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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s36 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli Adenylate kinase R119K mutant | ||||||
![]() | Adenylate kinase![]() | ||||||
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機能・相同性 | ![]() purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grundstrom, C. / Rogne, P. / Wolf-Watz, M. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nucleation of an Activating Conformational Change by a Cation-pi Interaction. 著者: Rogne, P. / Andersson, D. / Grundstrom, C. / Sauer-Eriksson, E. / Linusson, A. / Wolf-Watz, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 23592.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: adk, D9E35_07195, D9H53_18240, D9H70_06005, D9I87_03740, EB509_06410, EB510_02065, EB515_08900, EC382_09075, ED225_07155, ED607_06260, ED611_06205, ED903_02730, ED944_09135, EEA45_02410, ...遺伝子: adk, D9E35_07195, D9H53_18240, D9H70_06005, D9I87_03740, EB509_06410, EB510_02065, EB515_08900, EC382_09075, ED225_07155, ED607_06260, ED611_06205, ED903_02730, ED944_09135, EEA45_02410, EF173_11005, EIA21_12240, NCTC10444_03756, NCTC9112_04001, NCTC9119_03910, NCTC9969_03944, SAMEA3472056_03545, SAMEA3485101_03900, SAMEA3485113_01288 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A234NPI7, UniProt: P69441*PLUS, ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 % |
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結晶化![]() | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Droplets of 2 to 4 microl protein solution in 30 mM MES pH 6.0 and 50 mM NaCl at 18 mg per ml and 5 molar excess of Ap5A were mixed with 2 microl reservoir solution consisting of 24-30% PEG ...詳細: Droplets of 2 to 4 microl protein solution in 30 mM MES pH 6.0 and 50 mM NaCl at 18 mg per ml and 5 molar excess of Ap5A were mixed with 2 microl reservoir solution consisting of 24-30% PEG 4000, 0.2 M MgCl2 and 100 mM Tris-HCl pH 8.5. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.6→33.3 Å / Num. obs: 27793 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2806 / CC1/2: 0.775 / Rpim(I) all: 0.411 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 4X8H 解像度: 1.6→33.286 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.52
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.286 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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