 83325 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 103.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24934 0 44 0 24978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00325532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.630634769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04233959
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00444460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84389239
LS精密化 シェル解像度: 3.5→29.3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1981 248 -
Rwork0.1787 3972 -
obs--92.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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