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- PDB-6s35: LSD1/CoREST1 complex with macrocyclic peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s35
タイトルLSD1/CoREST1 complex with macrocyclic peptide inhibitor
要素
  • ALA-ARG-(D)LYS-MET-GLN-GLU-ALA-ARG-LYS-SER-THR
  • Lysine-specific histone demethylase 1A
  • REST corepressor 1
キーワードFLAVOPROTEIN / Inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / MRF binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / histone demethylase activity / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone methyltransferase complex / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of protein ubiquitination / transcription repressor complex / cellular response to cAMP / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / erythrocyte differentiation / HDMs demethylate histones / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / cellular response to gamma radiation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / positive regulation of neuron projection development / cerebral cortex development / protein modification process / cellular response to UV / p53 binding / transcription corepressor activity / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / : / Histone lysine-specific demethylase / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / SANT domain profile. / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Talibov, V.O. / Dobritzsch, D.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-05160 スウェーデン
Swedish Research CouncilD0571301 スウェーデン
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Macrocyclic Peptides Uncover a Novel Binding Mode for Reversible Inhibitors of LSD1.
著者: Yang, J. / Talibov, V.O. / Peintner, S. / Rhee, C. / Poongavanam, V. / Geitmann, M. / Sebastiano, M.R. / Simon, B. / Hennig, J. / Dobritzsch, D. / Danielson, U.H. / Kihlberg, J.
履歴
登録2019年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
B: REST corepressor 1
C: ALA-ARG-(D)LYS-MET-GLN-GLU-ALA-ARG-LYS-SER-THR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8184
ポリマ－96,0333
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, A+B: heterodimer, surface plasmon resonance, A+C: protein-inhibitor interaction
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area37830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.550, 179.497, 234.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 74065.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST corepressor 1 / Protein CoREST


分子量: 20658.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RCOR1, KIAA0071, RCOR / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-(D)LYS-MET-GLN-GLU-ALA-ARG-LYS-SER-THR


分子量: 1308.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Side chains amide bridge between D-Lys3 and Glu6 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.6 Å3/Da
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Crystallization: hanging drop, 2 uL total, 1:1 protein-to-reservoir. Protein: 11 mg/mL in 50 mM HEPES, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, pH 7.5. Reservoir: 100 mM sodium citrate/citric acid, 1.1 M ...詳細: Crystallization: hanging drop, 2 uL total, 1:1 protein-to-reservoir. Protein: 11 mg/mL in 50 mM HEPES, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, pH 7.5. Reservoir: 100 mM sodium citrate/citric acid, 1.1 M sodium tartrate, pH 5.5. Soaking: 100 mM sodium citrate/citric acid, 1.5 M sodium tartrate, 10% glycerol, 1 mM ligand, pH 5.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→117.21 Å / Num. obs: 46257 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.1-3.214.41.2011967245020.5530.611.3531.499.9
12.01-117.213.80.03332598540.9980.0180.03823.497.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V1D

2v1d


解像度: 3.1→117.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 29.945 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.256
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 2300 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.1841 43946 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 201.93 Å2 / Biso mean: 103.707 Å2 / Biso min: 60.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.28 Å20 Å2-0 Å2
2---4.46 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→117.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6323 0 53 0 6376
Biso mean--80.8 --
残基数----803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6531.6448824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2421.57714201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8155800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79822.647340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.242151140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5911543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021317
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 174 -
Rwork0.378 3205 -
all-3379 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7125-0.3066-0.29092.67141.29613.8611-0.0653-0.2790.27490.21250.0299-0.6548-0.34280.82420.03540.4674-0.0668-0.12550.30170.10530.279815.9997-57.768-14.3584
21.598-2.5631.06554.897-1.26722.01180.00160.16440.3745-0.2325-0.1523-0.094-0.2037-0.10040.15070.7081-0.0296-0.17760.30380.18880.5612-10.114-39.8901-43.9756
33.4166-5.7462.19369.7558-3.72571.436-0.0153-0.04150.16110.05-0.1251-0.46060.05060.09070.14040.74110.0562-0.08320.56520.23070.5802-31.4615-2.1939-65.9544
41.7062-0.19990.11343.0854-1.12763.0674-0.06540.25940.1216-0.2784-0.2101-0.23370.00840.27180.27550.3684-0.0036-0.04730.06350.04540.04723.6235-64.2375-32.5119
58.89253.35142.64947.84573.46467.1259-0.1472-0.2032-0.01210.03850.33530.3064-0.5767-0.351-0.18810.81530.0891-0.01560.5160.14730.6546-20.3936-37.3697-40.0844
60.7243-2.20140.588411.3508-4.60812.59240.1320.05780.0105-0.062-0.3165-0.36470.05470.05590.18450.43350.0329-0.0820.5760.05810.5789-29.5449-14.1446-67.5235
73.7872-1.80890.38936.46042.2516.4764-0.0607-1.01250.20620.7271-0.1255-0.493-0.08240.35150.18620.933-0.0059-0.21760.69320.06580.3306-45.443925.4838-58.9749
80.0475-0.0908-0.41541.03533.91415.0241-0.0591-0.15450.0718-0.17650.0528-0.0266-0.58110.5870.00630.63710.0315-0.04870.7804-0.06880.78425.329-43.4398-39.492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A171 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2A359 - 431
3X-RAY DIFFRACTION3A432 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4A528 - 833
5X-RAY DIFFRACTION5B310 - 339
6X-RAY DIFFRACTION6B340 - 377
7X-RAY DIFFRACTION7B378 - 443
8X-RAY DIFFRACTION8C1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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