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万見
- PDB-6s1o: Human polymerase delta holoenzyme Conformer 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s1o
タイトルHuman polymerase delta holoenzyme Conformer 3
要素
  • (DNA polymerase delta subunit ...) x 3
  • DNA polymerase delta catalytic subunit
  • DNA primer
  • DNA template
  • Proliferating cell nuclear antigen
キーワードREPLICATION / Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


delta DNA polymerase complex / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / nucleotide-excision repair complex / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity ...delta DNA polymerase complex / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / nucleotide-excision repair complex / zeta DNA polymerase complex / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / Cytosolic iron-sulfur cluster assembly / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / MutLalpha complex binding / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / replisome / aggresome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / 3'-5'-DNA exonuclease activity / response to L-glutamate / DNA replication proofreading / DNA strand elongation involved in DNA replication / histone acetyltransferase binding / error-free translesion synthesis / DNA biosynthetic process / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA polymerase processivity factor activity / positive regulation of DNA replication / G1/S-Specific Transcription / replication fork processing / response to dexamethasone / leading strand elongation / nuclear replication fork / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / SUMOylation of DNA replication proteins / estrous cycle / epithelial cell differentiation / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / positive regulation of DNA repair / fatty acid homeostasis / mismatch repair / male germ cell nucleus / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / response to cadmium ion / DNA polymerase binding / response to UV / positive regulation of endothelial cell proliferation / liver regeneration / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / base-excision repair, gap-filling / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / replication fork / nuclear estrogen receptor binding / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Termination of translesion DNA synthesis / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / DNA-templated DNA replication / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to UV / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / protein-macromolecule adaptor activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear body / DNA repair / chromatin binding / centrosome / nucleotide binding / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase delta, subunit 4 / DNA polymerase delta, subunit 4 / DNA polymerase delta subunit 3 / DNA polymerase delta subunit 3 superfamily / DNA polymerase subunit Cdc27 / DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta ...DNA polymerase delta, subunit 4 / DNA polymerase delta, subunit 4 / DNA polymerase delta subunit 3 / DNA polymerase delta subunit 3 superfamily / DNA polymerase subunit Cdc27 / DNA polymerase delta subunit, OB-fold domain / DNA polymerase delta subunit 2, C-terminal domain / DNA polymerase delta subunit OB-fold domain / DNA polymerase delta/II small subunit family / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / C4-type zinc-finger of DNA polymerase delta / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / : / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / : / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Proliferating cell nuclear antigen / DNA polymerase delta catalytic subunit / DNA polymerase delta subunit 2 / DNA polymerase delta subunit 3 / DNA polymerase delta subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Lancey, C. / Hamdan, S.M. / De Biasio, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the processive human Pol δ holoenzyme.
著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Fahad Rashid / Nekane Merino / Timothy J Ragan / Christos G Savva / Manal S Zaher / Afnan Shirbini / Francisco J Blanco / Samir M ...著者: Claudia Lancey / Muhammad Tehseen / Vlad-Stefan Raducanu / Fahad Rashid / Nekane Merino / Timothy J Ragan / Christos G Savva / Manal S Zaher / Afnan Shirbini / Francisco J Blanco / Samir M Hamdan / Alfredo De Biasio /
要旨: In eukaryotes, DNA polymerase δ (Pol δ) bound to the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) replicates the lagging strand and cooperates with flap endonuclease 1 (FEN1) to process the Okazaki ...In eukaryotes, DNA polymerase δ (Pol δ) bound to the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) replicates the lagging strand and cooperates with flap endonuclease 1 (FEN1) to process the Okazaki fragments for their ligation. We present the high-resolution cryo-EM structure of the human processive Pol δ-DNA-PCNA complex in the absence and presence of FEN1. Pol δ is anchored to one of the three PCNA monomers through the C-terminal domain of the catalytic subunit. The catalytic core sits on top of PCNA in an open configuration while the regulatory subunits project laterally. This arrangement allows PCNA to thread and stabilize the DNA exiting the catalytic cleft and recruit FEN1 to one unoccupied monomer in a toolbelt fashion. Alternative holoenzyme conformations reveal important functional interactions that maintain PCNA orientation during synthesis. This work sheds light on the structural basis of Pol δ's activity in replicating the human genome.
履歴
登録2019年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / em_imaging_optics
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_imaging_optics.phase_plate
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10082
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase delta catalytic subunit
B: DNA polymerase delta subunit 2
C: DNA polymerase delta subunit 3
D: DNA polymerase delta subunit 4
E: Proliferating cell nuclear antigen
F: Proliferating cell nuclear antigen
G: Proliferating cell nuclear antigen
P: DNA primer
T: DNA template
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,43412
ポリマ－350,5359
非ポリマー8993
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24080 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area115570 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AEFG

#1: タンパク質 DNA polymerase delta catalytic subunit / DNA polymerase subunit delta p125


分子量: 123785.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLD1, POLD / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P28340, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#5: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA / Cyclin


分子量: 29088.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12004

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DNA polymerase delta subunit ... , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質 DNA polymerase delta subunit 2 / DNA polymerase delta subunit p50


分子量: 51338.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLD2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49005
#3: タンパク質 DNA polymerase delta subunit 3 / DNA polymerase delta subunit C / DNA polymerase delta subunit p66 / DNA polymerase delta subunit p68


分子量: 52528.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLD3, KIAA0039 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15054
#4: タンパク質 DNA polymerase delta subunit 4 / DNA polymerase delta subunit p12


分子量: 16274.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLD4, POLDS / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HCU8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#6: DNA鎖 DNA primer


分子量: 7665.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 DNA template


分子量: 11677.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#9: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#10: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1PolD holoenzymeCOMPLEX#1-#5, #70MULTIPLE SOURCES
2Human polymerase deltaCOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3Proliferating cell nuclear antigenCOMPLEX#51RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#6-#71RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
34synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
23Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMPotassium acetateCH3CO2K1
310 mMCalcium chlorideCaCl21
40.02 %NP-40H(C2H4O)nO(C6H4)C9H191
50.4 mMBiotinC10H16N2O3S1
61 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.355 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 倍率（補正後）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 35 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3575 / 詳細: 75 fractions per image
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU1.11画像取得
4Gctf1.18CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8571 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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