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- PDB-6s3b: Ligand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s3b
タイトルLigand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in complex with benzoate
要素Aromatic acid chemoreceptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand binding domain / Pseudomonas putida / chemotactic transducer / C6-ring carboxylic acids
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chemotaxis methyl-accepting receptor Tar-related, ligand-binding / Tar ligand binding domain homologue / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BENZOIC ACID / Methyl-accepting chemotaxis protein PcaY
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Mantilla, M.A. / Fernandez, M. / Krell, T.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-76779-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The structural basis for signal promiscuity in a bacterial chemoreceptor.
著者: Gavira, J.A. / Matilla, M.A. / Fernandez, M. / Krell, T.
履歴
登録2019年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic acid chemoreceptor
B: Aromatic acid chemoreceptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4127
ポリマ－119,0832
非ポリマー3285
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.390, 69.219, 92.333
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aromatic acid chemoreceptor


分子量: 59541.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Ligand binding domain
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
遺伝子: pcaY, PP_2643 / Variant: ATCC 47054 / DSM 6125 / NCIMB 11950 / KT2440
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q88JK6

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非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5
詳細: 30% PEG 8K, 0.1M Na Acetate, 0.1M Na-Cacodylate pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→46.17 Å / Num. obs: 20630 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2160 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.23 / % possible all: 99.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S18

6s18


解像度: 1.95→46.17 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2158 1029 4.99 %
Rwork0.176 --
obs0.178 20615 94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2087 0 22 84 2193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4013165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.8411904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.05280.33921570.25932932X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.18150.27811180.20762290X-RAY DIFFRACTION78
2.1815-2.34990.20421460.17782408X-RAY DIFFRACTION83
2.3499-2.58640.21981500.16632945X-RAY DIFFRACTION100
2.5864-2.96060.22171510.16812945X-RAY DIFFRACTION100
2.9606-3.72990.21731440.16742991X-RAY DIFFRACTION99
3.7299-55.40640.19521630.1743075X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8047-1.27960.57182.26470.37291.71280.15280.1452-0.20180.1391-0.08130.11870.16390.2223-0.08430.24790.0107-0.01660.3134-0.02470.209328.39244.211538.331
24.4837-3.7102-0.56613.43781.97312.2431-0.0807-0.07090.01190.42520.3159-0.45950.20340.2772-0.23540.3116-0.0199-0.02330.3195-0.05220.27531.659551.879842.498
34.714-0.9579-0.30742.4838-0.1933.3544-0.0250.17150.025-0.5895-0.0009-1.2303-0.0850.46990.00240.2842-0.05940.00230.4945-0.03690.490538.199449.120633.705
40.8977-0.5996-0.32722.11060.39853.03050.22140.06490.0179-0.6862-0.2192-0.4044-0.10910.1483-0.06380.30010.0102-0.00040.3995-0.05350.286532.095543.682828.1807
51.87550.3751-0.1179.5216-1.82722.65560.1050.2189-0.2246-0.1397-0.13480.36750.17460.29790.02890.19840.0302-0.01060.307-0.04840.214219.09144.879230.5079
65.21113.5867-2.59683.8473-3.27314.7334-0.09260.57050.2334-0.36880.29210.83780.2096-0.3167-0.06670.28090.0158-0.03880.3446-0.05340.228114.190447.833526.9116
73.14292.8562-0.6662.9687-1.53474.2036-0.31280.26220.1583-0.48910.30190.25440.1392-0.37280.01140.22650.0438-0.0130.2148-0.0120.232710.516851.125536.0027
82.76752.91580.32735.6358-0.76292.95160.2286-0.374-0.26910.4193-0.242-0.21840.16590.14840.13080.2298-0.01940.02840.36810.03810.241216.988647.530441.6358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 93 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 94 through 128 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 166 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 29 through 62 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 63 through 96 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 97 through 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 129 through 160 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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