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万見
- PDB-6s21: Metabolism of multiple glycosaminoglycans by bacteroides thetaiot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s21
タイトルMetabolism of multiple glycosaminoglycans by bacteroides thetaiotaomicron is orchestrated by a versatile core genetic locus (BT33494S-sulf)
要素Endo-4-O-sulfatase
キーワードHYDROLASE / Gut microbiota / Glycosaminoglycan / Glycobiology / CAZymes
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / arylsulfatase activity
類似検索 - 分子機能
Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-4-O-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ndeh, D. / Basle, A. / Strahl, H. / Henrissat, B. / Terrapon, N. / Cartmell, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council322820 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Metabolism of multiple glycosaminoglycans by Bacteroides thetaiotaomicron is orchestrated by a versatile core genetic locus.
著者: Ndeh, D. / Basle, A. / Strahl, H. / Yates, E.A. / McClurgg, U.L. / Henrissat, B. / Terrapon, N. / Cartmell, A.
履歴
登録2019年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / refine / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-4-O-sulfatase
B: Endo-4-O-sulfatase
C: Endo-4-O-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9789
ポリマ－175,9523
非ポリマー2,0276
水88349
1
A: Endo-4-O-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3263
ポリマ－58,6511
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endo-4-O-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3263
ポリマ－58,6511
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endo-4-O-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3263
ポリマ－58,6511
非ポリマー6762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.905, 93.911, 304.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISPROPROAA24 - 50729 - 512
21HISHISPROPROBB24 - 50729 - 512
12GLUGLUTYRTYRAA23 - 50828 - 513
22GLUGLUTYRTYRCC23 - 50828 - 513
13HISHISPROPROBB24 - 50729 - 512
23HISHISPROPROCC24 - 50729 - 512

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Endo-4-O-sulfatase


分子量: 58650.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_3349 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8A2F6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D- ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 635.504 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122A-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b3-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GalpNAc4SO3]{[(3+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 3350 and 0.2 M K acetate 20 mg/ml protein

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→68.98 Å / Num. obs: 37857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Num. unique obs: 4540 / CC1/2: 0.543

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→68.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 18.715 / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26063 1856 4.9 %RANDOM
Rwork0.18939 ---
obs0.19284 35924 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å20 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3---1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→68.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11506 0 129 49 11684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01311977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0321.66916329
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3321.58524031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.34651454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.77822.889668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.685151806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2541570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6173.5155825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6163.5155824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4275.2717276
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4275.2717277
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.223.816152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.223.816152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1565.6059054
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.13941.21613041
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.1441.19513037
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A16412
12B16412
21A16546
22C16546
31B16468
32C16468
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 152 -
Rwork0.285 2594 -
obs--99.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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